【用户讲座】如何在100天内测序分析100个番茄基因组
番茄是世界上最有价值的水果，我们每周都会食用很多次，正因如此，很多对番茄的研究目的在于优化它的生长、果实的大小和抗病性。这些努力主要集中在研究单核苷酸变异上，但捕获种群中可以改善某些表型的等位基因的隐藏变异也非常重要。既往的研究提示，结构变异（SVs）在番茄驯化和其他重要表型中扮演着一定的角色。然而，单靠短读长测序难以捕获结构变异并进行定相（phase），对这种广泛使用的方法的可行性提出了挑战。
我们的研究团队开发了一种优化后的大规模方案策略，使用Oxford Nanopore的高通量PromethION测序仪产生的长读长（~30kb）来对番茄中所有类型的变异进行测序和鉴定。根据我们的策略方案，我们已经确定并验证了对繁殖表型至关重要的结构变异。在本次演讲中，我将介绍我们优化样本选择的策略，以便能够捕获番茄种群中的大多数等位基因。我将进一步阐明我们在100天内对100个基因组进行测序和处理的策略，来展示我们的分析和测序工作的快速周转时间。最后，我将会介绍我们怎样利用PromethION测序设备生成的大量数据，结合基于比对（mapping）和从头组装的方法来实现结构变体的检测。
演讲嘉宾
Michael Schatz副教授
美国约翰斯·霍普金斯大学计算机科学与生物学博士杰出的副教授。Michael Schatz描述了他的团队开创性的研究，描述了番茄基因组中的结构变异概况。
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