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好书推荐|染色质方法与技术(有了它,再也不需要到处找protocol了)

2017-10-26 iNature iNature

iNature:在本书中,我们提供了可以利用来研究植物染色质结构和组成的方案的综合文集(第一部分),以研究与基因表达和功能的表观遗传调节有关的染色质特征的调节(第二部分)并探讨染色质修饰,基因调控与细胞核内染色质三维空间组织的相互作用(第三部分)。除了提供大量最先进的方法之外,每个部分都以综述为基础,总结了目前关于该主题的知识状态以及可用于研究植物染色质动力学特定方面的各种方法。此外,三个技术评论提供了具体方法的概述,并对其优点和局限性进行了平衡的讨论,目的是向读者提供实用的建议。



细胞核为真核细胞提供独特的功能区,以保护和处理遗传信息,提供多功能性及多层次来调节基因表达和基因组功能。在细胞核内,DNA以高度有序列的方式缠绕在组蛋白上,形成染色质,这种组装可以控制基因表达,基因组复制,修复和重组。首先在十九世纪在细胞中发现染色质,染色质现在被认为是一个高度动态的大分子装配,整合了发育和环境线索来调整转录程序,应对损伤和促进DNA复制。


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染色质动力学由微米尺度,纳米尺度,分子和生物化学水平的事件的复杂相互作用驱动。了解染色质组织和表观遗传中的动态变化,如何直接反映生理和发育过程的兴趣越来越大,因此分析植物染色质的方法的多样性和力量也相应增加。例如,高通量技术的兴起来分析染色质,可以阐明基因的可接近性,局部染色质结构,基因表达和DNA复制和修复活动相关的核小体,组蛋白变体,组蛋白修饰和DNA修饰的全基因组组成和分布。

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此外,新的实验设计有助于识别核空间内的基因组区域之间的空间相互作用,产生染色体间结合模型和功能性,亚核染色质结构域。在获得全基因组染色质状态的图谱方面取得了相当大的进展,但是这些不同状态对转录和复制以及染色质组织的影响在很大程度上是未知的。因此,通过使用经典生物化学和遗传学的组合以及最先进的蛋白质复合物鉴定方法,广泛的努力用于理解这些过程。


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近来在评估3D染色质结构的方法方面的进展促使了新兴的观点,即染色质的空间组织在调节基因表达方面具有重要作用。染色质间联和染色质接触的研究,相对于不同染色质区的基因位置以及不同细胞类型中染色质结构域的功能区分是阐明染色质组织功能相关性的有价值的方法。

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了解植物中的染色质动力学和功能需要,得开发新的方案,以解决或规避植物基因组的复杂性,植物细胞壁以及复杂组织和器官内特定细胞类型的相对不可接近性所带来的技术挑战。在本书中,我们提供了可以利用来研究植物染色质结构和组成的方案的综合文集(第一部分),以研究与基因表达和功能的表观遗传调节有关的染色质特征的调节(第二部分)并探讨染色质修饰,基因调控与细胞核内染色质三维空间组织的相互作用(第三部分)。除了提供大量最先进的方法之外,每个部分都以综述为基础,总结了目前关于该主题的知识状态以及可用于研究植物染色质动力学特定方面的各种方法。此外,三个技术评论提供了具体方法的概述,并对其优点和局限性进行了平衡的讨论,目的是向读者提供实用的建议。



书籍链接:

https://link.springer.com/book/10.1007/978-1-4939-7318-7


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