于君团队揭示大肠癌真菌组特征，有望用于诊断 | 热心肠日报

今天是第940期日报。

于君等：大肠癌中肠道真菌失调，有望用于诊断

Gut[IF:17.016]

① 分析73例结直肠癌（CRC）+92例对照个体的粪便宏基因组，发现CRC与肠道真菌组成相关；② CRC肠道真菌失调，担子菌门/子囊菌门比值升高，马拉色菌纲增多、酵母菌纲和肺孢子菌纲减少，6个属富集，38个种丰度改变；③ 用14个真菌生物标志物丰度可较准确地区分CRC和对照，AUC达0.93，在中国和欧洲两个独立验证队列中AUC分别为0.82和0.74；④ CRC中真菌内部的共现关联和细菌-真菌的互斥关联均增加，变形菌门与子囊菌门的正向互作在CRC中变为互斥。

Enteric fungal microbiota dysbiosis and ecological alterations in colorectal cancer
11-24, doi: 10.1136/gutjnl-2018-317178

【主编评语】香港中文大学于君团队近年在结直肠癌（CRC）与肠道菌群和病毒组的研究中取得了不少瞩目成果，近期他们又在肠道真菌组的研究上取得新成果。在这篇Gut发表的研究中，他们鉴定出CRC相关的肠道真菌组特征，提示肠道真菌失调可能参与CRC的发生，粪便真菌标志物具有用于CRC诊断的潜力。此前Immunity背靠背发表了两篇肠道真菌与CRC的研究，相信未来会有更多研究阐明肠道真菌组在疾病与健康中的作用。（@mildbreeze）

微生物全基因组测序技术离临床运用还有多远？（综述）

Trends in Microbiology[IF:11.776]

① 细菌/真菌全基因组测序（WGS）技术需要进行多方面调整，才可能充分运用于临床诊疗；② 目前WGS数据难以与传统的菌株、表型鉴定数据匹配，用于致病菌株溯源的效率不高，成本难以进一步降低，数据处理方法不适合临床操作；③ 全面、稳定且更新及时的菌株/表型共享数据库是WGS临床运用的基础；④ 微生物WGS数据中包含人类基因组数据，可能涉及伦理问题；⑤ 现有WGS数据处理方法普遍适用于基础科研，急需开发针对临床应用的标准化、快速方法。

From Theory to Practice: Translating Whole-Genome Sequencing (WGS) into the Clinic
09-04, doi: 10.1016/j.tim.2018.08.004

【主编评语】全基因组测序(WGS)的精确性，可提供从菌株/表型鉴定到来源的相关信息，但在临床感染诊疗领域缺乏广泛运用。本文回顾了WGS转化为临床运用过程的多个瓶颈和问题，并提出了若干解决方法，为WGS后续的临床应用与技术转化提供了可参考的方案。（@小肠君）

Nature子刊：肠上皮细胞“自杀式”防御艰难梭菌感染

Nature Communications[IF:12.353]

① 肠上皮细胞（IECs）中脓素炎症小体没有功能；② 对于艰难梭菌感染（CDI）相关的IECs死亡和CDI体内发病机制，脓素信号通路不是必要的；③ 艰难梭菌肠毒素TcdA和TcdB通过细胞内在的凋亡途径诱导IECs凋亡，凋亡蛋白酶3和7是该过程的重要驱动蛋白；④ Bax/Bak膜孔蛋白增加线粒体外膜的通透性，有可能促进艰难梭菌肠毒素诱导的IECs凋亡；⑤ 在CDI早期阶段，凋亡蛋白酶3和7介导的IECs凋亡是宿主体内进行感染防御的重要机制。

Apoptosis of intestinal epithelial cells restricts Clostridium difficile infection in a model of pseudomembranous colitis
11-19, doi: 10.1038/s41467-018-07386-5

【主编评语】艰难梭菌毒素的细胞毒性机制，以及脓素通路是否参与艰难梭菌感染（CDI）的调节均不明确。本研究利用假膜性结肠炎的小鼠模型，排除了脓素炎症小体和脓素通路在CDI致病机理中的必要性，并且指出由艰难梭菌毒素诱导的肠上皮细胞凋亡是宿主防御CDI的内在机制。本文结果对研究CDI致病机制及宿主防御机制具有参考价值。（@小肠君）

西安交大李昂等：牙周炎即时检验的进展（综述）

Trends in Biotechnology[IF:13.578]

① 牙周炎患病率高且与多种系统性疾病（如糖尿病、动脉粥样硬化、癌症、阿兹海默症等）相关，目前急需牙周炎的快速诊断方法；② 牙周检测、触诊、探查和放射性检查是传统检查方法，准确度低且限制对牙周病发展的预判；③ 新兴的牙周即时检验（POCT）包括芯片试验、试纸测试和椅边测试，比传统方法快速便捷、灵敏度高、成本低，利于高频检测；④ 未来可从建立样品收集、检测标准化流程，POCT预防/预后平台及同步数据实现远程监控方面发展。

Point-of-Care Periodontitis Testing: Biomarkers, Current Technologies, and Perspectives
07-02, doi: 10.1016/j.tibtech.2018.05.013

【主编评语】牙周炎已成为全世界最普遍的慢性炎症性疾病之一，需要早期诊断和长期监测。然而，传统的临床诊断方法既复杂又昂贵，无法满足这些要求。最近，随着更多生物标志物和新技术的发展，已经开发了用于牙周炎诊断和监测的即时检验平台，易于操作，快速，低成本，非常适合牙周炎的高频诊断。本文总结了不同牙周炎阶段的现有生物标志物和最近开发的即时检验平台，讨论了现有的挑战和未来潜力，并为未来的即时检验提供了一些启发和指导。（@可乐）

牙周病患者与健康人口腔菌群的差异

BioMed Research International[IF:2.583]

① 比较76个龈下样本的菌群组成（26个来自健康个体，50个来自牙周炎患者）；② 建立特征选择算法，从多个变量中选择具有更多信息的特征构建预测模型，预测牙周病患者的健康状况；③ 鉴定了12门，124属和355种，牙周病患者中的卟啉单胞菌，密螺旋体菌，福赛坦氏菌，产丝菌等种属更为丰富，而健康对照组中链球菌，嗜血杆菌，二氧化碳噬纤维菌，孪生球菌，弯杆菌和颗粒链菌等种属含量较高；④ 特征选择算法预测能力更好，耗时最少。

Composition Analysis and Feature Selection of the Oral Microbiota Associated with Periodontal Disease
11-15, doi: 10.1155/2018/3130607

【主编评语】牙周炎是一种炎症性疾病，涉及口腔微生物与宿主免疫应答之间的复杂相互作用，了解与牙周炎相关的微生物群落结构对于改善各种类型牙周病的分类和诊断至关重要，并将有助于临床决策。本文比较鉴定了健康人与牙周炎患者间的口腔菌群的成分，发现了二者间的差异，并创建了特征选择算法，预测牙周病患者的健康状况，研究表明该算法预测能力更好，耗时最少。但仍需后续的大样本检测来改进该方法，并阐述更进一步的内在关联机制。（@可乐）

口咽菌群对流感感染的弹性应对

Clinical Infectious Diseases[IF:9.117]

① 纳入52健康成年志愿者进行实验性流感接种，检查咽喉微生物组的动态和生态学;② 43人发现流感感染，其中33人出现症状，在获得流感后，细菌群落的多样性保持非常稳定；③ 流感个体与对照组之间的细菌群落随时间没有显著差异；④ 流感感染与门或属的微生物组的变动无关；⑤ 肺炎链球菌或脑膜炎奈瑟球菌的定植率没有变化；⑥ 结论：咽喉部菌群对流感感染具有弹性，表明上呼吸道微生物组的稳健性。

The Effect of Influenza Virus on the Human Oropharyngeal Microbiome
11-15, doi: 10.1093/cid/ciy821

【主编评语】继发性细菌感染是与流感感染相关的死亡率的重要原因。由于细菌疾病可能由宿主微生物组的紊乱引起，本文探讨了流感对上呼吸道微生物组的影响。结果显示喉部微生物群对流感感染具有弹性，表明上呼吸道微生物组的稳健性。（@可乐）

农科院饲料研究所：益生菌替代莫能菌素促进肥育羔羊生长

Scientific Reports[IF:4.122]

① 在瘦尾寒羊饮食中分别添加莫能菌素（PC）、地衣芽孢杆菌（BL）、酿酒酵母（SC）以及两种益生菌混合物（BS）；② 与正常饮食育肥羔羊相比，BS显著促进羔羊增重，SC与BS显著提高血清中生长激素、胰岛素样生长因子1和胰岛素的含量，并提高抗氧化能力和免疫功能；③ 三种益生菌补剂均能提高瘤胃微生物对氮的利用率，增加瘤胃中黏胶球形菌门、纤维杆菌门、软壁菌门及纤维杆菌属的相对丰度；④ 上述益生菌可作为反刍动物的针对性饲料补剂。

Influence of dietary supplementation with Bacillus licheniformis and Saccharomyces cerevisiae as alternatives to monensin on growth performance, antioxidant, immunity, ruminal fermentation and microbial diversity of fattening lambs
11-12, doi: 10.1038/s41598-018-35081-4

【主编评语】寻找代替抗生素的促生长膳食补剂对防止抗生素滥用具有重要意义。本研究发现地衣芽孢杆菌、酿酒酵母可影响瘤胃菌群结构和功能，有效促进肥育羔羊的生长，提高氧化能力和免疫功能，是潜在的抗生素促生长剂的替代品。（@小肠君）

生食蔬菜具有传播抗生素耐药性的风险

mBio[IF:6.689]

① 德国零售的生食蔬菜中，可检测到耐药细菌和多种可传播的多重耐药质粒，耐药性可能向肠道菌群转移；② 分离自芝麻菜和香菜的大肠杆菌具有IncF、IncI1、IncN、IncHI1、IncU和IncX1质粒，香菜中的3个菌株同时含有IncN质粒和bla（CTX-M-1）基因；③ 混合蔬菜和香菜上提取到IncF、IncI1和IncP-1β质粒；④ 直接提取蔬菜的菌群DNA无法检测到 IncI和IncF质粒，经过细菌富集后即可测得；⑤ 菌量稀少时，不依赖细菌培养的耐药基因组检测方法敏感度不足。

The Transferable Resistome of Produce
11-06, doi: 10.1128/mBio.01300-18

【主编评语】生食蔬菜是传播人类病原菌和耐药基因的重要媒介。本研究通过直接提取菌群基因组、富集培养、质粒提取等手段，发现德国零售的生食蔬菜中含有多种具有传播性的耐药质粒，以及耐药性大肠杆菌，验证了生食蔬菜传播耐药性的潜在作用。该研究利用的检测方法，表明不依赖培养的菌群基因组检测手段具有一定的局限性，检测低丰度菌群时敏感度不足。（@小肠君）

感谢本期日报的创作者：mildbreeze，Kang，女巫，徐笑，可乐，祁玉丽，小肠君

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