Nature：人肠道菌群的新基因组蓝图 | 热心肠日报

今天是第1012期日报。

Nature：发掘未知的肠道细菌

Nature[IF:41.577]

① 从11850个人类肠道菌群基因组中，鉴别出1952种潜在的、未被培养的肠道细菌；② 这些潜在细菌，将已知肠道细菌的总种类数量增加了281% ；③ 新发现的细菌在欧美人群中并不普遍，但却极大地丰富了对非洲、南美人群肠道细菌种类的了解，对已知细菌种类的增幅超过200%；④ 潜在细菌的基因组上存在上百种新的生物合成基因簇，可能在宿主中发挥特殊作用；⑤ 潜在细菌的基因组的发现，显著增加了对肠道菌群种类和功能的了解。

A new genomic blueprint of the human gut microbiota
02-11, doi: 10.1038/s41586-019-0965-1

【主编评语】解读肠道菌群结构存在的宿主差异有助于阐释菌群对宿主健康的具体影响。Nature近期发表研究，鉴别出了1925种潜在肠道细菌，极大地丰富了已知肠道菌群种类和功能，尤其丰富了非洲和拉美地区人群的肠道菌群信息。该研究对详细阐释肠道菌群种类和功能具有参考价值。（@小肠）

Nature子刊：分析细菌重组率的新方法

Nature Methods[IF:26.919]

① 新开发的mcorr分析平台，可以利用全基因组数据和宏基因组鸟枪法测序数据，推断细菌中同源重组参数；② mcorr可分析实验室细菌重组，还可用于推断细菌的全球分布和重组情况，验证了幽门螺杆菌分布具有区域性；③ mcorr可利用宏基因组数据，测定婴儿肠道中多重耐药大肠杆菌 ST131的重组情况；④ 利用细菌DNA样品，mcorr可分析古代人体细菌的重组参数；⑤ mcorr可使用未组装的原始数据分析细菌重组情况，通用于微生物生态学、进化和流行病学领域。

Inferring bacterial recombination rates from large-scale sequencing datasets
01-21, doi: 10.1038/s41592-018-0293-7

【主编评语】细菌重组与进化，与抗生素耐药性和致病因素的获得及传播有关。本研究开发了一种新的数据分析平台，可利用全基因组数据和宏基因组鸟枪法测序数据，分析细菌重组情况，适用微生物生态学、进化和流行病学领域，值得参考。（@小肠）

Cell子刊：抑制mTORC1活化——肝癌精准医疗新方向

Cell Metabolism[IF:20.565]

① 在β-连环蛋白突变引起的肝细胞癌小鼠模型中，谷氨酰氨合成酶（GS）及活化的mTORC1表达增加，且肝脏中谷氨酸盐水平升高；② 破坏β-连环蛋白信号通路或GS的活性，可抑制p-mTOR-S2448（mTORC1活化的标志）表达；③ 在缺失β-连环蛋白的肝脏中表达β-连环蛋白，可促进p-mTOR-S2448的表达；④ 在β-连环蛋白突变的临床前肝细胞癌小鼠模型中，单独抑制mTORC1或同时抑制Met，可通过抑制癌细胞的增殖与存活，从而起到很好的疗效。

Inhibiting Glutamine-Dependent mTORC1 Activation Ameliorates Liver Cancers Driven by β-Catenin Mutations
01-31, doi: 10.1016/j.cmet.2019.01.002

【主编评语】β-连环蛋白突变引起的肝癌尚无有效的疗法。来自Cell Metabolism上发表的一项最新研究，发现在β-连环蛋白突变引起的肝细胞癌小鼠模型中，抑制mTORC1信号通路，可显著抑制肿瘤增殖并提高小鼠存活率。（@沈志勋）

Nature子刊：高脂饮食影响小鼠的骨髓造血干细胞

Nature Communications[IF:12.353]

① 高脂饮食（HFD）诱导小鼠肥胖并引起造血干细胞（HSC）紊乱，但HFD的直接作用尚不完全清楚；② 分析短期HFD对小鼠HSC和造血功能的直接影响；③ HFD喂养的小鼠中，骨髓细胞中最原始的HSC有半数丢失，在移植后表现出较低的造血重建潜能；④ HFD通过破坏HSC脂筏内的TGF-β受体，扰动稳态状况下处于静息态的HSC，促进HSC重新进入细胞循环，导致HSC丢失；⑤ 给HFD喂养的小鼠注射重组TGF-β1，可在不影响HSC上脂筏聚集的情况下抑制HSC的丢失。

High-fat diet disturbs lipid raft/TGF-β signaling-mediated maintenance of hematopoietic stem cells in mouse bone marrow
01-31, doi: 10.1038/s41467-018-08228-0

【主编评语】Nature Communications上发表的一项最新研究，发现短期（4周）的高脂饮食可通过破坏造血干细胞脂筏上的TGF-β受体，扰乱静息态下的造血干细胞稳态，造成造血干细胞的丢失。（@沈志勋）

浙大李兰娟：胰头癌患者的舌苔菌群变化

Journal of Oral Microbiology[IF:4.444]

① 收集30名胰头癌患者及25名健康人的舌苔样本，分析细菌组成；② 胰头癌患者的舌苔菌群多样性显著增加，主成分分析显示患者的舌苔菌群组成与健康人及肝癌患者均有显著差异；③ 纤毛菌属、梭杆菌属、罗氏菌属、放线菌属等13个细菌属在胰头癌患者的舌苔菌群中显著增加；④ 嗜血杆菌属、卟啉单胞菌属及Paraprevotella菌属则在健康人的舌苔菌群中富集；⑤ 利用特定菌属的组合，可区分胰头癌患者与健康人，或胰头癌患者与肝癌患者。

Tongue coating microbiome data distinguish patients with pancreatic head cancer from healthy controls
01-30, doi: 10.1080/20002297.2018.1563409

【主编评语】来自浙江大学李兰娟院士的团队在Journal of Oral Microbiology上发表的一项最新研究，分析对比了胰头癌患者的舌苔菌群组成及多样性与健康人及肝癌患者的差异。（@沈志勋）

ω-3如何缓解癌症恶病质（综述）

Pharmacology and Therapeutics[IF:10.376]

① 血浆中多种激素和炎症因子水平的变化导致强烈的分解代谢状态、合成代谢途径活性下降、厌食和体重显著减轻，导致癌症恶病质的发展和/或加重；② Omega-3（n-3）多不饱和脂肪酸（PUFA），已被用于治疗或减轻癌症恶病质；③ n-3 PUFA的作用机制包括几种信号传导通路；④ 例如：改变的脂质摄取和代谢、炎症的消退和炎症介质的产生、促炎因子产生减少、肿瘤细胞对凋亡的易感性增加、血管生成和转移减少、胰岛素信号和敏感性改善等。

New insights on the regulation of cancer cachexia by N-3 polyunsaturated fatty acids
2018-12-04, doi: 10.1016/j.pharmthera.2018.12.001

【主编评语】Pharmacology and Therapeutics上发表的一篇综述文章，详细介绍了ω-3多不饱和脂肪酸在缓解癌症恶病质中的作用及潜在机制。（@沈志勋）

膳食纤维调节小肠中的颗粒聚集

eLife[IF:7.616]

① 小肠腔充满微生物、治疗性颗粒和食物颗粒等微粒，这种颗粒悬浮液的结构可能影响药物和营养素的摄取以及肠道菌群的功能；② 颗粒在体外的小肠腔内液体中自发聚集，而这种聚集无需粘蛋白和免疫球蛋白；③ 可使用膳食纤维中的聚合物调控小肠中颗粒的聚集，不需要特定的化学相互作用；④ 颗粒的聚集是可调节的，通过给小鼠喂食不同分子量的膳食纤维，可控制小肠腔液中的颗粒聚集。

High-molecular-weight polymers from dietary fiber drive aggregation of particulates in the murine small intestine
01-22, doi: 10.7554/eLife.40387

【主编评语】eLife上发表的一项最新研究，发现膳食纤维中的高分子聚合物可调节小肠中的颗粒聚集。（@沈志勋）

特定克罗恩病相关SNP的潜在致病机制

eLife[IF:7.616]

① ATG16L1基因上的一个SNP——ATG16L1 T300A与克罗恩病风险增加相关；② T300A knock-in可改变正常状态下的小鼠肠道菌群组成，并增加小鼠肠道炎症期间肠道菌群中的卵形拟杆菌；③ T300A及野生型小鼠分别移植IBD患者的粪便，移植了克罗恩病（而非溃疡性结肠炎）患者粪便的两组小鼠的肠道菌群有所差异；④ 在携带T300A的IBD患者中，拟杆菌属增加；⑤ T300A可增强小鼠的Th1及Th17细胞应答，而卵形拟杆菌可增加T300A小鼠的IL-23p19的表达。

The Crohn's disease polymorphism, T300A, alters the gut microbiota and enhances the local Th1/Th17 response
01-22, doi: 10.7554/eLife.39982

【主编评语】eLife上发表的一项最新研究，对一个克罗恩病风险等位基因——ATG16L1 T300A的潜在致病机制进行了分析，发现T300A可改变肠道菌群组成，增加拟杆菌属（尤其是卵形拟杆菌）的丰度，并增强肠道Th1及Th17细胞的应答。（@沈志勋）

感谢本期日报的创作者：小肠，Mona，沈志勋，女巫

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