转录组测序干货 | 纳米孔专家讲座：转录组测序原理区别、产量、设计和分析

转录组测序（RNA-Seq）作为一种新的高效、快捷的转录组研究手段正在改变着人们对转录组的认识。cDNA，或者mRNA本身，是相对较长的分子。传统短读长测序技术依赖于片段化以及对短片段DNA/RNA进行扩增，仅能部分覆盖转录本的长度，因此依赖计算重构准确的异构体组装非常困难，短读长还表现出高比率的多重定位。因此长测序读长更能胜任组装完整且明确的转录本异构体。

在今天的Nanopore专家知识分享讲座中，来自应用团队的资深科学家Phil和生物信息学家Botond将以含PCR（PCS109试剂盒）和无需PCR的“直接” cDNA测序试剂盒（DCS-109）为主，为大家详细探讨工作原理和应用场景，包含试剂盒的对比和预期数据量、测序运行技巧、数据分析以及对生物学结果的挖掘。

知识分享内容大纲

- 为什么要测序cDNA?

- 纳米孔长读长转录组测序的优势在哪里？

测序离不开试剂盒，关于纳米孔cDNA测序试剂盒：

- 了解不同试剂盒的工作原理

- 知道109新版与旧版108试剂盒的区别

- 为你的研究选择正确的试剂盒

- 了解试剂盒的产量和用处

分析你的测序数据：

- 如何设计和分析差异基因表达研究

- 如何使用软件选择全长读长

- 进行有参考基因组的异构体重建

Oxford Nanopore的长读长cDNA测序解决方案允许研究人员在单条读长的数量级对数百万个完整的转录本进行端到端的测序，并具有以下特点：

• 测序长度不受测序平台的限制
  

• 可使用模板链转换选择全长cDNA分子

• 无需PCR扩增的方法，避免任何扩增带来的偏差

• 基于PCR的方法，能以相对较低的偏好性进行扩增

• 不同时间点或者条件下差异基因的表达：基因产物与丰度

• 不同时间点单个异构体及其作用的变化，异构体重构并顾及到全部的选择性剪接

这使得能够同时在异构体水平进行准确的转录组鉴定和差异基因表达谱分析，而无需付出在其它短读长或长读长测序平台实现这一目的所需要的有关成本、定量、计算或工作流程复杂性方面的妥协。

本次的知识干货分享内容围绕上述相关问题，结合Oxford Nanopore technologies推出的新型cDNA试剂盒，来综合讨论如何使用纳米孔长读长测序进行全面的转录组分析。

Part 1: 着重帮助用户确定与应用相匹配的最佳方法，详细解释每个试剂盒在分子水平上的工作原理，每种方法的优缺点，预期的数据量，以及充分利用测序运行的小贴士和技巧。

Part 2: 使用含PCR和无需PCR两种方法生成的实际数据作为例子，知识交换的后半部分将深入研究cDNA测序数据的分析。根据Nanopore社区和Oxford Nanopore内部生物信息学家开发的流程管道和分析方法，本节的主要重点在于如何充分挖掘获得的原始cDNA测序读长数据，包括异构体重建，差异基因表达和差异异构体使用。

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我们的目标：

使任何人，在任何地点，

能对任何生物进行分析。

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