植物单细胞转录组的春天来了，还不上车？Science, PC, PP, MP, bioRxiv各一个

植物单细胞转录组的春天来了，还等什么？Science, Plant Cell, Plant Physiology, Molecular plant, bioRxiv各一个。上海生科院王佳伟老师课题组贡献国内第一篇单细胞转录组。另外4篇，有一半也有中国人参与。

2018年8月29 拟南芥根4000个单细胞

题目：High-throughput single-cell transcriptome profiling of plant cell types

杂志：Biorxiv

作者：Christine N. Shulse, Benjamin J. Cole, Gina M. Turco, Yiwen Zhu, Siobhan M. Brady, View ORCID ProfileDiane E. Dickel

单位：劳伦斯伯克利国家实验室

链接：https://www.biorxiv.org/content/early/2018/08/29/402966.full.pdf

概述：采用Drop-seq技术绘制了拟南芥根中>4000个细胞，揭示内皮发育过程中基因的表达变化。

2019年2月4日 拟南芥根7552个单细胞

题目：Single-Cell RNA Sequencing Resolves Molecular Relationships Among Individual Plant Cells

杂志：Plant physiology

作者：Kook Hui Ryu, Ling Huang, Hyun Min Kang, John Schiefelbein

单位：美国密歇根大学

链接：http://www.plantphysiol.org/content/179/4/1444

概述：采用10X Genomics公司单细胞测序平台获得了拟南芥根尖组织10000个细胞，其中7552个野生型单细胞转录组数据（包含3个生物学重复），鉴定了根毛和非根毛细胞的发育轨迹；两个突变体的3000个左右细胞，从单细胞水平鉴定rhd6和gl2突变表皮细胞中可以同时表达根毛细胞基因和非根毛细胞基因。

2019年4月5日 玉米144个生殖细胞

题目：Defining the developmental program leading to meiosis in maize

杂志：Science

作者：Brad Nelms, Virginia Walbot

单位：斯坦福大学

链接：https://science.sciencemag.org/content/364/6435/52?iss=6435

概述：发现减数分裂前基因表达平稳，细线期后出现两步转录组重构，其中26.7%的转录本发生了两倍或更多的丰富变化。对细胞周期基因表达的分析表明，几乎所有的胚前细胞都会增殖，从而消除了产生减数分裂细胞的干细胞模型。

2019年3月28 拟南芥根3121单细胞

题目：Dynamics of gene expression in single root cells of A. thaliana

杂志：Plant Cell

作者：Ken Jean-Baptiste, José L McFaline-Figueroa, Cristina M Alexandre, Michael W Dorrity, Lauren Saunders, Kerry L Bubb, Cole Trapnell, Stanley Fields, Christine Queitsch, Josh Cuperus

单位： University of Washington

链接：http://www.plantcell.org/content/early/2019/04/17/tpc.18.00785

概述： 采用Monocle 3重构了根的单细胞发育轨迹，识别出细胞类型特异性表达的基因和发育过程中的转录因子调控模式。同时做了热激处理下细胞反应的异质性。

2019年4月17 拟南芥根7695单细胞

题目：A Single-Cell RNA Sequencing Profiles the Developmental Landscape of Arabidopsis Root

杂志：Molecular Plant

作者：Tian-Qi Zhang，Zhou-Geng Xu， Guan-Dong Shang， Jia-Wei Wang

单位：上海生科院

链接：https://www.cell.com/molecular-plant/fulltext/S1674-2052(19)30133-9#

概述：国内第一篇植物单细胞转录组文章，鉴定了24个细胞簇和相应的Marker基因，并且发现每个根细胞簇展现了不同的离子吸收和激素响应模式。同时提供了一个网站 http://wanglab.sippe.ac.cn/rootatlas/ 方便数据集的再次使用。

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单细胞系列教程

群体转录组是我们最常接触到的一种高通量测序数据类型，其实验方法成熟，花费较低，分析思路简洁清晰，是入门生信，解决最常见问题的首选。

单细胞分析是近几年的明星技术，多次被Nature、Science评为年度技术，而且几乎每期CNS都有单细胞类文章发表，可见其炙手可热。单细胞分析还在于其重要的科研价值，如细胞分型、鉴定肿瘤的异质性、分析稀有细胞等。更重要的是，单细胞实验和分析技术还有不成熟的地方，这也是以后能取得大突破的地方。

本次课程与2019年5月10日-12日在北京鼓楼开班，将系统讲述基于和不基于比对的转录组分析流程，从原始数据到表达矩阵、差异基因、富集分析、加权共表达网络、通路分析、可视化绘图等一系列常见操作，理论和实践兼备。单细胞部分包括其建库测序原理，不同单细胞技术的比较、优缺点，单细胞常用R包Seurat、Monocle、Scater的实战等，而其他功能分析部分与群体转录组就比较相似了，可以糅合到一起。

课程大纲

每节课1小时一个主题，理论结合实战，学懂原理，实战实操，全是老司机多年经验和代码的无私分享。下面是课程安排，如11代表第一天第一节课，26代表第二天第六节课，41为两周后的线上集中视频答疑。

编号	主题	简介
11	转录组概述	转录组设计、应用、批次效应等
12	转录组分析流程简介	基于/不基于比对的分析流程讲演
13	Salmon定量实战	不基于比对直接定量基因和转录本的表达
14	差异基因分析 DEseq2	样本聚类热图、PCA、火山图、差异热图
15	GO、KEGG富集分析和可视化	R包，Cytoscape，泡泡图，网络图
16	GSEA富集分析，enrichMap	GSEA时间序列或相关性富集分析
17	R基础	数据读写、处理和可视化
21	二代三代测序原理介绍	建库测序过程及注意事项
22	转录组软件安装	Linux下一键配置转录组分析环节
23	STAR比对拼装差异剪接	和差异基因分析
24	WGCNA基因加权共表达	共表达网络、Hub基因和性状关联热图
25	Cytoscape绘制 PPI互作	KEGG调控通路网络图+基因表达
26	常见生信图表解读	Illustrator进行CNS修图和排版
27	Linux基础	详细解释代码和文件格式转换
31	单细胞转录组特点介绍	不同技术比较、适用性和注意事项
32	单细胞数据分析和预处理	Cellranger分析，细胞和基因筛选
33	单细胞分型	Seurat, Scater, PCA, TSNE, SC3聚类
34	单细胞发育演化分析	Pseudotime, Monocle，细胞周期鉴定
35	单细胞Marker基因鉴定	Scran, 差异分析，功能分析
36	考试、圆桌论坛	自评学习效果、知识点回顾
41	答疑-线上	答疑、考试内容串讲

教程内容简介如下：

转录组的应用、设计和案例分享

1. 转录组学研究技术介绍

2. 转录组学实验设计和测序原则、注意事项

3. 二代、三代测序过程和原理解析

4. 转录组学文章案例分析

5. 在线基因表达资源数据库

转录组分析流程实战

1. 不基于比对的差异基因分析

2. 基于比对的差异基因分析

3. 转录本组装和选择性剪接分析

转录组高级分析

1. WGCNA基因、表型关联分析

2. Cytoscape 共表达网络绘制

3. 转录组常见图形在线绘制

4. KEGG/Reactome通路图绘制，表达映射

5. 基因互作的文献挖掘和数据库挖掘展示

单细胞转录组分析

1. 单细胞数据预处理和校正

2. 细胞分型，PCA,  TSNE,  SC3聚类

3. 单细胞发育演化分析

4. 转录组常见图形在线绘制

5. 单细胞Marker基因鉴定，差异分析和功能分析

6. 别人的电子书，你的电子书，都在bookdown中有一本不错的单细胞分析教材
   

常见图表解读和图形编辑排版

在培训上，结合发表高水平文章，进一步讲解16种常用分析图的原理和使用范围，让你不仅读懂图，更知道如何应用于自己的研究，并亲自轻松完成绘图。

针对大家使用R语言绘图学习时间成本较高的问题，易生信团队针对常用16种图开发了免费绘图网站，一键出图，更可鼠标点选参数修改图形的个性样式。

成果发表是科研过程中不可缺的一部分，发表成果又少不了图形展示。文章图表排版是否整齐规范、协调一致、重点突出对一篇文章的发表也是有不少贡献的。之前推出的文章发表图的修改和排版讲演了部分图形编辑和排版操作，本次培训也会实践从原始图形、到细节修饰再到排版发表的整个过程和注意事项。

基因组浏览器用于多组学数据的可视化和关联分析，本地有IGV，在线有UCSC genome Browser和Epigenomebrowser，各有特色。

生信基础知识

1. Linux/Windows下Rstudio和Linux命令的使用

2. Linux/Windows下转录组分析流程的搭建

生物学家必要掌握的Shell和R语言基础知识。

(如果基础薄弱，报名付款成功后，可免费领取基础程序课，做好准备工作, 让程序成为我们的得力工具而不是学习新知识的绊脚石。)

单细胞系列教程

定制内容

如果您看到文章中有哪些图或分析工作需要重现，也请提出，一起讲述。

如果您有其它关注的问题，也请报名时提出，把这次课程变成您的定制讲解。

授课模式

本课程以讲解流程和实际操作为主，采用独创四段式教学，封装好的代码全部分享，随处可用：

• 第一阶段 3天集中授课；

• 第二阶段 自行练习2周；

• 第三阶段 在线直播答疑；

• 第四阶段 培训视频继续学习；

• 实现教-练-答-用四个环节的统一协调。

培训时间

2019-5-10 到 2019-5-12 (线下讲解实战)
每天早9点到晚6点，半封闭式教学 (最后1小时为集中讨论时间，最后一天会稍微提前一些，多留出时间讨论，也方便老师乘车返回)
报到时间：开课当天

授课地点 （暂定，鼓楼附近）

北京市西城区鼓楼附近（鼓楼地铁站周边1公里）。

课程价格

1.  截止2019-05-03 4500 元/人 （报名官网查看更多优惠）

2. 名额有限，每次课程报名满40人后自动关闭报名通道

3. 提供易汉博基因科技实习机会或工作机会

课程福利

1. 座位按报名并缴费或预付款成功顺序从前到后龙摆尾式排序

2. 赠送程序基础课一份 (http://bioinfo.ke.qq.com)

3. 多人（N）组团报名并同时缴费，每人还可减免N-1百元 (最高500)

4. 赠送金士顿U盘一个（32G含培训数据和脚本）

5. 附推荐语分享该招生信息到朋友圈，截图发到[e-mail] 可获200元腾讯优惠券

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