液体活检｜液体活检CDx时代来临，FDA新批准F1LCDx为前列腺癌中奥拉帕尼伴随诊断！
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液体活检伴随诊断的时代已来临，国内呢？
"继2020年10月26日FDA批准扩大F1LCDx的3个新伴随诊断适应症后，2020年11月6日，FDA再一次批准扩大F1LCDx的新伴随诊断适应症，通过血浆ctDNA检测进而识别受益于奥拉帕尼（利普卓）治疗的BRCA1，BRCA2和ATM突变的转移性去势抵抗性前列腺癌（mCRPC）患者。1
▲ FDA批准扩大F1LCDx伴随诊断适应症
F1LCDx此次被批准作为奥拉帕尼的伴随诊断产品，是基于PROfound 队列A桥接研究对F1LCDx的回顾性检测，该回顾性检测来自于参与支持相关疗法批准临床试验患者的可用血浆样本。结果显示，经F1LCDx检测显示为BRCA1，BRCA2和/或ATM突变的mCRPC患者中，奥拉帕尼的疗效维持不变。
液体活检NGS伴随诊断产品适应症的不断扩大，也预示着医生现在可以根据患者的需求和状况选择基于血液的NGS 大panel来做个全面的基因组分析。对于某些转移性前列腺癌患者来说，组织的可用性也是一个客观存在的问题，因此基于血液的检测是重要的考虑选择方向。
F1LCDx伴随诊断分析
▲ F1LCDx伴随诊断信息
液体活检ctDNA的检测，实际上检测的是全部的cfDNA，再从中分析肿瘤特异的基因变异，所以就会涉及到ctDNA检测下限（LoD，分析灵敏度）的问题。
F1LCDx中6种CDx生物标志物（EGFR，BRCA1，BRCA2，ATM，PIK3CA及ALK）的LoD如下，其中点突变/插入缺失的LoD在0.27%~0.51%之间；重排的LoD在0.24%~1.13%之间；拷贝数丢失的肿瘤比例（TF）LoD在48.1%：
▲ 6种CDx生物标志物的LoD
对于其他非伴随（no-CDx）但是在临床却有药物指导意义的基因突变，其检测下限（LOD）如下：
▲ no-CDx生物标志物的LoD
F1LCDx产品分析
F1LCDx仅用于处方，是FDA批准的基因数目最大的NGS-based液体活检伴随诊断产品，该检测利用cfDNA检测324个基因，并获得了FDA的批准，可以报告311个基因的点突变和插入缺失突变情况，4个基因的重排（ALK，BRCA1，BRCA2，ATM）和3个基因的拷贝数变异（BRCA1，BRCA2，ERBB2）。
作为一项未经FDA审查或批准的实验室专业服务，F1LCDx还可以分析bTMB、MSI-H状态和肿瘤细胞含量（tumor fraction）。所有324个基因的综合结果，包括bTMB、MSI-H状态和肿瘤细胞含量，在报告的专业服务部分报告。
F1LCDx具有高度的灵敏度与特异性。F1LCDx检测是以30多种癌症中超过7,500个样本，324个基因中30,000多个变异位点为基础，经过严格的临床验证。
反观，国内液体活检伴随诊断
中国，首个肿瘤伴随诊断其实是液体活检RT-PCR-based伴随诊断，其次才是肿瘤组织NGS-based伴随诊断。
2018年1月18日，NMPA批准了厦门艾德的“人类EGFR突变基因检测试剂盒（多重荧光PCR法）”，用于体外定性检测晚期非小细胞肺癌（NSCLC）患者血浆DNA样本中人类EGFR突变基因，其中19外显子缺失、L858R突变用于盐酸埃克替尼片的伴随诊断检测，T790M突变用于甲磺酸奥希替尼片的伴随诊断检测。
▲ 中国首个液体活检PCR-based伴随诊断产品
2018年7月18日，NMPA批准了广州燃石的“人EGFR/ALK/BRAF/KRAS基因突变联合检测试剂盒（可逆末端终止测序法）”，用于定性检测非小细胞肺癌（NSCLC）患者经福尔马林固定的石蜡包埋（FFPE）的组织标本中EGFR /ALK /BRAF /KRAS基因变异，其中EGFR基因的19外显子缺失、L858R突变用于盐酸埃克替尼片和吉非替尼片的伴随诊断检测，T790M突变用于甲磺酸奥希替尼片的伴随诊断检测，ALK重排（融合）用于克唑替尼胶囊的伴随诊断检测。
▲ 中国首个组织NGS-based伴随诊断产品
截止目前，国内尚没有液体活检NGS-based伴随诊断产品获批上市，不过有多个国内专家共识和指南均推荐肿瘤患者可进行液体活检NGS检测，比如，《液体活检在临床肿瘤诊疗应用和医学检验实践中的专家共识》指出，检测患者ctDNA已知的部分或全部临床药物治疗靶点或耐药靶点，或发现患者基因未知突变、探索临床价值与相关机制时建议使用NGS方法；《中国非小细胞肺癌患者EGFR T790M基因突变检测专家共识》也指出，在组织无法获取时，可考虑采用其他样本比如肿瘤细胞学样本或者血浆进行EGFR T790M检测（2A类）；《CSCO原发性肺癌诊疗指南》亦指出，通过NGS技术对肿瘤组织或血液进行检测，可一次性确定具有临床意义的基因变异。2,3,4
目前，国内一些基于NGS技术的液体活检产品已经在研发和申报过程中，但其临床应用价值尚待充分评价。相信在未来，随着液体活检NGS-based检测产品的分析性能和临床性能得到验证/确认后，即有望给成为肿瘤用药指导的新型基因检测产品，造福于中国的肿瘤患者。
附：伴随诊断（CDx）试剂对采集自肿瘤患者的样本进行检测，其结果可以为患者使用抗肿瘤药物的安全性和有效性提供重要的信息，包括： ❐ 确定最有可能从特定治疗药物中受益的患者；
❐ 确定该药物相关严重不良反应风险增加的患者；
❐ 监控药物治疗反应，以便调整治疗并提高安全性或有效性。
参考资料：
1.https://www.fda.gov/drugs/fda-approves-liquid-biopsy-ngs-companion-diagnostic-test-multiple-cancers-and-biomarkers
2.中华医学会检验医学分会，国家卫生健康委员会临床检验中心. 液体活检在临床肿瘤诊疗应用和医学检验实践中的专家共识，中华检验医学杂志，2018,41(10)。
3.中国临床肿瘤学会肿瘤生物标志物专家委员会《中国非小细胞肺癌患者EGFR T790M 基因突变检测专家共识》制定专家组.中国非小细胞肺癌患者EGFR T790M基因突变检测专家共识， 中华医学杂志，2018,98(32)：2544-2551.
4.中国临床肿瘤学会指南工作委员会. 中国临床肿瘤学会（CSCO）原发性肺癌诊疗指南,人民卫生出版社，2020.
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