靶向用药丨基因检测panel越大越好吗？
关于这个问题，其实之前就有写过，当时的思考主要是针对市场上推出的各种各样的肿瘤基因检测panel，产品的基因数目及价格差异较大，该如何选择以及意义有多大？今天再写一遍，主要是因为有了一些新的思考：是否基因检测的panel越大，效果就越好呢？
panel越大就越好吗？
目前市场上比较常见的肿瘤基因检测panel，主要有以下几种：
一、根据癌种批准的靶向药设计panel：比如肺癌靶向药有多少个基因、胃癌靶向药有多少个基因、乳腺癌靶向药有多少个基因，然后依据FDA/NCCN指南推荐用几个药物就做几个药物的疗效相关基因，这是一个产品，此类产品通常价格稍低，针对性强，但不敢保证一定能测到基因突变，因为有些患者的基因突变是比较罕见的基因突变，它并没有包含在这几个甚至几十个基因突变里面，而是包含在其他一些比较罕见的基因里面，这些罕见的基因突变有可能是跨适应症的靶向药物也有可能没有靶向药。
肺癌NCCN指南推荐相关靶向药物相关基因
二、根据批准的所有靶向药设计panel：比如FDA/EMA等批准的几十种靶向药物，甚至包含了Clinical Trials的靶向药物，把这些所有的靶向药物相关的几十个基因整合在一起组成的产品，此类产品通常价格稍高，针对性更强，覆盖面更广。与下面第三类型panel比较的优势：一般的几百个基因大panel，其中有一部分基因在医学上的作用尚未明确，和实际用药检测并不相关、有些甚至是些研究性质的基因，因此虽然这部分基因能够检测出来，但是对患者并没有指导作用，所以第二类panel的优势就是将与用药相关的几十个基因针对性的进行检测，给患者以明确的指导，当然几百个基因也有自己检测优势，比如TMB分析。此类panel不敢保证一定能测到基因突变，因为有些患者的基因突变是比较罕见的基因突变，这些罕见的基因突变目前可能没有靶向药。
三、靶向药及肿瘤信号通路所有相关基因组合起来设计panel：这是一个比较大的panel，不仅涵盖已批准的靶向药物，还涵盖Clinical Trials的药物，化疗药物及没有靶向药物的罕见突变等。
国际癌症基因组联盟（International Cancer Genome Consortium，简称“ICGC”）的肿瘤基因组研究发现涉及到肿瘤发生和发展的基因有几百个之多，panel设计覆盖的基因越多，漏检的可能性也就越低，这时候如果某些患者的基因突变是比较罕见的基因突变，检测的基因数目多了，也许就不会漏检，这样也不会浪费掉珍贵的组织样本，因此建议最好一次性把常见的那几十个基因都检测到，对于罕见的肿瘤可以寻找跨适应症用药，这时最好做几百个的基因检测产品，由于二代测序技术的进步，现在同时检测几十个基因，几百个基因的价格也在逐渐下降。这种产品可以很好的弥补前两种产品的缺点（漏检或者假阴性），只是价格会较高。
很多时候，我们经常被告知，为何测那么多基因，反正又没有药物，有时候测到罕见基因突变，但是这些药物很多尚未获批，不过这并不能阻挡你找到它们，我们知道没有体细胞的突变是不会产生肿瘤的，所以尽量把所有可能涉及的基因检测一下，把基因突变给找出来，至于这些基因突变对应的药物，如果有那就走遍整个世界找到它们，如果没有对应的药物，对于患者自己而言，也算是有了一个交代了；其实检测的基因越多，发现的问题也就越多，固然检测肿瘤的驱动基因更明确更有用药指导的意义，但是某些基因突变只存在某些患者、或者只存在某些患者的某一个病灶里面，所以单独测几个基因，很多时候自然会导致测序结果假阴性；另外，肿瘤的耐药性也一定要注意，有时候检测的基因数目不够多，往往会检测不到靶向药物的耐药信息，比如EGFR突变可用一代TKI，但是并没有检测到EGFR-TKI的一些下游耐药通路及耐药机制，那么此时治疗的效果也不能确定的，所以检测的基因数目多，也是有一定的好处；另外，现在肿瘤免疫治疗疗效预测的Biomarker比较火，TMB及NAB的分析也是基于几百个基因以上的大数据，所以基因数目少根本没办法做TMB及NAB分析，有数据显示低于300基因的panel根本不适合做TMB分析。
但是，此类产品有几个细节一定要注意：
1，同样都是几百个基因的大panel，是不是检测的内容就一样呢？不然，市场上鱼目混珠的产品太多，同样几百个基因的panel，有些是检测几百个基因的热点（通常多重PCR捕获），有些是检测几百个基因的全外（通常探针杂交捕获），他们对外宣传都是可测几百基因，这个宣传角度没有问题，但是却欺骗了患者，因为热点与全外的差别还是蛮大的，价格差别则更大，在选择时一定要问清楚。
2，同样的几百个基因大panel，临床收费差别却很大，如果检测全外显子还是收很低的费用，那么只能说大佬您有自己的仪器和试剂吧，这里我只服华大，如果价格战，谁能干过华大？仅仅靠着外亲都不算的Illumina仪器如何来跟华大亲生的BGI-SEQ来战。除此之外，费用低的离谱只可能是检测这些基因的热点了，如果检测热点，收费还很高，只能说这个公司够黑或者渠道够硬。
3，一般的几百个基因大panel，明确与用药相关的基因只有几十个，很大一部分基因在医学上的作用尚未明确，和实际用药检测并不相关、有些甚至是些研究性质基因，因此看这家公司设计大panel的目的是什么，如果仅仅是做用药分析，那么很抱歉，别浪费钱了，如果还做TMB等分析，那么这个产品还是可以接受的，毕竟几百个基因的检测和解读没有浪费。
Ps，如何让常人也能简单理解“热点”与“全外”的区别？打个比喻，一台机器坏了（肿瘤患者），我们可能常常会去检查这个机器几个经常出问题的地方，这些经常出问题的地方就可以称为“热点”，检查“热点”不一定能够检查出问题来，所以有时候也会将机器全面进行一个检查，这个全面的检查可以称为“全外”，全面的检查能够发现更多的小毛病，检查的内容更多，从而可以找出机器坏了的原因所在，进而进行修理及维护。
四、基于外显子组数据设计的panel：该panel对患者肿瘤组织和正常组织的全外显子组（包含2万多个基因的编码区）进行测序、比对，得出肿瘤中特有的突变信息，据此总结出具有针对性的、可能使患者获益的药物信息。该panel检测覆盖度广，但是同时会带来一系列的问题，同一基因突变的位点可能有多个，不同突变位点对药物的影响不一定相同，与现有药物的关系则没办法给出明确的解释，该panel价格很高，但给出的治疗药物选择更加宽泛。
人类的基因大概有2万多个，这些基因的编码区也就被称为全外显子组，全外显子组约占全基因组的1%-3%左右，而人的2万个基因和肿瘤发生发展的相关的基因只有500~600多个，因此用全外显子组的方法去测肿瘤的基因突变有点大材小用。全外显子组测序数据量很大，他们的测序深度只有几十X至上百X，平均每个DNA序列的碱基被测了几十次至上百次，而如果测几十个基因，几百个基因则可以在同样成本或更低的成本下把测序深度提高到几百X，甚至几千X，上万X。这样可以很好地解决肿瘤的异质性，把那些突变频率很低的肿瘤基因突变给检测到，尤其是外周血做检查样本的情况下，肿瘤细胞裂解释放的DNA片段浓度非常低，只能靠加大测序深度来解决，而全外显子组则不太合适。
一款好的全外显子组panel，不仅要提供用药的指导信息，而且用药相关的基因测序深度还应该保持在500X以上，不然不足以应用至临床，灵敏度太低，此外还应该包含融合基因的检测（别问外显子为何有融合基因检测，如果连融合基因都不能检测，那么庞大的融合基因靶向药怎么办，还不如小panel检测呢），另外，还应该解读更多的有用信息，比如MSI，dMMR，TMB，Neoantigen，NAB，遗传性肿瘤风险预测等，不然怎么对得起全外显子组的检测？
至于液体活检的panel，这个水就更深了，仁者见仁智者见智吧。
每种产品都有自己的优势，在真正选择产品的时候建议大家根据经济条件及患者的情况来选择。比如刚确诊的时候，可以选择几十个基因的panel来进行检测。但是如果晚期多处转移的时候，尤其是耐药的患者，基因突变比较复杂紊乱，可以选择更大的基因panel去检测。
推荐阅读
肺癌，精准医疗系列文章肺癌，临床试验招募汇总加微信号：251170937，方便免费咨询和寻找最合适的免费治疗项目