【NTT 2019演讲视频】南方科技大学夏雨：基于纳米孔测序的微生物生态宏基因组学研究

原创：中国市场部 OxfordNanopore 2019-12-12

夏雨助理教授南方科技大学

作为纳米孔测序仪早期体验用户之一，从2014年至今，夏雨及团队已经使用纳米孔测序的MinION和GridION平台进行污水处理厂抗性基因组、在海拔4000m的祁连山进行实地测序对冻土和冰川融水微生物组等多项研究，研究成果发表在Front.Microbiol 及Microbiome等期刊上，夏雨教授在NTT 2019上分享了她们的研究成果及经验。

点击下方视频查看夏雨的完整演讲

污水厂抗性基因组

抗生素耐药性（AMR）是一个新兴的全球挑战性话题，严重威胁到人类健康，尤其是环境污染引起的抗生素耐药性，具有难以去除和可移动性两个特点。宏基因组是研究微生物抗生素耐药性的有效方法，夏雨教授提到，纳米孔长读长测序技术对于研究微生物抗生素耐药基因的来源及可移动遗传元件尤为重要。

污水厂有高浓度的抗生素残留，微生物细胞密度大等特点，夏雨及团队利用MinION平台，结合自主开发的平台ARGPore，发现香港污水处理厂中分离得到的多重耐药菌和湖南省一头病猪身上分离得到的致病菌株具有一个完全一样的抗药性质粒，揭示了微生物耐药性的全球性蔓延趋势。对深圳某污水厂的排污点（一个海滨公园）进行研究发现，污水收纳水体中的抗性基因组的浓度通常比普通海水中高10倍， ARB的环境再生可能在ARB富集中发挥着重要作用，污水排水携带的ARB占据了受纳水体中抗性基因组的80%以上。

海拔4000米的祁连山实地测序

对于微生物宏基因组等一些具有时效性、样本难以取回等研究来说，实地现场测序无疑能够得到在实验室测序无法获得的更多信息。利用MinION的便携性，夏雨及团队在海拔4000米的祁连山对冻土和冰川融水进行现场实地测序，结果显示冻土中适应能力较强的核心微生物群落对海拔高度的变化具有抵抗力，光合自养的Oscillatoria（蓝细菌门）在海拔4000米的样品中较为丰富，该地点较强的太阳辐射可为依赖光驱动模式生存微生物提供较有利的条件。

会后，我们在现场对夏雨教授进行了采访，点击下方视频查看夏雨教授分享她对于使用MinION在海拔4000米的祁连山进行现场测序的感受吧！

纳米孔测序微生物组研究案例：

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