追热点“可变剪接”，有哪些神器可以用？（上）
我们在前面的多篇文章中介绍过可变剪接这一研究热点：
聊基金系列 • 第一期：选择性剪切（一龙生九子，九子各不同）
（文章篇）S3E11：一篇22分的lncRNA与可变剪接的作用模式文章
（策略篇）：To be or not to be, that's a question！
（文章篇）S3E11：一篇22分的lncRNA与可变剪接的作用模式文章
后台有好几位留言问如何查询分子的可变剪接信息，我们今天就一起来总结相关的数据库，最后是以“可变剪接”为主题的申请到的基金。
1. UCSC基因组浏览器:（UCSC主页面http://genome.ucsc.edu/）
这个数据库我们以前介绍过，我们以基因BCL2L1基因为例：
显示的设置为：
关于UCSC Genome Brower的使用方法，这是一个神奇的网站：UCSC Genome Brower点击查看。
2. MiasDB：A Database of Molecular Interactions Associated with Alternative Splicing of Human Pre-mRNAs. （http://47.88.84.236/Miasdb/index.php）
这个数据库可以根据基因来检索参与该基因可变剪接的分子，比如蛋白；也可以反过来检索。
在搜索框中选择基因BCL2L1：
结果出现：
最上面彩图展示的为参与BCL2L1可变剪接的分子，比如Sam68，Fyn，hnRNP A1等，以及各分子的功能和参考文献。
当然，也可以根据剪接因子检索，比如RNA 结合蛋白RBM5：
我们检索到RBM5参与AICDA、CASP2，FAS等基因的可变剪接：
3. ProSplicer：An Alternative SplicingDatabase based on Protein, mRNA, and EST Sequences（http://prosplicer.mbc.nctu.edu.tw/）
检索方式包括名字和序列：
我们看到如下信息：
选择第一条信息后，看到详细信息：
4. ECgene: genome-based EST clustering and gene modeling for alternative splicing（http://genome.ewha.ac.kr/ECgene）
提交后我们看到的信息如下：
mRNA的结构：
转录本信息：
表达信息：
可变剪接是一个有意思的方向，成为研究热点一点都不意外，好多人留言问这个信息，说明可见大家对这个方向还是比较感兴趣的。
最后附上“可变剪接”热点去年获得资助基金名单：
pre-mRNA剪接因子SF3B4通过可变剪接调控脂质代谢促进肝癌发展的分子机制研究
蛋白磷酸酶1调控CaMKⅡδ可变剪接在心肌缺血再灌注损伤中的作用及机制研究
HIF-1α介导的PUF60高表达通过pre-mRNA可变剪接调控卵巢癌发生发展的机制研究
Ehm2可变剪接体在乳腺癌中表达的临床意义及分子机制
颗粒细胞PPARG基因剪接变体在PCOS发病机制中的作用
TERTpre-mRNA选择性剪接调控NF-κB/MMP9通路对VaD神经炎性反应的作用及分子机制
SRSF10介导pre-mRNA可变剪接调控HPV16/18型宫颈癌细胞生长的分子机制
受miRNA-1224靶向剪接调控的circleRNA-5252介导慢性炎性疼痛的分子机制研究
Numb PRR 亚型选择性剪接在HCC中的作用及其相关调控机制的研究
FMRP参与pre-mRNA选择性剪接调控机制及其在神经发育和突触功能调节中的作用
剪接因子USP39促进卵巢癌恶性行为的作用及机制
选择性剪接因子TRA2α诱导乳腺癌细胞紫杉醇耐药及血管拟态形成的机制研究
TYK2基因可选择性剪接模式与原发性胆汁性肝硬化的关系研究
剪接体蛋白Eftud2调控UC癌变相关巨噬细胞功能的机制研究
Wilson病ATP7B基因突变功能验证及mRNA剪接异常突变机制研究
人前列腺中Smad4蛋白剪接体的鉴定及其影响前列腺癌细胞增殖和凋亡的机制研究
蛋白酶体激活因子PA28γ可变剪接体5在口腔鳞癌异常增殖中的作用、分子机制及结构基础研究
Myocardin选择性剪接调控内皮间质化在apoA-I抗血管再狭窄中的作用和机制
RNA结合蛋白QKI调控Spectrin-βII分子的可变剪接促进成脂分化的作用和机制
纤维粘连蛋白基因可变剪接对牙源性囊肿样病变颌骨组织破坏的调控
乙肝病毒x蛋白调控Mcl-1选择性剪接的机制及其对肝癌发生发展的影响
肝细胞内TCTP mRNA不同剪接本的异常分布可诱发肝细胞癌变的机制研究
基于大规模转录组学数据的癌症可变剪接调控模式和机制研究
剪切刺激因子-2通过PTB-HBV PRE协同跨核转运途径抑制HBV复制的机制研究
PRDM16 mRNA选择性剪切对内脏脂肪“米色化”的影响及调控机制研究
结肠癌转移相关SMC1A基因剪切转录本之间的内源性竞争调控关系分析
基于SILAC和生物素标记蛋白复合物技术解析μ阿片类受体6次跨膜剪切异构体镇痛的分子机制
caspase-1介导的AMPA受体剪切及功能异常在可卡因成瘾中的作用及机制
小眼畸形相关转录因子可变剪切体调控RPE细胞增殖的机理研究
纤毛内Hedgehog通路异常在剪切缺陷致视网膜色素变性中的作用机制研究
雌激素受体β剪切变异体介导EGFR突变型非小细胞肺癌EGFR TKIs耐药的分子机制
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