税务机关在检查中发现企业有部分以前年度支出应取得而未取得的发票作为扣除凭证，应当如何处理？

解答：

国家税务总局公告2018年第28号第十五条规定：汇算清缴期结束后，税务机关发现企业应当取得而未取得发票、其他外部凭证或者取得不合规发票、不合规其他外部凭证并且告知企业的，企业应当自被告知之日起60日内补开、换开符合规定的发票、其他外部凭证。其中，因对方特殊原因无法补开、换开发票、其他外部凭证的，企业应当按照本办法第十四条的规定，自被告知之日起60日内提供可以证实其支出真实性的相关资料。

因此，对于税务机关检查发现应取得而没有取得发票的，应按照如下处理：

第一步：应在60日内补开、换开发票，如果取得了发票，不影响税前扣除，不需要纳税调增补税；

第二步：如果无法补开、换开发票的，就需要按照28号公告第14条规定，找出可以证明其支出真实性的相关资料，也不影响税前扣除，不需要纳税调增补税；

第三步：如果前述两步都不能做到或满足的，企业就不得税前扣除，需要做纳税调增，重新计算应纳税所得额和应交税金。如果需要补缴企业所得税的，需要汇算清缴结束日（纳税年度次年的5月31日）的次日开始计算滞纳金，按照每日万分之五计算。

综上所述，总局现在给于了企业补救的机会，并不是一旦发现就必须做纳税调增和补缴税款，企业应该珍惜补救机会，同时也提醒企业在日常经营业务中应参照28号公告规定注意业务交易的规范性，比如签订合同（协议）、使用非现金方式支付等。