RIP（RNA immunoprecipitation），利用免疫共沉淀的方法将蛋白-RNA复合物拉下来，再进行RNA提取的方法。现在越来越多的高分文章都用到此技术来深入揭示内在机理；同样地，高水平杂志也更多的要求RIP/CHIP、RNA pulldown等技术的运用。我们最近也接到了很多RIP的测序实验，发现老师们在准备样本阶段不规范，导致后面分析问题不断。因此，我们将RIP样本准备指南整理成微信稿，供读者及时查阅。
所采集的样本应该通过严格的细胞学、组织学、病理学等相关鉴定，因为这关系 到实验最终结果是否具有科学意义，所以客户须根据实验目的设计相关科学取样 方案和取样步骤。 正常组织样本中不能含有病变组织，而病理组织样本中也不可以夹带有正常组织。在条件允许的前提下，争取做到实验组与对照组的样本在取材时间、部位、处理条件等方面尽可能保持一致，否则可能会影响实验结果的重复性和可信度。代表性样本的各种特征数据必须被准确记录，并按要求（低温、迅速）采集、制 备、贮存、运输进行实验处理。生物学重复的取样应尽量减少重复间样品的差异。在条件允许的前提下，做到重复样本在取材时间、部位、处理条件等方面尽可能保持一致，可以使用同一个体的作为重复的尽量选用同一个体，不能使用同一个体的应保证父母本、雌雄（性别）、年龄相同，否则可能会影响实验结果的重复性和可信度。样本质量是影响实验结果的最关键因素，因此用于研究的实验样本，在采集、贮存、运输和制备的过程中尽可能地做到迅速，最大限度的缩短从样本采集到实验 的时间。所取样本离体后，经快速清洗和标记等处理后，应立即投入液氮中速冻至少 30 分钟，之后保存于-80℃冰箱或者干冰中，确保在实验操作前样品始终处于-80℃，以避免蛋白的降解。 A. 取下新鲜组织，应剔除结缔组织和脂肪组织等非研究所需的组织类型；B. 迅速用预冷的 0.9％生理盐水漂洗将组织表面的残留血液冲洗干净； C. 如果组织体积较大，尽量将组织切成长宽高均≤0.5cm 的小块（即黄豆大小）； D. 将处理好的组织样本混合均匀后保存于 10 ml 或更大体积的旋盖冻存管中，准确标记； E. 迅速置于液氮中冷冻 30 分钟，然后转移至-80℃或液氮中保存； F.运送方式：将冻存管置于 50ml 离心管中或密封性好的塑料袋中，干冰运输。 A：个体较小动物如小鼠、雏鸡、斑马鱼等肝脏、心脏、脑等组织：>1g； B：个体较大动物如猪、牛、羊等肌肉、晚期胚胎等组织：>2g 脂肪组织 >10g； A. 对肿瘤组织的取材，应尽可能准确地判定肿瘤和正常组织，如果有可能请根据冰冻切片报告的结果来判断要进行研究的取材部位，肿瘤组织应将周围的正常组织切除干净（正常组织也应将周围的肿瘤组织切除干净）； B. 离体后请立即分割组织，约 2-3mm 厚，然后将组织放入 2.0ml 或更大体积旋盖冻存管中； C. 迅速置于液氮中冷冻 30 分钟，然后转移至-80℃或液氮中保存； D. 运送方式：将冻存管放置于 50ml 离心管中或密封性好的小塑料袋中，干冰运输； A. 从植物体上，取下新鲜组织。大田或野外获取的材料，取材后需将材料表面的灰尘或泥土冲洗干净，吸干。 B. 如果组织体积较大，应尽量将组织剪切成小块，然后将组织放入 10ml 或更大体积的冻存管中，或者使用锡箔纸包严后放入自封袋，准确标记； C. 迅速置于液氮中冷冻 30 分钟，然后转移至-80℃或液氮中保存；A.贴壁培养的细胞应先处理为细胞悬液，并用 PBS 缓冲液（无 Rnase 配制）清洗两次，3,000 rpm/ min/ 4 ℃离心 5min，倒尽上清，准确标记；B.迅速置于液氮中冷冻 30 分钟，然后转移至-80℃或液氮中保存；C. 运送方式：将冻存管放置于 50ml 离心管中或密封性好的小塑料袋中，干冰运输； A.组织量不足：IP 富集产量低，未达到建库要求的起始量，文库建库可能失败。特别植物类组织，由于植物叶片、果实、块根或根茎含有高浓度的多糖多酚物质，以及其他复杂的未知成分，提取难度较大，因此送样量必须保证。 B.反复冻融的组织：此类组织不建议送样，请合作伙伴送样前注意组织保存的状态，确保组织未发生过冻融事件方可寄送。C. 取样后放-80℃冰箱保存时间：动物组织超过 1 个月，植物组织超过 3 个月；以上较大可能出现染色质提取不合格或者降解的情况，不建议合作伙伴送样。 D.离体组织：动植物类组织，包括植物老根、果实等，动物肝脏、脂肪、脑组织等，组织部位离体后，务必在半分钟内将离体组织用液氮速冻，放入-80℃冰箱中保存。 F. 微量组织：特殊动物组织量<500mg，特殊植物组织量<1g，细胞数<107。主要针对那些格外珍贵稀缺样本，鉴于样品特殊和珍贵程度，此类样品风险较大。如果合作伙伴坚持送样，由合作伙伴承担责任和相应风险。 A. 收样时干冰完全溶解，后续实验风险大，停止实验，快递推荐用顺丰。 B. 样本寄送过程中损坏或老化降解，后续实验风险大，应停止实验，建议客户取样时用锡箔纸包裹或离心管封装。 A．对于蛋白与 RNA 的结合丰度较低的，通常 IP 效率不是很高，RNA 量较 少，建库有较大风险，可选择多次 IP 增大产物量； B．抗体来源及级别风险，商业化非 ChIP 级别抗体、自制抗体、非品牌公司 ChIP 级别抗体，均会影响 WB 结果或 IP 效率，推荐抗体公司 Abcam、Active Motif、 Merck Millipore、Cell Signaling Technology，对 WB 结果影响有以下三种：无目标条带、杂带较多或主带不明显。