转录组用户讲座 | 综合评估不同纳米孔全长转录组的测序方法

背景知识简介：

在转录组学中，很少有一个基因一种产物的模式。预测表明，每个基因平均具有 6.3 个转录本异构体 ，人类基因组中 95% 的复合外显子基因都有选择性剪接 。多种异构体的产生显著增加了基因表达的复杂性，从而也增加了基因分析的复杂性。

癌症的根本原因是基因组中出现了少许突变，导致细胞以不受控制的方式增殖，从而形成肿瘤。例如TP53，即使在一个组织内，不同患者突变的数量和多样性非常丰富，其中有一些基因总是在大量不同组织中循环，即在转录水平上不同的肿瘤类型显示出相同的变化，因此转录组的研究对癌症尤为重要。

转录本的长度通常为几千碱基对，这使得现有的短读长序列仅能部分覆盖转录本的长度，因此依赖计算重构准确的异构体组装非常困难，短读长也表现出高比率的多重定位。此外，短读长 RNA 测序可受到系统偏向性的影响，例如GC偏向性和PCR偏好性，以下纳米孔直接RNA测序的优势可以避免这些问题：

• 可以生成真正的全长RNA测序序列

• 可以对非扩增RNA进行直接测序

• 可以进行cDNA测序或者接RNA测序

讲座内容大纲

比较直接RNA测序、PCR-cDNA测序、直接cDNA测序三种方法，在六株人类癌细胞系中的全长RNA序列进行纳米孔测序。

所有试剂盒上所获得的平均读长均超过 1000bp，其中直接cDNA 测序试剂盒获得的读长最长。试剂盒和测试样品之间存在高度的技术重现性。

与短读长 RNA 测序方法比较发现二者在基因水平上有高度相关性。长读长纳米孔测序额外提供了偏向性更小且更为丰富的数据：

• 使用长读长纳米孔测序显著减少了短读长数据中存在的 3’端偏向性；

• 很少有短读长可跨越一个或多个剪接位点，而长读长数据则具有更好的读长分布，因此跨越多个剪接位点；

• 与短读长数据不同，纳米孔方法生成的大多数序列都定位到了单个参考转录本。

嘉宾介绍

Jonathan Göke是新加坡基因组研究所和新加坡国家癌症中心的首席科学家，他专注于计算转录组的研究，尤其是基因组技术和在癌症方面的转化。他在柏林的马克斯·普朗克分子遗传学研究所获得了计算生物学博士学位。Jonathan 曾就读于德国柏林自由大学，英国谢菲尔德大学和美国斯坦福大学。

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Jonathan Göke将会在9月香港的NTT大会分享他的最新研究成果，赶快加入我们！

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