宏基因组分析教程合集
宏基因组/微生物组是当今世界科研最热门的研究领域之一，为加强本领域的技术交流与传播，推动中国微生物组计划发展，中科院青年科研人员创立“宏基因组”公众号，目标为打造本领域纯干货技术及思想交流平台。成立10个月关注人数近2万，累计阅读近2百万次。
现整理宏基因组方向的分析教程合集，以飨诸位。
为满足广大读者进一步学习的需求，现联合《生信宝典》组织宏基因组学专题培训课程，进一步学习和交流宏基因组学分析技术，手把手带您快速入门、节约宝贵的时间，助力科研成果早日产出。
课程涉及主要内容如下：
一、宏基因组学概述
背景：国际微生物组、中国微生物组计划
研究对象：人、动物、植物、环境
研究方法：培养组学、扩增子、宏基因组、宏转录组、宏蛋白组、宏代谢组、宏基因组关联分析、宏表观组……
宏基因组学的研究热点：培养组、肠菌与疾病、MWAS……
二、宏基因组测序原理和实验设计
测序基本原理
肠道、环境、根系样品制备、实验重复和测序数据量的选择
正确设计实验组与正/负对照
样品制作和建库中的误区、注意事项
宏基因组分析SCI文章的常用套路
宏基因组与扩增子优缺点比较
三、宏基因常用结果解读
原始数据评估、组装结果好坏的判断
基于基因丰度样品、组间差异展示：相关性、PCA、PCoA、CCA等结果怎么看
差异KEEG及相关pathway通路图结果
Cicos常用场景：基因拼接展示、分类功能基因来源分布
韦恩图、三元图展示三组及多组间相同与不同
网络图与分组、环境因子相关的意义
四、宏基因分析流程讲解及实战
实验设计的编写原则
HiSeq数据的质控：fastqc, Trimmomatic, MultiQC, khmer
宏基因组拼接：megahit, SPAdes
拼接结果评估：quast
基于kmer样品和组间差异分析：sourmash
基因注释：Prokka、MetaGeneMark
构建非冗余基因集：cd-hit
基因丰度估计：bowtie2, bwa, salmon等方法快速基因丰度定量，后续可进行PCA、PCoA、CCA等整体组间差异比较；也可进一步进行edgeR、metastat、Lefse进行组间差异基因分析；
物种注释：获得非冗余基因集物种注释信息，结合第8步丰度值可进行组间差异物种分析；
基因功能分类注释：代谢通路(KEGG)，同源基因簇(eggNOG)注释，结果8中丰度进行组间差异功能比较；
五、高级分析与可视化实战
R语言统计绘图与可重复计算
宏基因组中鉴定单菌(分箱bin)：Maxin, metabin
Bin结果评估及可视化：CheckM, VizBin
宏基因组可视化：Circos、Anvi’o
有参宏基因组分析：MetaPhlAn2、Humann2
在线绘图：METAGENassist
在线流程：megan6、MG-RAST
网络分析: igraph、WGCNA、Cytoscape
主讲教师
主讲老师包括中科院微生物所、遗传发育所、基因组所、生物物理所等多名本领域一线技术专家。
助教团队
十余名科学院、清华、北大博士(含在读)，轮值讲师和助教，辅助学员学习和矫正培训过程中不足的点。
培训时间
2018-07-14 到 2018-07-15 (线下讲解实战)
2018-07-21 到 2018-07-22 (可线上线下同时，照顾不能长时间在北京的朋友)
每天早9点到晚5点，半封闭式教学
报到时间：开课前的周五晚上准备晚宴欢迎大家，促进相互认识和了解
授课地点
北京市西城区鼓楼明德大厦 (北京市旧鼓楼大街47号院2号楼2010)。
课程价格
原价 6999 元/人，
截止 2018-06-29 4199 元/人
之后恢复原价6999元/人 (住宿自行解决，提供培训期间午餐)名额有限，每次课程报名满30人后自动关闭报名通道
提供易汉博基因科技实习机会或工作机会
暑期促销优惠活动
在2018年6月底前报名且成功缴费的用户，不仅可以获得上课的前排座位(座位按报名并成功缴费顺序从前到后龙摆尾式排序)，更可同时享受如下四重优惠。
赠送价值188元线上生信基础课程一门，目前有《应用Python处理生物信息数据和作图》、《生物信息作图系列R、Cytoscape及图形排版》和《转录组高级分析》和《生物信息中的Linux应用》任选其一。
多人(N，10>N>1)组团报名并同时缴费，每人还可获得价值N百元的礼品(充值或购物卡)。
零元学习588元微生物扩增子实战分析，学员预先购买课程，待完成宏基因组线下课程者，返现90%(10%被腾讯课堂扣除)。
*注意事项
需自备笔记本电脑，系统不限(推荐使用Windows 10系统，8G内存更流畅)。课程实践提供云计算平台。
培训班所有数据，文档为内部资料，仅供参阅，未经允许不得翻印外传登刊。
上课期间禁止录音，录像。
成功付款的学员，若临时有紧急事情不能到来的，可申请延期，更换后续培训班；也可申请退款。
若开课2周 (含) 前申请退款可退还85%费用；开课3个工作日 (含) 前申请退款退还70%的费用。
不可先延期再退款。
更多课程的详细介绍，请扫描下方二维码。
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http://www.ehbio.com/Training/ 或
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精品回顾
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