代谢组学样本收集指南（二）| 代谢组专题

代谢组学研究的样本主要是尿液、血浆或血清、唾液，以及细胞和组织的提取液等。由于代谢谱容易受到众多因素的影响，收集代谢组学研究的样本需要根据实验设计、样本特征进行严格的控制，考虑收集的时间、样本的保存条件和保存时间等的平行性。特别是临床生物样本不易控制，要考虑受试患者和健康对照人群之间的年龄、性别、饮食状况、作息习惯、体重、用药情况等因素的匹配。这些因素的改变均可导致代谢谱的变化，影响实验结果。

特别注意：

样本采集需要马上进行萃灭：快速使组织或细胞内的酶失活，防止代谢物的变化。液氮速冻是常用的萃灭方式。

1.人和动物组织类样本收集

适用于心、肝、脾、肺、肾、肠、脑、肌肉等。

1.样本量要求

GC-MS，LC-MS实验200 mg/样本。

2.样本收集步骤

1）如果组织上有血，用生理盐水漂洗掉。

2）根据具体实验设计取特定的部位，200 mg/样本装入离心管中。

3）标号后迅速放入液氮中冷冻处理至少15 min，-80 °C冻存；干冰寄送。

2.粪便、肠道内容物样本收集

1.样本量要求

200 mg/样本，避免反复冻融。

2.样本收集步骤

收集到新鲜粪便或肠道内容物样本后，分装样本200 mg/管，建议分装15~20管备用，立即用液氮速冻处理15 min，-80 °C冻存，干冰寄送。

3.注意事项

由于粪便/肠道内容物中有非常多微生物，其代谢速度很快，反复冻融会对代谢水平有很大影响。建议样本收集后，按照200 mg/样本进行分装冻存。

3.植物类样本收集

1.叶片、茎、花

1.1 样本量要求

GC-MS，LC-MS实验200 mg/样本。

1.2 样本收集步骤

取整片叶片/一段茎/一朵花，用锡箔纸包裹并标记后，迅速放入液氮中冷冻处理至少15min。取出后迅速放入自封袋中(每组一袋)，在自封袋中放入标签纸注明样本信息。迅速放入-80°C冻存，干冰寄送。

1.3 注意事项

1）采集叶片样本时，最好在中午光照好的时间收集。

2）要根据实验设计，采集样本时保持样本一致性，尤其是同一组样本（如颜色、衰老程度、叶脉占比、光照、位置等）。

2.根

2.1 样本量要求

GC-MS，LC-MS 实验500 mg/样本。

2.2 样本收集步骤

1）取整株植物的根部，迅速用1×PBS漂洗掉根上的泥土。

2）根据具体实验设计取植株根特定的部位，500 mg/样本装入离心管中。

3）标号后迅速放入液氮中冷冻处理至少15 min。-80 °C冻存，干冰寄送。

2.3 注意事项

1）PBS 漂洗要快。

2）由于根部组织特别脆弱，被挤压后会变成浆糊状，所以推荐保存至离心管中，而不是锡箔纸包裹。

3.果实、种子

3.1 样本量要求

GC-MS，LC-MS 实验200~500 mg/样本。

3.2 样本收集步骤

1）对于含多汁、块头较大的果实（番茄、西瓜、苹果等）需要先用锋利的刀分割成“均匀”合适的小块(≈200 mg/样本)分装至2 mL离心管中，标号后迅速放入液氮中冷冻处理。

2）对于细小的颗粒种子(拟南芥种子、谷物种子等)，可以先将同一组的植株种子混匀后再分装(≈200 mg/样本)至离心管中，标号后迅速放入液氮中冷冻处理。

3）对于要求对整个果实进行提取的（整粒葡萄等），需要把果实装在50 mL离心管中/自封袋中，标号后迅速放入液氮中冷冻处理。

3.3 注意事项

1）对多汁的果实进行取样很难保持均一性(如番茄、皮、果肉、果瓤、籽的占比)，建议将整个果实进行研磨、冻干，对粉末进行称重分装。

2）不推荐用锡箔纸包裹。

4.微生物样本收集

适用样本：大肠杆菌、枯草杆菌、酿酒酵母菌、恶臭假单胞菌、酵母、棒杆菌属、单胞藻、运动发酵单胞菌、氧化葡萄糖酸杆菌等。

1.菌体数量

需要菌体的数量为：1×10⁸ （一次实验的用量）。一般OD600≈0.6时，细菌处于生长指数，其浓度为10⁸ cell/mL。此标准为经验值，需根据自己实验室具体情况进行调整。

2.取样步骤

1）将1~2 mL菌液转移到离心管（进口）中。

2）1000 g离心10 min收集菌体（1×10⁸个细胞为宜），弃上清。

3）用预冷的PBS小心重悬清洗沉淀一次，4 °C 1000 g离心10 min收集菌体，弃上清。

4）再用PBS重悬并离心一次，倒掉PBS（尽量倒干净），将离心管的尖端插入液氮中，萃灭细胞沉淀1 min。-80 °C冻存，干冰寄送。

3.注意事项

1）请先拿空离心管的尖端插入液氮中试试离心管的质量，如果不破则没问题。

2）微生物代谢速度非常快，所有的步骤需尽快完成。

3）菌体数量不同样本间需要保持一致。

4）OD值供参考，需要根据具体情况确认。

4.微生物培养液（研究胞外代谢）取样步骤

方法一：培养好的菌液混匀后，取10 mL菌液，用0.2 μm孔径的过滤膜进行快速抽滤，去除菌体。将滤液按1 mL/well进行分装，‐80 °C冻存，干冰寄送。

方法二：培养好的菌液混匀后，取1 mL菌液，3000 rpm，4 °C离心10 min，取上清800 μL，‐80 °C冻存，干冰寄送。

今天的内容分享完啦，大家收藏好慢慢学习哦~

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