【疯狂7月】⑬—KEGG通路标色：表达量/上下调、单组/多组 | 云平台

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适用场景

1.可对基因、蛋白、转录本和代谢物进行通路标记；
2.在KEGG通路图中标记单（多）样本表达量；
3.在KEGG通路图中标记单（多）比较组上下调情况。

看看效果

例子一：“基因/蛋白/转录本”+“代谢物”，对应单比较组。

如图，有两个图例，分别代表“基因/蛋白/转录本”和“代谢物”。前者对应图中的矩形，后者对应图中的圆形。这幅图的体现的是同一个比较组（如：Treat1 vs Control）的基因和代谢物的差异上下调情况。

例子二：“代谢物”，单比较组。

此图只绘制了代谢组（图中圆形）的差异上下调情况。

例子三：“基因/蛋白/转录本”，表达量。

从图例可以看出此图绘制的是表达量（无负值，单向增长），表达量越高，颜色越红。

例子四：“基因/蛋白/转录本”，多比较组（三组）。

每一个矩形都被分成了三个色块，一个色块代表一个比较组，可以横向比较一个基因在不同实验条件下的差异变化。

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接下来，开始实操：

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选择组学

1.对“基因/蛋白/转录本”进行通路标记；

2.对“代谢物”进行通路标记；

3.对“基因/蛋白/转录本”和“代谢物”同时进行通路标记。

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查看示例格式

选择不同类型可以在线查看不同示例数据。

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格式说明

基因/蛋白/转录本：

【第一列】
可以是基因、蛋白、转录本的ID。示例数据显示了三种常用的：类型1 - KEGG数据库的大K编号；类型2 - Ensembl数据库基因编号；类型3 - 基因名。 KEGG数据库的大K编号（类型1 ）需要在“物种”参数选“ko”，其他ID均需要选择对应物种，否则图片无法上色。

【第二~N列】

一列代表一个样本或比较组：若为样本，数据应该是表达量；若为比较组，数据应该是做了log2处理的差异倍数。

• 样本表达量 - 类型2：颜色变化代表表达量高低。

• 比较组log2（FC） - 类型1、3：log2处理使得上调数据大于0，下调数据小于0，于是颜色可以代表上下调情况。

• 若为单样本（或单比较组），作用是体现此通路中不同基因的表达量（上下调）情况；

• 若为多样本（或多比较组），作用是比较不同样本（比较组）间的表达量（上下调）差异，效果见“类型3”。

代谢物：

【第一列】
请填写代谢物的ID。示例数据显示了代谢物常用的KEGG编号（以C开头）。

【第二~N列】
同“基因/蛋白/转录本”。

【“代谢物”与“基因/蛋白/转录本”的区别】

从输入数据格式上来说，除了ID，没有什么区别。从图上来说，“基因/蛋白/转录本”对应图中的矩形□，“代谢物”对应图中的圆形○。

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选择数据列

您的输入文件可以包含更多信息，分析时只会用到所选择的列信息。数据主要分为两部分，“ID列”和“数据列”。ID列只可单选，与参数部分的“ID类型”需一致。“数据列”可多选，若选择多列，则效果类型“例子四”，一个图形会有多个色块。

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参数调整

参数区域主要分为三块：

1.全局参数：物种和通路。若ID是KEGG的大K编号，则物种需选择“ko”；其他类型ID都需要选择对应物种。

2.基因/蛋白/转录本：ID类型需要和您的数据对应；“显示名称”有两种类型可选；图例范围和配色方案可自定义。

3.代谢物：图例范围和配色方案可自定义。

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开始分析

1.开始分析前务必确认“输入数据格式”、“组学”、“物种”和“ID类型”是否正确；
2.点击“开始分析”后，输出文件名不可修改，文件也不可再重新上传；
3.一次可绘制一个通路，多次分析结果均会保留，可分析完需要的通路后一起打包下载；
4.同一个通路只保留最后一次分析的效果。

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结果图片

1.点击开始分析后才出图；

2.若图片未上色，有以下原因：
一是输入数据格式错误；
二是组学、ID类型和物种选择错误；
三是您的数据在此通路确实无匹配结果。

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结果下载

1. 输出文件名默认用输入文件名，请在点击“开始分析”前修改；

2. 本次使用中所有分析过的通路结果都会一起打包下载；

3. 分析相关参数也会一并打包下载。

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