[变异毒株]2022年1月31日，Omicron最新情况汇总
❶ 前言
所以难免会遇到一些不大中听的杂音~
——比如类似这样的：
所以学历啊专业啊职业之类的，随便怎么猜怎么黑都无所谓~但是呢，“成功塑造出了一个经常能和病毒学大咖们谈笑风生的圈内人形象”，以及
“虽然实际信息来源都是论文和推特等公开渠道”~
这类的不实说法，还是需要简单回应一下的……毕竟这牵涉到咱贩卖焦虑的可信度和权威度来着，是吧？
那么下面咱就选贴一点黑料，看看咱是不是真的跟病毒学大佬们谈笑风生，以及咱的信息来源是不是论文和推特之类公开渠道呗~
——比如说，请品鉴：
↑ 以上是某个病毒学家们谈笑风生的slack群，
其中，Omicron的Peacock老师，
正在回顾当初的一点小花絮~
所以咯，这就是为啥，
咱当初可以抢跑全网一整天发出消息~
其实原因很简单啦~
只不过是Peacock老师在提交新毒株申请前一个多小时，
先跟咱（以及Shay老师）开过小会而已
惊不惊喜意不意外？
好了，豁胖完毕，
啰啰嗦嗦这么多还没进入主题，
还望各位海涵
下面正式开始今天的更新吧。
❷ “Omicron不能当做大号流感”
42%肺炎病征的这个数字，
狠狠地扎在了躺平党们的心窝子里，
于是他们纷纷开始发挥无穷的想象力，
为天津这个触目惊心的数据寻找（不）合理化解释~
——比如说这样的：
听起来挺有道理啊老铁，
咱差点就信进去了……
直到咱习惯性地打开了搜索引擎~
——实际情况，请品鉴：
截止1月18日，天津一共检出31位10岁以下确诊病例，
相对之前是要多一丢丢，
但是占比也就13%而已……
用13%的儿童病例去强行解释42%的肺炎病征，
怕是还差了点意思吧？
——再比如这样的：
妈耶这玩意儿就更离谱了~
这位朋友的意思，
想必是说：
天津检测拉胯！无症状的都漏掉了！
检出来的都是症状明显的！
所以怪不得肺炎比例畸高！
可是啊可是~
Omicron这玩意儿的传播速度，
大伙儿想必早就见识过了，
当初南非/英国/丹麦/印度/日本/菲律宾/美帝/巴西那些一飞冲天的曲线，
各位应该还有印象吧？
所以一旦漏检的话，
那么漏网之鱼必然会在短时间内野火燎原，
发展到任何人都无法忽视的地步~
可现如今天津及周边肉眼可见地岁月静好，
这又咋解释捏……
——最夸张的是……还有这样的：
这位朋友认为……
因为“国外的数据显示Omicron无症状感染比例高达80%-90%”，
又因为“当年钻石公主号上面感染原始株的无症状比例高达55%”……
所以天津一定漏检了
首先这位朋友提到的“80%-90%无症状比例”，
这数字看着挺眼熟啊……
然后咱瞅了一眼他给出的reference，
妈耶……不就是前两天咱狠狠打过脸的那个翻车文章吗
请看：[后台点播]所以《柳叶刀》这个奇葩预测…到底是啥子鬼？
其实吧，各位如果是咱公众号老朋友的话，
这时候应该已经反应过来了……
从初期的病例报告来看，
Omicron感染后出现症状的比例并不低，
不仅不低，反而高得离谱~
但无症状感染这玩意儿吧，
跟新冠疫情的其他很多情况差不多，
都忠实地遵循了“不检测就不会有”的基本规律。
只要心够大，
那么咳咳嗽也可以说无症状；
流一流鼻涕也可以无症状；
头疼脑热也可以说无症状；
就算肺部发生了病变，只要不做CT，那就是无症状。
……
……
可是啊，一旦凑近了仔细观察，
症状们纷纷就冒出了头~
比如说，截至目前最详尽的两次case report，
分别是下面这样的造型~
——请品鉴：
共81人（73%）感染Omicron变异株；
完全接种率96%；
感染者中位数年龄36岁；
98%感染者已完全接种；
99%感染者出现症状；
74位感染者 (91%) 报告了至少三种症状。
——请再品鉴：
共21人感染Omicron变异株；
感染者中位数年龄45岁；
所有人都已接种三针BNT疫苗；
100%全部有症状；
平均每位感染者报告6种以上症状；
症状严重程度分级（1-3级）详见上表。
就这，你敢跟我说无症状比例高达80-90%？？？
而且吧，
上面第二个法罗群岛的case report里面，
刚好提到了“呼吸困难”（dyspnea）的症状~
如果我们可以粗略认为呼吸困难和肺部病变有一丢丢相关性的话呢，
那么他们这个呼吸困难的发病率（38%），
刚好可以跟天津这边42%的肺炎病征比例遥相呼应~
说到42%的肺炎病征~
各位估计又会好奇……
为啥天津这边带头观察到高达四成的肺炎比例，
而Omicron肆虐全球都两个多月了，
全球其他地方却没有察觉到呢？
答案其实很简单……
各位不妨回忆一下，
当初Delta流行期那阵，
或者说更早一点吧，
Alpha流行期那阵，
各位有没有留意到什么人群层面的肺炎发病率数据？
没有吧？
呵呵，没有就对了~
（当然了，咱得严谨一点，小规模临床研究的数据还是有的）
肺炎病征是需要做CT才能确认的……
而做CT的前提条件之一，
就是得住院~
然而在已经躺平的世界里，
轻中症病例都得自己憋家里自愈呢~
甚至憋了5天就得返工呢~
谁会有闲心给mild case们挨个挨个做CT？
所以又回到了上面提到的那条基本规律——
“不检测就不会有”，
为啥到了肺炎这个问题上，
很多人就想不通了呢……
关于肺炎病征发生风险的问题，
咱特意咨询了意大利伦巴第某health system的大佬~
毕竟伦巴第也算是被轮过好多轮的地区了，
经验一定超级丰富的~
结果……看看大佬的原话呗~
——请品鉴：
翻译成人话：
所以情况就是这么个情况，
真实世界肺炎病征发生风险这个数据，
就跟之前提到过的其他很多数据一样，
（比如说代际间隔、序列间隔、基本再生数等等），
咱们可能都没法当伸手党等别人发布，
而只能自己去试试水……
所以这个世界就是这么魔幻现实主义，
各位适应适应就习惯啦~
/摊手
❸ Omicron/Delta重组序列已经实锤
关于Omicron和Delta的重组，
之前已经不止一次有人抢跑了~
咱这边还专门批判过…
不过呢，
虽然上次塞浦路斯那玩意儿只是一次低级的翻车事故，
但咱一直认为，
Omicron/Delta发生重组只是迟早的事，
——请品鉴：
所以咱这该死的乌鸦嘴又不幸灵验了一把
短短两周之后，
实锤终于出现了。
具体来说，是AY.4+BA.1，
暂时在公开数据库发现了5个，都在英国。
COG-UK数据库上还有4个暂时没公开~
——GISAID公开数据库的那5个见这里：
欢迎各位领域内的朋友去复查~
——突变列表见下：
简单来说，
这个重组缝合怪的ORF1ab基因，
其绝大部分（红框部分）都是AY.4的底子，
再往下走则变成了BA.1的底子。
目测breaking point可能在NSP14蛋白的42位点到394位点之间，
（所谓breaking point，可以粗略地理解为AY.4和BA.1发生缝合的那个地方）
然后这玩意儿的4个特征突变（C4891T、C5310T、G12685T和C16887T）,
都是英国本土AY.4的限量款；
至于BA.1部分，则带了一个额外的刺突蛋白A701V突变~
但这也不奇怪，A701V基本上算是BA.1出世以来获得的第二个额外优势突变了~（频率仅次于刺突蛋白R346K）
——另外，上述5个序列分别出自三家不同的试验室：
所以乌龙的机会应该很渺茫了……
除非三家实验室同时发生污染事故……
而且必须三家都刚好污染到同一个breaking point……
然后那儿还不是已知的扩增子拉胯区域……
最后刚好那儿又是已知的重组热点区域……
——最后，演化树如下：
↑ 黑色小圆点都是路人背景板，
红色小圆点则是咱们揪出来的重组序列，
可以明显看出，
红色的都在一根演化树分支上~
妥妥的monophyletic没跑了~
另外走一条UKHSA的内线消息呗：
以上5个序列的其中三个来自同一地区，
但不是同一家庭。
UKHSA正在调查这三份序列有没有流行病学关联。
——请品鉴：
（是的各位你们没看错，这5个重组序列里边其中一个，正是Shay老师带着区区在下发现的
BTW，
所以某些认为咱这边“实际信息来源都是论文和推特等公开渠道”的朋友呢？
要不要去论文里和推特上找一找，
有没有这条独家消息？
呵呵~
❹ 喜闻乐见的论文搬运环节
时间紧任务重，
咱开门见山了吧~
——请品鉴：
标题：
（所谓突破性感染就是打完疫苗之后发生的感染）
——简单来说，结果如下~
简单来说，在发生Delta突破性感染之后，
（也就是接种两针之后再感染一次Delta）
抗体滴度是接种三针的3.1倍；
而在发生Omicron突破性感染之后，
（也就是接种两针之后再感染一次Omicron），
抗体滴度则是接种三针的0.32倍……
一个讽刺的事实就在于……
正如论文作者所说，
中和抗体滴度是跟感染后的症状严重程度相关的~
或者翻译成人话，就相当于：
躺平党们，看好啦~
要是你们打算靠重复感染来换取群体免疫呢，
可能就需要做好思想准备~
如果症状太轻的话，可能中和抗体滴度会掺水……
而如果想要中和抗体滴度够高的话呢……
那就只能祝你们身体健康了
当然了，以上这个0.32倍的数字，
是拿VLP（病毒样颗粒）做的测定，
然后又是针对原始株的中和免疫保护。
至于VLP和活病毒的抗体中和测定曲线的相关程度，
以及针对Delta或者Omicron的免疫保护，
可以自行参考下图……
——请看：
↑ 上图红框框出来的，分别是发生Delta和Omicron突破感染后的康复者血清，分别针对原始株、Delta和Omicron活病毒的抗体中和测定结果。
其中实线代表免疫功能正常的病例、虚线则代表免疫缺陷病例；
蓝色代表无症状或轻症病例、红色则代表中症或重症病例。
把上图翻译成人话就是：
接种两针之后再感染一次Delta，康复者血清对原始株和Delta有同等中和免疫保护
； 接种两针之后再感染一次Delta，康复者血清对Omicron的中和抗体滴度（相对原始株）跳水46.8倍
； 接种两针之后再感染一次Omicron，康复者血清对Delta的中和抗体滴度（相对原始株）跳水2.2倍；
接种两针之后再感染一次Omicron，康复者血清对Omicron的中和抗体滴度（相对原始株）跳水6.8倍
。
或者翻译成更直白的人话就是：
感染Omicron不会带给各位啥交叉免疫保护；
打完疫苗再感染Omicron，也不会给疫苗带来太强的boosting效果
再或者，翻译成最直白的人话就是：
感染了约等于白感染，
客官欢迎再来
当然了，今天的主题是怼一怼“实际信息来源都是论文和推特等公开渠道”的无脑黑，
所以继续抢跑一点公开渠道看不到的内幕呗~
UKHSA某内线（抢跑啊，不保熟）：
翻译成人话（再说一遍，抢跑，不保熟）：
❺ BA.2、BA.2、BA.2
BA.2的流行率，
想必各位已经有心理准备了~
下面随便走几张图呗~
——南非，请品鉴：
↑ 绿色曲线等于BA.1，紫色曲线等于BA.2~
惊不惊喜意不意外？
——与此同时：
↑ 南非下降趋势已刹车……
——或者这么看可能更清楚：
↑ 南非9个省里面，
以普马兰加为首的内陆5省Rt已然暗搓搓地越过生死线……
——接下来，英国，请再品鉴：
↑ 所以，英国的BA.2占比也在指数上涨，
预估在2月上中旬一桶浆糊，
但是就目前而言，
绝对比例还是只有5%以下而已，
那么英国有没有逃脱长江后浪推前浪的宿命呢？
很可惜，并没有……
——请品鉴：
↑ 以上Sanger研究所的数据，
上边是英国新增确诊人数估算，
下边则是各变异株流行率。
其中绿色部分是BA.1，紫色部分是BA.1.1，浅蓝色部分则是BA.2~
顺便解释一句，
BA.1.1就是额外多了个刺突蛋白R346K突变的BA.1。
所以BA.2没能推前浪，
自然有其他玩意儿跳出来推前浪…
一波接一波的宿命仍然在继续
顺便一提啊，是的各位没看错，
英国的确诊人数已经沦落到需要靠估算的地步了……
总之，根据Sanger的估算，
英国下降趋势刹车了……
并且吧，Sanger显然不是唯一一家搞估算的机构，
ZOE根据用户自行上报数据做出的估算更玄乎~
——请看：
惊不惊喜意不意外？
不过，
估算数字再离谱，
也不如官方数字含焦量高……
——UKSHA官方数字请品鉴（Colin Davis老师魔改版）：
害，历史又重演了……
——以及，丹麦，请接着品鉴：
↑ 丹麦的情况，
用常见的变异株流行率曲线可能不大解释得清楚~
所以咱换成每十万确诊病例变异株测序数量的曲线呗……
BA.2（橙色）一桶浆糊，这一点大伙儿早就知道了；
可是啊，BA.1（绿色）还在涨涨涨，这个你们敢信？
最糟心的可能是Other=Delta（紫色）……
从12月底开始就我行我素，
这是嘛意思？
延伸阅读请见：[含焦量10.0]扶上马，送一程，病毒也要搞共存
——于是……请欣赏：
丹麦：各位回头见，咱先走一步啦~
——元芳！拿放大镜来：
↑ 以上是丹麦的七日新增确诊人数变化趋势图，
其中橙色曲线=七日变化趋势（百分比），
黄色横虚线=确诊人数不增不减的稳态，
蓝色柱状图=实际确诊人数~
请注意，BA.1的增长趋势曾经短暂跌破0%；
然而BA.2迅速无缝接棒……
/摊手~
这就是为啥，
其他几家可能会回头见了……
既然提到了丹麦，
那么咱就用一篇新鲜出炉的丹麦预印本来结束今天的超长篇更新呗~
——请品鉴：
标题：
——请品鉴：
在没有疫苗拉偏架的状态下，BA.2比BA.1传染性高大约25-30%的样子~（跟UKHSA那边的数字差不多）
——UKHSA Technical Briefing版 家庭续发率见下：
（之前说好的定心丸，咱初一凌晨发出来，算是变相的双更吧）