房企股权转让后土增退税，税款归属于谁？
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地产公司处理股权收并购业务时，虽然合同主要由法务或律师负责，但税务条款也是相当重要的，需要税务管理人员或税务师事务所把关。本案例就是约定不太清楚导致的一个诉讼，值得借鉴。其实只需要在税费条款中明确一下权利义务对称就好了，简单几个字就是少要补，多要退。该案件协议只明确了交割日前税费由转让方承担，但未明确如果有对应的退税该怎么处理，对以后签署该类协议也是一个教训。
终审判决中指出，“税费承担”约定：“各方同意，在本次交易交割日前目标公司已售物业（含未开票部分）所产生的除企业所得税以外的其他税收费用（增值税、城建税、教育费附加、地方教育费附加、土地增值税、印花税、土地使用税）由转让方承担”。由于土地增值税退税与预缴土地增值税密切相关，经税务部门清算审核后，多缴的土地增值税就会产生退税款。根据一审在案证据反映，股权转让事实发生前预缴土地增值税税额6040041.92元，应缴纳土地增值税税额127267.38元，依法应退还的土地增值税税款金额为5912774.54元。故依据协议约定股权变更登记之日即为交割日，交割日前应缴纳的土地增值税由转让方科中控股公司、科中投资公司承担。协议虽未明确土地增值税退税款的归属，但根据权利义务相对应的原则，科中控股公司、科中投资公司承担交割日前的土地增值税税款的同时，也应享有土地增值税的退税款。而协议3.12条也约定：“交割日前，目标公司应收款项应以转让方披露的债权清单为准（如有遗漏，以实际发生的为准），该等款项及银行存款归转让方所有”。因此，万华公司应将案涉的土地增值税退税款支付给科中控股公司、科中投资公司。
土增退税实务处理：
1.房企土增清算涉及所得税退税计算说明2.房企土增清算后退税的税会处理3.土增清算申请退税却被纳税调整，房企应重点关注这些问题4.土增清算涉及的企业所得税退税，可以这样办理！5.土地增值税清算时企业所得税应退税款计算判例原文：
上诉人（原审被告）：长兴万华房地产开发有限公司。
被上诉人（原审原告）：湖州科中控股集团有限公司。
被上诉人（原审原告）：湖州科中科技投资有限公司。
上诉人长兴万华房地产开发有限公司（以下简称万华公司）因与被上诉人湖州科中控股集团有限公司（以下简称科中控股公司）、湖州科中科技投资有限公司（以下简称科中投资公司）股权转让纠纷一案，不服浙江省长兴县人民法院（2021）浙0522民初1360号民事判决，向本院提起上诉。本院于2022年2月7日立案受理后，依法组成合议庭进行了审理。二审中双方当事人均未提交新证据，且同意以调查方式审理本案。案经阅卷、调查和询问当事人，本案现已审理终结。
万华公司上诉请求：一、撤销一审判决并改判驳回两被上诉人一审的全部诉讼请求；二、本案一、二审诉讼费由两被上诉人承担。
事实与理由：
1、一审法院认为本案争议焦点为万华公司在股权转让前缴纳的土地增值税退税款是否应返还两被上诉人需考虑两个因素，一是《股权收购协议》如何约定，二是本案款项是否在（2019）浙05民终933号案件中一并处理。一审法院关于该节的事实认定错误。此外，一审法院认为《补充协议》第一条“上述问题解决后，双方均不得再提及该项目额外权责问题”不能对抗被上诉人依据该协议第九条“本协议未尽事宜，双方协商解决，协商不成的可向项目所在地人民法院提起诉讼”的约定提出的新主张。一审法院关于该节事实的认定也是错误的。关于《股权收购协议》如何约定的事实，一审法院认为，虽然《股权收购协议》对土地增值税退税款没有明确约定，但该协议有以下约定内容：本次交易价款是基于金御湾二期作为住宅开发用地价值及金御湾一期待售物业价值之和减去转让方优惠所得；交割日前万华公司应收款项（以转让方披露的债权清单为准，如有遗漏以实际发生为准）及银行存款归转让方所有，万华公司收到属于转让方的应收款后于两个工作日直接转入转让方指定银行账户。由此，一审法院确定转让双方的真实意思是以股权交割日作为权利义务的分割线，股权转让前的权利义务归属转让方，股权转让后的权利义务归属受让方。并且，海宁鸿逸置业有限公司（以下简称鸿逸公司）支付的股权对价中并不包括转让前已售物业相关的权利，包括本案退税款。故一审法院认为根据《股权收购协议》的约定，两被上诉人有权向万华公司主张返还退税款。万华公司认为，一审法院作出两上诉人有权向万华公司主张返还退税款的推定有违案涉股权交易的基本事实，且存在重大偏差。
第一、案涉股权交易是一个整体，包括股权对价4000万的确定，万华公司（目标公司）税费和负债的清理。股权交易前，万华公司尚欠大量债务及税费，可以说万华公司的股权权利存在瑕疵，股权交易过程中必须对上述债务及税费及时清理，涤除万华公司股权瑕疵才可以使得交易顺利进行。关于股权对价4000万的确定也是转让双方基于整体考量后的结果。否则，股权对价将大打折扣。因此，整个交易价款的确定是转让双方整体考量后的最终确定。作为受让方来说，股权交易目的即收购一个完整无瑕疵的股权。因此，股权转让后，除《股权收购协议》明确列明之外，转让方不得主张其他任何权利。本案中，关于退税款的归属虽没有明确约定，但从股权交易的事实和过程来看，鸿逸公司支付的股权对价当然包括转让前已售物业的相关权利，包括本案退税款（股权收购协议有明确约定的权利除外）。
第二、关于《股权收购协议》3.12条约定：交割日前万华公司应收款项（以转让方披露的债权清单为准，如有遗漏以实际发生为准）及银行存款归转让方所有，万华公司收到属于转让方的应收款后于两个工作日直接转入转让方指定银行账户。该条是整个《股权收购协议》对交割日前转让方应收款项的约定，一审法院认为万华公司应根据《股权收购协议》将股权转让前的退税款返还两被上诉人，一审法院的上述观点是错误的。万华公司认为案涉退税行为虽然发生在（2019）浙05民终933号判决之后，但不能割裂事实，忽视一个行为发生的整体性而单独认定。第一、案涉退税款包括股权转让前后两部分，房地产项目从预缴土地增值税到符合清算条件后依据国家相关规定完成清算，这是一个整体。无预缴之因便无退税之果。两被上诉人作为万华公司的原股东对案涉退税行为有明确的预见，但并未在《股权收购协议》中要求案涉退税款返还，故综合整个缴税退税之连续性整体行为来看，这并不能认定为新发生的事实。第二、两被上诉人与鸿逸公司在股权收购过程中针对该项目纠纷频发，故双方再立《补充协议》，该协议以列举的方式，列出了双方的纠纷并协商约定了解决方案，文末以兜底的方式强调除上述纠纷外，双方均不得再提及该项目额外权责问题。该协议系各方真实意思表示，也是对股权收购项目一劳永逸之解决方案，清楚阐明不得在提及额外权责。后该协议因履行问题再次涉诉，并由湖州市中级人民法院终审判决，案号（2019）浙05民终933号。无论从《补充协议》来看，还是（2019）浙05民终933号民事判决书来看，案涉退税款应属万华公司，两被上诉人均无权主张任何权利。
2、关于一审法院认为万华公司提出的《补充协议》第一条“上述问题解决后，双方均不得再提及该项目额外权责问题”不能对抗被上诉人依据该协议第九条“本协议未尽事宜，双方协商解决，协商不成的可向项目所在地人民法院提起诉讼”的约定提出的新主张。万华公司认为：一审法院的上述观点完全割裂了《补充协议》的整体性。因为《补充协议》第一条是紧紧围绕《股权收购协议》履行产生的问题而设定的，并以兜底性条款特别表明：“上述问题解决后，双方均不得再提及该项目额外权责问题”。该条清楚表明是两被上诉人不得再提及该项目额外权责。从表述上看，清楚表明是“该项目”额外权责，是整个项目。本案退税款当然属于本条列举之外的该项目额外权责。关于该协议第九条约定的“未尽事宜可以提起诉讼”，此处的“未尽事宜”也应该是在该协议已列举的问题解决过程中产生的“未尽事宜”而非新增额外问题。因为第一条兜底性条款已将新增问题排除。否则第一条的兜底性条款约定的意义何在。一审法院未能从整体上对该份《补充协议》的条款设置进行分析进而曲解了第九条的原有之意，且主观扩大了该条的适用范围，属于重大事实认定错误。
3、关于举证责任问题，本案一审法院减轻两被上诉人举证责任，加重万华公司举证责任，非但未要求两被上诉人就案涉退税款归属继续举证，且认为万华公司未能举证证明（2019）浙05民终933号判决中的全部损失包含了本案退税款。万华公司认为：依据《中华人民共和国民事诉讼法》第64条规定：当事人对自己提出的主张，有责任提供证据。首先，一审中，两被上诉人作为原告对其诉讼请求，负有举证责任，证据不足应承担不利后果。两被上诉人主张退税款归其所有必须提供相应证据加以证明。但从《股权收购协议》来看，并无约定案涉退税款归其所有。故本案应由两被上诉人继续举证，而非一审法院无事实依据的推断。其次，关于（2019）浙05民终933号判决中的全部损失是否包含了本案退税款。同理，该项举证责任应当由两被上诉人举证证明该判决的损失不包括案涉退税款，而非由上诉人证明该判决的损失包括案涉退税款。再次，从庭审事实上看，《股权收购协议》和《补充协议》作为本案关键性证据均在一审法院予以认定。包括《股权收购协议》第6.1条关于违约责任的兜底性条款和《补充协议》关于权责的兜底性条款，均得到认定。故万华公司的举证责任已履行完毕。综上，请求二审支持万华公司的上诉请求。
科中控股公司、科中投资公司辩称：一、《股权收购协议》2.4.1约定：“各方同意，在本次交易交割日前目标公司已售物业（含未开票部分）所产生的除企业所得税以外的其他税收费用（增值税、城建税、教育费附加、土地增值税、印花税、土地使用税）由转让方承担”。二、《股权收购协议》3.12约定：“交割日前，目标公司应收款项应以转让方披露的债权清单为准（如有遗漏，以实际发生的为准），该等款项及银行存款归转让方所有。目标公司收到属于转让方所有的应收款后，于两个工作日内直接转让入转让方指定的银行帐户，由于该等款项产生的税负由转让方承担”。故一审法院按上述协议内容为基础，作出的事实认定是正确的。万华公司在本案诉讼前，从未向两被上诉人主张过股权转让存在瑕疵要求被上诉人重新确定股权对价，在一审时也未提起反诉。故万华公司以该节事实作为上诉理由不能成立。三、关于土地增值税退税款的认定，《股权收购协议》中虽然没有直接约定退税款的归属，但从下列约定内容其归属应属两被上诉人是明确的。其一、根据《股权收购协议》2.4.1条约定，属被上诉人在交割日前对税负权利义务的约定，如在交割日前需补交土地增值税，其补交义务人是被上诉人，根据权利义务对等原则及公平原则，在交割日前的退税理应由被上诉人享受。其二、该权利义务在《股权收购协议》签订时无法确定，只能等到作为目标公司的上诉人完成税务申报，经税务部门审核后才能确定退或补，故在协议中约定按交割日作为时点确定权利义务享受或承担完全符合常理，并符合法律规定。既然如此，在交割日前存在的权利应由被上诉人享受。四、《股权收购协议》中，万华公司作为目标公司独立作为协议一方主体，对协议内容盖章确认，故其对协议中约定的与其相关的协议内容理应按协议约定执行。《股权收购协议》3.12条约定了万华公司在收到属被上诉人享有的权利款项后，应立即支付给被上诉人。这与万华公司在上诉状中称“一审法院将公司财产与股东财产混同，没有作出区分认定”没有任何关系。被上诉人向万华公司主张权利完全符合协议约定。五、关于退税款项是否在（2019）浙05民终933号判决书中一并处理的问题，被上诉人认为退税款项没有在（2019）浙05民终933号判决书中未一并处理，理由如下：1．（2019）浙05民终933号判决书解决的是2018年6月7日所签订的《补充协议》的履行问题，该《补充协议》中各方对协议中约定的“应收含股权、利息加工程折让、物业、商品房保修金”的事项通过法院诉讼形式处理，解决的事实仅仅是《补充协议》中约定的争议事项，未包括本案诉争事实。本案诉争事实发生在补充协议之后，按常理在补充协议中也不可能处理该事实。2．按前述理由，退税款属《股权收购协议》中约定的被上诉人的权利，不属于双方争议事项。3．《补充协议》签订后，万华公司并未履行该协议，湖州市中级人民法院（2019）浙05民终933号判决依据是《股权收购协议》，而非《补充协议》。4．《补充协议》第七条约定：“如收购方及项目公司继续违反本《补充协议》约定，转让方可按原《股权收购协议》要求收购方承担全部违约责任”，第九条约定：“本协议未尽事宜，双方协商解决。协商不成的可向项目所在地的人民法院提起诉讼”，就该约定的内容并结合上述相关事实，除万华公司未履行《补充协议》外，未尽事宜仍存在诉权。六、关于举证责任问题被上诉人在一审时已向法院举证了所有与主张相关的证据，已按民事诉讼法第64条规定，履行举证义务。不存在举证责任倒置问题，万华公司的该节上诉理由不能成立。故被上诉人认为一审判决认定事实清楚，适用法律正确，请求驳回上诉，维持原判。
科中控股公司、科中投资公司向一审法院起诉请求：1．万华公司返还土地增值税退税款591 2774.54元、鉴定费50000元，合计596 2774.54元；2．万华公司支付律师代理费20万元；3．一审案件诉讼费由万华公司承担。
一审法院认定事实：2017年7月26日，科中控股公司、科中投资公司作为转让方，案外人殷敏华作为转让保证方，鸿逸公司作为收购方，鸿翔公司作为收购保证方，万华公司作为目标公司签订了一份《股权收购协议》，约定万华公司注册资本为4000万元，实收资本4000万元，科中控股公司和科中投资公司分别持有万华公司90％和10％的股权。于该协议签署之日，万华公司已完成位于长兴县雉城中央大道和经三路交叉口的“金御湾一期”住宅项目的建设开发，并拟于同一地址进行“金御湾二期”住宅项目的建设开发。鸿逸公司和科中控股公司、科中投资公司均同意由鸿逸公司收购科中控股公司、科中投资公司在万华公司100％的股权。基于金御湾二期作为住宅开发用地价值及金御湾一期待售物业价值之和减去转让方优惠，本次股权交易价款暂定为118042167元（128042167元-转让方优惠1000万元）。第一笔股权款23608433.4元于本协议签署后5个工作日支付。第一笔交易价款支付后，万华公司进入共管期间，至交割日止；第二笔股权款35412650.1元于转让方完成协议第3.2.2条的准备工作后或被收购方书面豁免后的3个工作日支付；第三笔53118975.15元于协议签署后的45日内且本协议交割后义务已全部履行完毕或被收购方书面豁免后支付；第四笔5902108.35元于金御湾二期房产开盘销售之日起5个工作日且最长不超过协议签署后的150天，以先到节点为准。鸿翔公司为收购方在本协议项下的付款义务提供连带责任保证；该协议第2.4.1条第一款约定，交易交割日前万华公司已售物业所产生的除企业所得税以外的其他税收费用（增值税、城建税、教育费附加、地方教育费附加、土地增值税、印花税、土地使用税）由转让方承担；协议第3.6条约定，各方应在目标股权转让工商变更登记完成之日在万华公司办公室进行交割，且该日确定为交易的交割日期；第3.12条约定，交割日前万华公司应收款项（以转让方披露的债权清单为准，如有遗漏以实际发生为准）及银行存款归转让方所有，万华公司收到属于转让方所有的应收款后，于两个工作日内直接转入转让方指定银行账户，由于该等款项产生的税负由转让方承担；协议第6.1条约定，除本协议另有约定，如本协议任何一方违反本协议，或不履行本协议项下义务，或履行本协议项下义务不符合约定的，或明确表示或以其行为表明将不履行本协议项下的任一义务、承诺或陈述保证事项，或承诺或保证事项不真实，均属于违约行为，应向其他方承担相应的违约责任，包括但不限于赔偿因该等违约行为而使守约方遭致或者支付的全部损失、债务、税费、损害赔偿、判决、和解及开支，包括合理的律师费用和开支（合称“损失”）。《股权收购协议》签订后，科中控股公司、科中投资公司与鸿逸公司于2017年8月29日办理了股权转让工商变更登记。鸿逸公司于2017年7月27日起支付股权款，除第一、二笔外，其余股权款的支付均存在逾期。2018年6月7日，科中控股公司、科中投资公司作为转让方，鸿逸公司作为收购方，鸿翔公司和案外人上海同建置业有限公司作为收购担保方，万华公司作为目标公司签订了一份《补充协议》，载明转让方已按《股权收购协议》履行全部义务，而收购方因资金紧张等因素多次分期、逾期支付股权款。为补偿转让方因收购方未按期支付交易价款的工程损失、利息损失等，经各方协商，共同制定如下条款。该《补充协议》第一条以表格形式载明了“款项明细及共同协商处理约定”，内容如下：
序号类别项目名称金额（元）共同协商约定1应收含股权剩余未付交易款596582.6已支付移交未售物业维修专项资金(35元/平方米)341695100万元现金解决，二期开盘之日起7日内由项目公司（长兴万华）支付给科中公司（转让方），方奇乐个人为上述款项提供担保。移交未售物业前期物业服务费(4元/平方米)39051一期基建变100000二期新型墙体专项基金393030二期散装水泥专项基金58954.5合计1529313.12利息加工程折让二期设计费损失300000一期物业中罗列价值500万元商铺，按收购时价格给予科中公司指定人员，另给殷总个人指定一期住宅一套，先签订协议，二期开盘之日起30日内办理房屋登记手续。如收购方与项目公司（长兴万华）未按约定在二期开盘之日起30日内办理上述房屋登记过户手续，收购方仍需按原《股权收购协议》承担全部违约责任。利息损失2800000二期预付（日立电梯）58256工程款损失7500000合计101582563物业810811.68新物业补贴给老物业15万元，二期前期物业费在6月10日前项目公司落实办理，缴纳至政府部门，以保证老物业相关规费的退回，具体以本协议第五条为准。4商品房保修金1486324一期148万元质保金，建设局退还时，全额由项目公司（长兴万华）7日内还给科中公司（转让方），鸿翔集团、同建置业共同担保。具体以本协议第四条为准5合计13984704.78上述问题解决后，双方均不得再提及该项目额外权责问题。
该《补充协议》第七条约定，如收购方及项目公司继续违反本《补充协议》约定，转让方可按原《股权收购协议》要求收购方承担全部违约责任。《补充协议》第九条也约定，本协议未尽事宜，双方协商解决，协商不成的可向人民法院提起诉讼。另查明，因《补充协议》未完全履行，科中控股公司、科中投资公司于2018年10月23日起诉鸿逸公司、鸿翔公司及万华公司，主张其向科中控股公司、科中投资公司连带支付违约赔偿金11439572元（包括金御湾二期工程设计费损失30万元、利息损失280万元、金御湾二期预付日立电梯定金58256元、金御湾一期工程款损失750万元）及律师代理费29万元、财产保全费10000元，合计11739572元，并由万华公司向科中控股公司、科中投资公司支付垫付款100万元。该案经过一审、二审，湖州市中级人民法院作出（2019）浙05民终933号民事判决，判决理由认为：如《补充协议》届期未履行，科中控股公司、科中投资公司有权按照《股权收购协议》的约定请求承担违约责任，而《股权收购协议》第六条中约定了一般违约损失、收购方逾期付款的违约损失、转让方其他违约责任，其中“一般违约责任”载明“履行本协议项下义务不符合约定的均属于违约行为，应向其他方承担相应的违约责任，包括但不限于赔偿因该等违约行为而使守约方遭致或支付的全部损失、债务、税费、损害赔偿、判决、和解及开支”；《补充协议》签订过程中已就上述损失数额进行了协商确认，科中控股公司、科中投资公司有权按照确认的损失数额10158256元主张权利。最终，生效判决书判决鸿逸公司给付科中控股公司、科中投资公司赔偿金10158256元及逾期付款损失177831.42元、律师代理费26万元，合计10596087.4元，鸿翔公司对该款项承担连带责任；万华公司支付垫付款100万元。经科中控股公司、科中投资公司申请，该院委托湖州金财税务师事务所有限公司对万华公司2017年8月29日预缴、应缴、应退还的土地增值税进行审计。2021年9月22日，湖州金财税务师事务所有限公司作出鉴定结论：万华金御湾一期实际已预缴土地增值税税额为7034710.06元，其中，股权转让事实发生前万华公司预缴6040041.92元，股权转让事实发生后万华公司预缴994668.14元；应缴土地增值税额670881.33元，其中，股权转让事实发生前万华公司应缴127267.38元，股权转让事实发生后万华公司应缴543613.95元；应退还土地增值税税额6363828.73元，其中，股权转让事实发生前万华公司应退还税额5912774.54元，股权转让事实发生后万华公司应退还税额451054.19元。科中控股公司、科中投资公司为本次审计支付鉴定费5万元。万华公司已于2020年12月28日收到退还的土地增值税税额6363828.73元。
一审法院认为：《股权收购协议》由股权转让双方及万华公司共同签订，合同各方应履行约定的义务。本案争议焦点是万华公司在股权转让前缴纳的土地增值税退税款是否应返还给科中控股公司和科中投资公司。对于该问题，主要应考虑两个因素，其一是《股权收购协议》如何约定，其二是本案款项是否在（2019）浙05民终933号判决书中一并处理。虽然《股权收购协议》对土地增值税退税款没有明确约定，但该协议有以下约定内容：本次股权交易价款是基于金御湾二期作为住宅开发用地价值及金御湾一期待售物业价值之和减去转让方优惠得出；交割日前万华公司应收款项（以转让方披露的债权清单为准，如有遗漏以实际发生为准）及银行存款归转让方所有，万华公司收到属于转让方所有的应收款后，于两个工作日内直接转入转让方指定银行账户。从上述条款可以确定转让双方的真实意思是以股权交割日作为权利义务的分割线，股权转让前的权利义务归属于转让方，股权转让后的权利义务归属于受让方。并且，鸿逸公司支付的股权对价中并不包括转让前已售物业相关的权利，包括本案的退税款。故该院认为，根据《股权收购协议》的约定，科中控股公司和科中投资公司有权向万华公司主张返还退税款。关于本案退税款是否在（2019）浙05民终933号判决书中得到一并处理。虽然该判决书在考量受让方应承担的损失数额时，将《股权收购协议》中的6.1条作为判决的依据，将损失数额10158256元认定为包含了转让方的“全部损失、债务、税费、损害赔偿、判决、和解及开支”。但该判决书作出时，本案的退税款尚未符合退税条件，退税行为尚未发生。受让方及万华公司在诉讼过程中均未抗辩过或举证证明其约定的损失包括了本案退税款。故该院认为，本案退税行为属于上述判决作出后新发生的事实，万华公司应根据《股权收购协议》将股权转让前的退税款返还科中控股公司和科中投资公司。结合审核鉴证报告，万华公司应返还土地增值税退税款5912774.54元。对科中控股公司和科中投资公司的诉讼请求，该院予以支持。关于科中控股公司和科中投资公司主张的律师代理费20万元。因律师代理费系万华公司拒不履行《股权收购协议》导致产生的费用，根据协议约定应由万华公司承担。考虑案件难易程度及诉讼标的大小，并结合（2019）浙05民终933号判决书中律师代理费的收取比例，该院酌情确定万华公司应承担的律师代理费为10万元。对超出部分，该院不予支持。关于科中控股公司和科中投资公司主张的鉴定费，因相关审计工作较为复杂专业，无论是否进入诉讼，该费用都是明确退税款数额的必需费用，也应属于科中控股公司和科中投资公司的举证范围，故由科中控股公司和科中投资公司自行承担较为合理。对该项诉讼请求，该院不予支持。对万华公司提出的关于土地增值税退税款属于万华公司的资产，不应由万华公司承担股权转让相关的义务的抗辩意见，因万华公司属于上述协议的签订方，实际收到了退税款，对属于转让方的应收款负有支付责任。故对该项抗辩意见，该院不予采纳。对万华公司提出的关于《补充协议》第一条明确约定“上述问题解决后，双方均不得再提及该项目额外权责问题”，科中控股公司和科中投资公司无权再主张任何权利的抗辩意见，因没有证据证明《补充协议》约定的损失包括了本案退税款，内容上看也仅对签订当时的问题进行了磋商和约定，且《补充协议》第九条也约定本协议未尽事宜可再提起诉讼，故该《补充协议》的第一条约定的“双方不得再提及该项目额外权责问题”不能对抗科中控股公司和科中投资公司根据新事实提出的新主张。该院对该项抗辩意见不予采纳。据此，依照《中华人民共和国合同法》第六十条、第一百零七条之规定，判决：一、长兴万华房地产开发有限公司给付湖州科中控股集团有限公司、湖州科中科技投资有限公司土地增值税退税款5912774.54元，律师代理费10万元，合计6012774.54元，限于判决生效后十日内付清；二、驳回湖州科中控股集团有限公司、湖州科中科技投资有限公司的其余诉讼请求；如果未按判决指定的期间履行给付金钱义务，应当依照《中华人民共和国民事诉讼法》第二百五十三条之规定，加倍支付迟延履行期间的债务利息。一审案件受理费57994元，财产保全费5000元，合计62994元，由湖州科中控股集团有限公司、湖州科中科技投资有限公司共同承担4105元，由长兴万华房地产开发有限公司承担58889元，限于判决生效后十日内径直支付湖州科中控股集团有限公司、湖州科中科技投资有限公司。
双方当事人在二审期间均无新的证据提交。
一审查明的事实，有在案证据予以佐证，本院予以确认。
本院认为，本案二审的争议焦点为：万华公司在股权转让前缴纳的土地增值税退税款是否应返还给科中控股公司和科中投资公司。
根据在案证据反映，科中控股公司和科中投资公司原持有万华公司100％的股权，2017年7月26日科中控股公司、科中投资公司作为转让方，鸿逸公司作为收购方签订了《股权收购协议》，约定科中控股公司、科中投资公司将其持有的万华公司100％股权转让给鸿逸公司。其中，协议第2.4.1条“税费承担”约定：“各方同意，在本次交易交割日前目标公司已售物业（含未开票部分）所产生的除企业所得税以外的其他税收费用（增值税、城建税、教育费附加、地方教育费附加、土地增值税、印花税、土地使用税）由转让方承担”。协议第3.6条约定：“各方应在目标股权转让工商变更登记完成之日在目标公司办公司进行交割，且该日确定为本次交易的交割日期（“交割日”）”。由于土地增值税退税与预缴土地增值税密切相关，经税务部门清算审核后，多缴的土地增值税就会产生退税款。根据一审在案证据反映，股权转让事实发生前预缴土地增值税税额6040041.92元，应缴纳土地增值税税额127267.38元，依法应退还的土地增值税税款金额为5912774.54元。故依据协议约定股权变更登记之日即为交割日，交割日前应缴纳的土地增值税由转让方科中控股公司、科中投资公司承担。协议虽未明确土地增值税退税款的归属，但根据权利义务相对应的原则，科中控股公司、科中投资公司承担交割日前的土地增值税税款的同时，也应享有土地增值税的退税款。而协议3.12条也约定：“交割日前，目标公司应收款项应以转让方披露的债权清单为准（如有遗漏，以实际发生的为准），该等款项及银行存款归转让方所有”。因此，万华公司应将案涉的土地增值税退税款支付给科中控股公司、科中投资公司。
关于万华公司以《补充协议》第一条中约定“上述问题解决后，双方均不得再提及该项目额外权责问题”为由，主张两被上诉人不得再主张土地增值税的退税款问题。本院认为，从《补充协议》内容看，是因收购方迟延支付《股权收购协议》股权转让款，各方对造成科中控股公司、科中投资公司工程损失、利息损失等补偿方案的约定。该协议第一条“款项明细及共同协商处理约定”中分别列明了“应收含股权”“利息加工程折让”“物业”“商品房保修金”等四大类项目，并在共同协商约定栏中写明“上述问题解决后，双方均不得再提及该项目额外权责问题”。根据上下文意理解，《补充协议》第一条所约定的“不得再提及额外权责”，显然只是针对该条中所列明的四大类项目。因此《补充协议》第九条中才另约定了“本协议未尽事宜，双方协商解决。协商不成的可向项目所在地人民法院提起诉讼”。而案涉土地增值税退税款的处理事宜，并未列入《补充协议》第一款所列的项目范围，属于《补充协议》第九条所约定的“未尽事宜”，应适用协议第九条之规定。且根据长兴县税务局出具的税务事项通知书，万华公司于2020年12月23日才提出土地增值税清算申报，而《补充协议》签订的时间是2018年6月7日。因此，万华公司以《补充协议》第一条的约定对抗科中控股公司、科中投资公司基于新事实提出的主张，理由不足。
至于本院生效的（2019）浙05民终933号判决，系针对鸿逸公司迟延交付股权转让款导致纠纷所作的判决，该判决解决的是违约赔偿金数额、逾期付款利息及律师费用，并未涉及案涉土地增值税退税款事宜，且判决时间亦在万华公司申报土地增值税清算之前，故并不影响科中控股公司和科中投资公司就土地增值税退税款的归属向万华公司主张权利。
综上，上诉人长兴万华房地产开发有限公司的上诉理由不能成立，本院不予支持。一审认定事实清楚，适用法律正确，本院应以维持。据此，依照《中华人民共和国民事诉讼法》第一百七十七条第一款第一项之规定，判决如下：
驳回上诉，维持原判。
二审案件受理费53890元，由上诉人长兴万华房地产开发有限公司负担。
本判决为终审判决。
审 判 长 何 新
审 判 员 沈 屹
审 判 员 顾月丹
二〇二二年三月八日
法官助理 张鹤鸣
书 记 员 樊 艳
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