当前，合伙企业持有上市公司股票并对外转让的行为并不少见。对合伙企业投资人来说，自己直接进行股票交易和通过合伙企业开展股票交易，个人所得税税目不同，适用税率也不同——直接进行股票交易所得属于财产转让所得；通过合伙企业开展股票交易所得属于经营所得。相关纳税人及扣缴义务人一定要注意分清。
张某为A有限合伙公司（不属于创业投资企业）的自然人合伙人。已知A公司2021年初共持有B公司股票115.7万股，2021年5月收到B公司分红34.71万元。2021年6月—11月，A公司采用集中竞价和非交易过户的形式，将所持有的全部股票对外出售和转让。A公司已按规定缴纳了增值税和其他相关税费，同时，对于取得的B公司分红和对外股票转让所得，A公司均按照20%的税率，代扣代缴了张某的个人所得税。2022年2月，某检察机关进行检查后通知A公司，对于股票转让行为，应按5%~35%超额累进税率，申报张某的经营所得个人所得税。收到补税通知后，A公司解释称，个人转让股权应以股权转让收入减除股权原值和合理费用后的余额为应纳税所得额，按“财产转让所得”项目，适用20%的税率计算缴纳个人所得税。A公司认为，民法总则和民法通则将个体工商户归类为自然人。也就是说，个体工商户转让股权的税率应为20%，个体工商户按照生产经营纳税的收入，不包括股权转让收入。A公司之所以持上述观点，关键是混淆了自然人、个体工商户和合伙企业三个法律主体之间的关系。按照A公司的观点，个体工商户归类为自然人，所以个体工商户等同于自然人，合伙企业又等同于个体工商户，所以合伙企业等同于自然人。A公司法律意识很强，这值得肯定。但是，自2021年1月1日民法典施行后，民法总则和民法通则已经废止。根据民法典的定义，自然人、个体工商户和合伙企业三者并不能互相等同，具有不同的权利和义务。即使按民法总则和民法通则的定义，三者也是不同的法律主体，不能从概念上混为一谈。不仅如此，个人所得税法及其实施条例，以及相关政策法规引用民法的概念定义，也分别对三者的税收权利和义务进行了明确的规定。所以，从税法的层面，也不应如此推断适用法律法规。基于上述案例，笔者认为，应该区分所得的具体情况，分别计算个人所得税。2021年5月收到的分红，适用20%税率。《国家税务总局关于〈关于个人独资企业和合伙企业投资者征收个人所得税的规定〉执行口径的通知》（国税函〔2001〕84号）第二条规定，个人独资企业和合伙企业对外投资分回的利息或者股息、红利，不并入企业的收入，单独作为投资者个人取得的利息、股息、红利所得，按“利息、股息、红利所得”应税项目计算缴纳个人所得税。以合伙企业名义对外投资分回利息或者股息、红利的，应分别确定各投资者的利息、股息、红利所得，分别按“利息、股息、红利所得”应税项目计算缴纳个人所得税。因此，对B公司分红34.71万元，A公司应适用20%税率，代扣代缴张某的个人所得税。出售、转让股权所得，适用5%~35%的五级超额累进税率。根据《财政部 国家税务总局关于印发〈关于个人独资企业和合伙企业投资者征收个人所得税的规定〉的通知》（财税〔2000〕91号）附件1《关于个人独资企业和合伙企业投资者征收个人所得税的规定》第四条规定，个人独资企业和合伙企业每一纳税年度的收入总额减除成本、费用以及损失后的余额，作为投资者个人的生产经营所得，比照个人所得税法的“个体工商户的生产经营所得”应税项目，适用5%~35%的五级超额累进税率，计算征收个人所得税。收入总额，指企业从事生产经营以及与生产经营有关的活动所取得的各项收入，包括商品（产品）销售收入、营运收入、劳务服务收入、工程价款收入、财产出租或转让收入、利息收入、其他业务收入和营业外收入。同时，《国家税务总局关于切实加强高收入者个人所得税征管的通知》（国税发〔2011〕50号）第二条第三项规定，对个人独资企业和合伙企业从事股权（票）、期货、基金、债券、外汇、贵重金属、资源开采权及其他投资品交易取得的所得，应全部纳入生产经营所得，依法征收个人所得税。根据上述规定，笔者认为，A公司出售、转让B公司股票，应属于经营所得范围，应按照经营所得，适用5%~35%的超额累进税率。值得注意的是，都是转让股权，但对于自然人股东直接投资和通过合伙企业持股平台进行投资，个人所得税的税目是不一样的，适用税率也有不同。准确税务处理的关键，在于厘清投资主体究竟是自然人个人，还是其投资的合伙企业。从上述分析来看，合伙企业出售、转让股权所得，属于经营所得范围，应按照经营所得项目，计算缴纳自然人合伙人的个人所得税。对于自然人出售、转让股权，《国家税务总局关于发布〈股权转让所得个人所得税管理办法（试行）〉的公告》（国家税务总局公告2014年第67号，以下简称“67号公告”）有具体规定。67号公告明确，股权，指自然人股东（以下称“个人”）投资于在中国境内成立的企业或组织（不包括个人独资企业和合伙企业）的股权或股份。个人转让股权，属于财产转让所得，应适用20%的比例税率。本案例中，张某投资了A公司，A公司又代表张某对外投资，所以股权投资转让收入属于经营所得，A公司应按照5%~35%超额累进税率，为张某代扣代缴个人所得税。假如张某个人直接对外进行权益投资，则属于自然人股东的股权，如果将这部分股权对外转让，应根据67号公告的规定，按照财产转让所得，适用20%税率计算缴纳个人所得税。