测序后常常拿到极少差异miRNA怎么破？UMI帮你解决！

miRNA是一类长度在22nt左右的内源性非编码小RNA，其前体具有发夹结构，广泛存在于动物、植物、病毒等多种有机体中，是目前研究最多的一类非编码RNA（ncRNA）。miRNA研究的一个最重要的数据库是miRBase，miRBase数据库自2014年更新到21.0后，时隔四年终于更新到22.0，喜大普奔！但是需要注意的一点是，V22.0收录的物种数是271个，共收录了48885个成熟体miRNA，平均每个物种180条成熟体miRNA。当然一些模式物种，例如人的成熟体miRNA数量是2693条，这就表示绝大部分物种的已知miRNA数量很少，因此在miRNA测序分析时常常会出现差异miRNA数量很少的情况（特别是最重要的已知miRNA），会对后续工作开展做成极大影响！

筛选差异miRNA的标准，需要满足差异倍数2倍以上，但是由于miRNA建库、测序过程中接头连接偏好、PCR扩增偏好性，常常导致测序结果中一些miRNA表达失真，计算得到的差异比值不准确，导致结果中差异miRNA数量很少。

通过比较常规建库（0N）、UMI（8N）建库和UMI建库后（绝对定量miRNA）过滤冗余数据（8NCol）， 可以发现UMI建库可以明显降低miRNA偏好性（下图）：

1、UMI建库和常规非UMI建库相比，超过一半miRNA在接头连接偏好性方面有较大提升（0Nvs0N与8Nvs8N比较）；

2、UMI建库测序数据去除冗余后，三分之二的miRNA的文库构建偏好性（PCR Duplications）降低，平均降低幅度达到30%。

同时和常规miRNA建库相比，miRNA表达差异比值提高，为后续研究提供更多可筛选的miRNA。

总结

可知miRNA采用UMI方式建库，可明显降低miRNA常规建库过程中的各种偏好性，真实反应miRNA表达差异，提高候选研究miRNA数量。

参考文献

Fishman A, Light D, Lamm AT. QsRNA-seq: a method for high-throughput profiling and quantifying small RNAs. Genome Biol. 2018;19(1):113

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