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推文系列部分小结

JunJunLab 老俊俊的生信笔记 2022-08-15

落红不是无情物

1引言

对一些成系列的推文做个小结,当然有些太多,并没有涵盖所有的,更多内容详情见公众号菜单!

2MeRIP-seq 数据分析指南

  1. MeRIP-seq 数据分析之数据下载

  2. MeRIP-seq 数据分析之质控、过滤、比对

  3. MeRIP-seq 数据分析之 callpeak 及 peak 可视化

  4. MeRIP-seq 数据分析之 m6A 分布特征可视化

  5. MeRIP-seq 数据分析之 homer 注释 peaks

  6. MeRIP-seq 数据分析之 homer 富集 motif

  7. MeRIP-seq 数据分析之 peak 热图可视化

  8. 绘制 m6A peak 在 lncRNA 上的分布

3shiny 入门指南

  1. shiny 入门第一课

  2. shiny 入门第二课

  3. shiny 入门第三课: 进阶

  4. shiny 入门第四课: ui 详解

  5. shinydashboard 让你制作一个酷炫的页面端

  6. clusterProfiler 的 shiny 版上线了!

  7. QPCRpro 正式上线!

  8. shiny CountToTPM/FPKM

  9. 画个 CNS 级别火山图!

  10. 手把手教你用在线 pheatmap 绘制热图

  11. shiny VennDiagram

  12. shiny 之 滑块控件

  13. shiny 之 其它控件

4snakemake 指南

  1. snakemake 初探

  2. snakemake 进阶用法

  3. snakemake 使用多环境分析数据

5R 绘图系列

  1. 使用 ggplot_build 函数获取绘图坐标

  2. ggplot 绘制环形堆叠条形图

  3. ggplot 绘制三角形相关性图

  4. barplot 还不会添加误差线?你点进来就会了!

  5. 跟着 Hindawi 学画图:漂亮的火山图

  6. 跟着 Science 学画图:多层柱形图

  7. 跟着 Cell 学绘图: 累计分布曲线

  8. 跟着 Genome Research 学画图: 等高线散点图

  9. 跟着 Cell Reports 学画图: Ribo-seq frame 与 reads length 分布

  10. ggh4x 包的坐标轴调整技能!

  11. 跟着 NC (Nature Comm) 学画图: 箱线图嵌套并分面添加文本注释

  12. 跟着 NC (Nature Communications) 学画图: 火山图进阶

  13. 跟着 Cell 学绘图: 优美的条形图

  14. 基因 hclust 聚类并绘制聚类热图和表达趋势图

  15. 使用 Mfuzz 包聚类分析并自定义绘图

  16. 听说你想把 spearman 和 pearson 展示在一张相关性热图里?

6R 编程

  1. 提取 ensembl 的 gtf 文件中最长转录本信息

  2. @你需要提高一下 R 技能了(plyr 包)

  3. 批量读取文件一文搞定

  4. 连线柱状堆积图进阶

  5. 绘制带连线的柱状堆积图

  6. 怎么批量合并 data.frame ?

  7. purrr 包之 list 处理系列函数

  8. 批量绘制单基因相关性图

  9. 用 R 提取代表转录本

  10. 提取代表转录本之 gencode

...更多精彩见公众号!


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 往期回顾 




g:Profiler 基因富集利器

跟着 Cell Reports 学画图: Ribo-seq frame 与 reads length 分布

shiny 之 其它控件

shiny 之 滑块控件

ggh4x 包的坐标轴调整技能!

跟着 NC (Nature Comm) 学画图: 箱线图嵌套并分面添加文本注释

跟着 NC (Nature Communications) 学画图: 火山图进阶

跟着 Cell 学绘图: 优美的条形图

shinydashboard 让你制作一个酷炫的页面端

shiny 入门第四课: ui 详解

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