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生信分析平台搭建(十九):安装Galaxy

2018-01-26 基因学院 基因学苑

编者按

前面我们的应用都使用Ubuntu的终端命令行,如果实在是不喜欢命令行,可以提供一个图形化的数据分析界面,Galaxy就是这样一个生物信息分析的图形化框架,可以进行个性化设置,安装到服务器端对外提供服务。

接前面:

手把手教你生信分析平台搭建(一)

生信分析平台搭建(二):安装Linux系统

生信分析平台搭建(三):系统设置

生信分析平台搭建(四):共享文件夹

生信分析平台搭建(五):个性化设置

生信分析平台搭建(六):系统配置

生信分析平台搭建(七):bioconda

生信分析平台搭建(八):利用Synaptic安装生物软件

生信分析平台搭建(九):Aspera

生信分析平台搭建(十):Rstudio-server

生信分析平台搭建(十一):制作安装盘

生信分析平台搭建(十二):添加磁盘

生信分析平台搭建(十三):安装GNOME桌面

生信分析平台搭建(十四):用户管理

生信分析平台搭建(十五):RAID

生信分析平台搭建(十六):CentOS

生信分析平台搭建(十七):服务器配置

生信分析平台搭建(十八):如何选购服务器



二十四:基本配置

1、安装vim

git clone -b release_17.09 https://github.com/galaxyproject/galaxy.git


2、cd 到galaxy目录,运行安装脚本,这一步比较耗时。

sh run.sh

3、安装成功之后,默认本地运行,浏览器登录127.0.0.1:8080,默认8080端口(Rstudio使用8787端口)。


4、默认本地运行,如果想放到互联网上,需要修改配置文件config/galaxy.ini,如果没有这个文件,拷贝生成

cp galaxy.ini.sample  galaxy.ini

host = 0.0.0.0


5、添加管理员账户修改配置文件 vi config/galaxy.ini,将管理员账户添加到admin_users关键字中。

# this should be a comma-separated list of valid Galaxy users admin_users = user1@example.com,user2@example.com

6、安装所需工具


---------- END ----------


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