【NTT 2019 演讲视频】刘敏：Nanopore在全长转录组研究中应用及进展

刘敏 产品总监 百迈客生物科技

“用纳米孔测序进行全长转录组研究，性价比高，无需打断，研究结构变异和可变剪切非常方便，特别是基因融合，一找一个准，基本上不用什么算法去研究它。”

从2017年3月基于纳米孔测序平台的第一个研发立项开始，百迈客生物科技一直使用Oxford Nanopore Technologies的MinION、GridION、PromethION等平台为科研技术单位及医学基因检测等机构提供优质的测序及分析服务。在今年9月NTT 2019北京场的全体大会上，百迈客产品总监刘敏为大家分享了他们利用纳米孔测序在全长转录组研究中的案例与经验。

点击下方视频观看刘敏总监完整的演讲：

“使用纳米孔平台，能够对转录物和基因进行精确和量化的分析，从而能够更好的分析生物体内转录物的表达。”

全长转录组研究是理解生物机体功能的重要途径，短读长测序无法直接获得单个RNA分子由5ˊ到3ˊ的全部序列，在正确识别和定量基因的多种转录本异构体表达上局限性高。刘敏总监在演讲中提到，纳米孔测序无需经过片段化扩增，可直接测序天然RNA，产生横跨异构体的全长读长，可应用于定量定性分析，完善基因组注释，研究基因机构。纳米孔测序在转录测序研究与应用中有着天然的优势：

• 性价比高、通量高，转录本水平精准定量，多比对效率低

• 无需打断，可准确鉴定可变剪接、融合基因、基因家族等基因结构

• 测序读长长，无/低 GC含量特异性和碱基偏好性

“纳米孔测序结构分析，优势从数据上非常非常显著；结构变异就更不用说了，肉眼就能看到，哪个外显子跳跃了，哪个内含子保留了，这是最真实的，准确性也是最高的，不需要复杂的算法。”

基于纳米孔测序平台，百迈客测序组装超过60个物种，并且建立了完整详细的分析流程。演讲中，刘敏总监还分享了百迈客基于纳米孔测序平台的实测数据。统计结果显示，数据质量非常高，平均质量值Q8以上，测序的平均长度在1~2kb之间；饱和度分析结果显示测序偏好性明显比二代测序小很多，以小麦为例（基因组大小15G），10G的数据即达到饱和；结构变异分析显示，全长率较高，在70%以上，且过滤后的clean data与基因组比对效率高于80%，比对效果优于二代测序技术。

刘敏总监还分享了一个有趣的发现：二倍体物种，除低丰度表达基因外，其他表达基因在2G测序数据即可达到饱和。表达量分析显示，纳米孔数据与短读长平台数据具有高度相关性，相关系数R2大于0.83；不同平台全长转录组数据分析显示，纳米孔2Gb发现的转录本数量与其他长读长平台20Gb数据相似。未来，百迈客将致力于如何快速的利用三代平台取代二代平台，并致力于非编码RNA，Direct-RNA等方向进行深入研究。

纳米孔转录组相关案例：

10月17日-18日，由百迈客生物科技主办的全国功能基因组学高峰论坛在成都举行，Oxford Nanopore Technologies展位号2F-01，我们专家还将在10月17日17:10-17:50下午给参会嘉宾带来一场“Nanopore测序技术应用及最新研究进展”的演讲，欢迎大家前往展台交流和参加演讲。

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