单细胞测序数据进阶分析—《细胞通讯》2.1CellChat基础分析教程

前言

在前面的一讲内容里(单细胞测序数据进阶分析—《细胞通讯》1.概论)我们已经给大家介绍了细胞通讯的基本概念。本讲的内容主要是带领大家走一遍CellChat最基础的workflow，类似于我们学习Seurat时的“单样本分析”部分，旨在向大家介绍CellChat的基本语法、用法及功能。本次课程所涉及的代码、测试文件在公众号后台中回复“CellChat.P1”获取。后续的代码如果不出意外都会在西柚云中制作（https://www.xiyoucloud.net/aff/UPWEQQBD）。

视频教程

时长超啦，完整视频直接去B站看吧：https://www.bilibili.com/video/BV1Ab4y1W7qx?p=2
Cellchat基础分析代码结果一览：

往期回顾

如果你还没学完基础课程，一定要跟着下面蓝色超链接的顺序走，每篇文章中的超链接要点开看（按顺序掌握自然没有疑问）：

B站视频，先看一遍视频再去看推送操作，建议至少看三遍：https://www.bilibili.com/video/BV1S44y1b76Z/
保姆级教程，代码部分整理在往期推送之中：手把手教你做单细胞测序数据分析（一）——绪论
手把手教你做单细胞测序数据分析（二）——各类输入文件读取
手把手教你做单细胞测序数据分析（三）——单样本分析
手把手教你做单细胞测序数据分析（四）——多样本整合手把手教你做单细胞测序数据分析（五）——细胞类型注释手把手教你做单细胞测序数据分析（六）——组间差异分析及可视化手把手教你做单细胞测序数据分析（七）——基因集富集分析

上游fastq文件处理：
单细胞分析的最上游——处理Fastq文件：cellranger
单细胞分析的最上游——处理Fastq文件：dropseqRunner

其他单细胞相关技术贴也在这里：细胞的数量由誰决定？单细胞中应该如何做GSVA？答读者问（三）：单细胞测序前景答读者问（四）：如何分析细胞亚群答读者问（六）：Seurat中如何让细胞听你指挥答读者问（八）：为什么Read10X也会报错?
答读者问（十）整合后的表达矩阵，如何拆分出分组信息？
答读者问（十一）如何一次性读取一个目录下的cellranger输出文件？

单细胞文献阅读：文献阅读系列（三）、单细胞测序解析糖尿病肾病中肾小球的动态变化
文献阅读系列（四）、单细胞测序技术解析健康人与T2D患者的胰岛差异文献阅读系列（六）、小鼠全肾单细胞测序开篇之作文献阅读系列（七）、一篇不花钱就能白嫖的文章文献阅读系列（八）、不会吧不会吧，Nature都能白嫖？文献阅读系列（十一）、高氧下小鼠肺发育损伤的ScRNA图谱文献阅读系列（十二）、IgAN & STRT-Seq

非技术帖：关于单细胞的事 谈谈后面的计划
Biomamba助推的第一篇论文发表啦

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