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西雅图会遇见武汉2.0吗?

Davin king MedSci梅斯 2020-10-25

导语:美国社区传播引担忧,美国政府加大检测能力。



healthcareit



3月4日疫情简报

据国家卫健委最新(3月4日)通报,截至3月3日24时,中国大陆新增确诊病例新增确诊病例119例【湖北新增确诊病例115例(武汉114例)】,新增死亡病例38例(湖北37例,内蒙古1例),新增疑似病例143例。现有确诊病例27433例(其中重症病例6416例),累计治愈出院病例49856例,累计死亡病例2981例,累计报告确诊病例80270例,现有疑似病例520例,累计收到港澳台地区通报确诊病例152例。 截止今日(3月4日)晚间6时,新型冠状病毒感染确诊数字已累计80424例,现有27503例,现有疑似520例,累计治愈49937例,现有重症6416例,并已有2984例死亡。 中国每日死亡病例情况,@LIVE tracker.covid2019.app


 
世界卫生组织(WHO)当地时间3月3日在瑞士日内瓦召开新闻发布会,介绍新型冠状病毒肺炎疫情的全球最新情况,谭德塞博士强调各国应采取综合措施尽一切可能遏制疫情,2019冠状病毒不是季节性流感,不能完全像对待流感一样对待此次疫情。同时,世卫组织呼吁各国政府和制造商采取措施提高个人防护装备的供应,应对物资短缺。
 
谭德塞指出,这种病毒不是严重急性呼吸综合征(SARS)病毒,不是中东呼吸综合征(MERS)病毒,不是流感病毒。它是一种独特的病毒,具有独一无二的特征。新冠肺炎的传播效率不如流感,传播似乎并非由未出现症状的人所主导。同时它会引起比流感更为严重的疾病。现在尚无任何疫苗或治疗剂,但它可以被控制。这就是我们为什么必须尽一切努力控制它。因此,世卫组织建议采取全面的方法。
 
中国,韩国,意大利,伊朗,法国病例增长情况,@LIVE tracker.covid2019.app
 
全球疫情地图,截至3月3日,WHO,Coronavirus disease 2019 (COVID-19) Situation report-43

全球各地区病例增长情况,截至3月3日,WHO,Coronavirus disease 2019 (COVID-19) Situation report-43
世卫在3月3日的疫情简报中表示,目前全球共报告了90893例新冠肺炎病例,3110例死亡。在过去24小时内,中国报告了129例病例,这是自1月20日以来的最低病例数。而在中国以外,有48个国家共报告了1848例病例,尤其是东地中海地区新冠病例的增加非常大。全球新增病例中80%来自韩国、伊朗和意大利。昨天共有12个国家报告了首批病例。现在共有21个国家报告了一例病例。122个国家没有报告任何病例。
 
https://www.who.int/news-room/detail/03-03-2020-shortage-of-personal-protective-equipment-endangering-health-workers-worldwide
此外,谭德塞指出在抗击新冠肺炎的过程中,保护卫生工作者要放在重要的位置。随着疫情在全球的蔓延,全球范围内,个人防护设备的需求可能增加40%。世卫组织呼吁制造商提高产量加紧生产,以满足不断的需求。同时他也抵制任何市场操纵的行为。
 
除了韩国、伊朗和意大利呈现高暴发增长担忧外,美国可能存在的隐形社区传播也引发高度关注。据美国确诊病例中102例中有48例为归国侨民,54例为美国本土“原生病例”,并已有9例死亡,病毒已扩散在全美15州。


CNBC

美国卫生官员周二表示,上周在西雅图地区死亡的两人也感染了冠状病毒。这表明此病毒在该地区的传播比卫生官员此前所知的还要早几天。至此,美国感染冠状病毒的死亡病例升至九例,均发生在华盛顿州西雅图附近。加利福尼亚州、佛罗里达州、华盛顿州、德克萨斯州第二大城市圣安东尼奥市均宣布进入公共卫生紧急状态。

视频来源:CBS

美国食品与药物管理局(FDA)前局长Scott Gottlieb说,新冠肺炎至少已在美国2个州、可能多达4个州进入社区传播。他在周日美国CBS电视台指出,美国可能已有数百甚至数千人感染了新冠病毒,更多检测将发现更多病例。
 
https://www.wsj.com/articles/stop-a-u-s-coronavirus-outbreak-before-it-starts-11580859525
事实上,上月初Scott Gottlieb就在《华尔街日报》就撰文呼吁美国检测不明传染源的肺炎病例,即使没有中国旅行史,以在爆发前就遏制病毒传播。
 
包括华盛顿邮报、纽约时报及Bedford博客多方报道称,根据西雅图哈金森癌症研究中心(Fred Hutchinson Cancer Research Center)和华盛顿州大学权威生物学家Trevor Bedford的病毒样本的基因分析显示,新冠肺炎恐已在华盛顿州悄悄传播了近7周时间。
 
传播路线图
研究通过基因组学追踪的全新方式了解流行病学和传播方式,并且可以补充传统的接触者追踪和基于病例的报告的方式。在美国,第一例命名为“ USA / WA1 / 2020”。该病毒样本来自1月15日从武汉撤侨回美国斯诺霍米什县(Snohomish County)的旅行者,并于1月19日收集了棉签样本。该病毒由美国疾病预防控制中心迅速测序,并于1月24日公开共享。可以从基因分化树看到WA1的位置。
 
病例基因分化树变异情况,https://nextstrain.org/

Bedford分析2个病毒样本的基因序列,一个样本是1月中从中国回到斯诺霍米什县的全美首例确诊病例,另一个则是同郡里近日确诊的并没有旅游史与接触史的高中生,发现两个样本看来几乎完全相同。
 
Bedford分析的2个病毒样本的基因序列
 
该病毒的基因组信息与1月21日在福建采样病例样本“fujian/ 8/2020”具有相同的基因组,该病毒样本也被标记为从武汉输入病例,表明这两种病例之间存在密切关系。
 
上周,西雅图“流感研究团队”开始筛查本地区新冠肺炎感染病例样本。不久就发现在斯诺霍米什县的样本中发现了第一个阳性。该案引人注目,因为它是一个“社区案”,该患者曾寻求过流感样症状的治疗,接受过流感检测,然后因轻度疾病而被送回家。在2月28日由Shoreline公共卫生实验室诊断确认后,通过基因测序“USA / WA2 / 2020”样本,并在2月29日获得了基因组,结果令人发现WA2样本与WA1样本具有相同基因组,并发生了三个其他突变。两病例相距不到15英里。
 
Bedford推文表示分别传入美国的可能性不大 @trvrb 
 
WA1和WA2在病毒基因组中的18060位点具有相同的遗传变异
 
基因树结构来看从WA1到WA2的传输链是一致的,WA1和WA2在病毒基因组中的18060位点具有相同的遗传变异,但现有来自中国的病例测序结果来看只有2/59(3%)病毒样本序列拥有该变异,两组病毒无关且分别传入美国的可能性不大。Bedford说,这不是确凿的证据,但仍然有力的表明WA2是WA1的直接后代。英国爱丁堡大学分子进化教授Andrew Rambaut表示,“两组病毒单独进入美国并到达同一地理区域且基因相关是极其不可能的,除非它们有联系。”
 
Bedford表示,武汉从2019年11月〜12月的初发病例到2020年1月中旬就达数千例,大约9-10周的时间里就导致广泛的本地传播。我们现在认为,WA1病例在1月15日至1月19日之间被隔离之前使其他人接触了该病毒,西雅图地区的的传播可能开始于1月15日,距离现在已是7周后。
 
平均倍增时间为6.1天,估计3月1日该传播链中当前感染的数量为570,不确定性区间为(90%CI:80至1500)
 
Bedford估计目前西雅图约已有600例感染,这与我对1月1日在武汉的感染数量的系统动力学估计相符。三周后,武汉有数千例感染,因此被大规模检疫封锁的非药物干预措施让中国避免了数以百万计的感染。
 
参与这项研究的华盛顿疾病建模研究所(Institute of Disease Modeling)Mike Famulare表示,如果病毒从1月中旬就开始在华盛顿州传播,那么可能意味着各处有150至1500人感染,最有可能的范围是300人至500人。因为,这些人当中可能被感染然后康复了,或者目前还在被感染中。
 
Bedford在其推文写道,这是病毒过去6周已在华盛顿州悄悄散播的有力证据。我相信我们正面临华盛顿州即将大爆发,只是很多人未被筛检出来,因为先前筛检标准太窄,只要求曾到过中国的人筛检,“不测就没有确诊”。
 
 第一版美国新冠肺炎检测标准

 第二版美国新冠肺炎检测标准
来源美国CDC官网
 
随着美国出现多个感染来源不明确诊病例,美国疾病控制与预防中心2月27日公布了最新的新冠肺炎检测标准,监测的人群包括14天内接触过与疾控中心确诊病例有密切接触的人,包括医护工作人员,且有发烧或下呼吸道疾病症状的人(如咳嗽、呼吸急促);14天内有以下地区旅行史(中国、伊朗、意大利、日本、韩国),且有发烧或下呼吸道疾病症状的人(如咳嗽、呼吸急促);来源未明,但有发烧、严重的急性下呼吸道疾病症状(例如肺炎、急性呼吸窘迫综合症),需要住院治疗,又没有其他解释性诊断(如流感)的患者。
 
相比中国、韩国万人份以上大规模检测,美国CDC在新冠检测标准及检测工作方面的仍然存在不足与迟缓,饱受各界批评诟病。有不少美国国内公共卫生、流行病专家很早就呼吁尽快大规模检测,以了解与应对病毒大范围传播。

美国纽约长老会医院传染病医生Matt McCarthy,来源:CNBC

美国纽约长老会医院传染病医生Matt McCarthy在CNBC财经节目“Squawk Box”上表示,美国疾病控制与预防中心(CDC)三月还没有分发到医生那边,他节目中表示到本周中,可能就是数百例,下周可能就是数以千计。而这只是测试问题。他无奈气愤地说道,“这简直就是全国性丑闻!有些国家1天可以检测10000人,但美国却还没开始。我是一名在第一线的医生,却没有合适的手段来照料病人。
 
https://www.nytimes.com/2020/03/02/health/coronavirus-testing-cdc.html
 
3月2日,《纽约时报》在的报道中三连问,指责在严峻的疫情面前,美国疾控中心(CDC)仍坚持使用自研的、有缺陷的核酸试剂盒,而不用德国团队早已研究出的同类产品,这直接导致检测进展缓慢。
 
https://www.sciencemag.org/news/2020/02/united-states-badly-bungled-coronavirus-testing-things-may-soon-improve
 
《科学》此前对此也提出质疑的批评,认为美国CDC对于新冠肺炎的确诊标准、方式、试剂盒质量限制了全国的病毒检测能力,截至2月底,美国只完成459次检测,文章强调速度对于响应新冠疫情至关重要,并称这一现状应该很快会改观。
 
美国国会华盛顿州参议员Patty Murray
 
美国国会华盛顿州参议员Patty Murray也对这种情况深感沮丧。“未能开发和分发工作测试套件给公共卫生机构的确确实浪费了我们宝贵的时间。我听到整个州的人感到沮丧,”他认为就目前情况来看,各州在“检测方面存在严重不足”。她说,在华盛顿州,很多认为自己可能感染该病的民众想要进行检测,但不知道如何操作。在华盛顿州和全国各州民众甚至没有办法确认自己是否感染,这完全不可接受。

美国疾病控制与预防中心首席副主任Anne Schuchat星期二早些时候在参议院的一个听证会上说,到本周末,所有州和地方的实验室都可以检测新冠病毒。她说:“疾控中心已经向公共卫生实验室提供检测试剂盒,预计到本周末,这些试剂足够检测7.5万人。

 

美国副总统迈克∙彭斯3月4日也向记者表示,准备每周检测最多100万人是否携带新冠病毒。彭斯称,“任何美国人都能接受检测”,不限于出现病毒感染病征的人群。


正如,美国加州州长Gavin Newsom所说,当务之急是扩大检测能力。不仅是对加州,对整个美国都是如此。
 
 
来源:梅斯医学

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