胆管癌丨FDA已批准 F1CDx 作为FGFR2+胆管癌首个靶向药物『pemigatinib』的伴随诊断
上篇文章“胆管癌丨FDA批准首个靶向药物『pemigatinib』用于FGFR2基因融合/重排胆管癌”中介绍到：Pemazyre（pemigatinib）是一种选择性成纤维细胞生长因子受体（FGFR）抑制剂，于2020年4月17日获FDA批准用于先前治疗过的携带 FGFR2 基因融合或其它重排类型（经FDA批准的检测产品）的局部晚期或转移性胆管癌成人患者。1 据 Incyte 官网消息，FDA有望批准 Foundation Medicine 的 FoundationOne® CDx （F1CDx）作为pemigatinib的伴随诊断（CDx）产品。2
▲Incyte官网：FDA有望批准F1CDx作为pemigatinib伴随诊断2
2020年4月20日，据Foundation Medicine官网消息，FDA已批准 FoundationOne® CDx （F1CDx）作为 pemigatinib 的伴随诊断产品，F1CDx的测序广度和深度将有助于识别受益于pemigatinib治疗的FGFR2融合或重排的胆管癌患者。4 F1CDx是第一个也是唯一一个经FDA批准用于FGFR2+胆管癌首个靶向药物pemigatinib的伴随诊断产品。
▲FMI官网：FDA已批准F1CDx作为pemigatinib伴随诊断4
FoundationOne® CDx 是基于NGS的体外诊断产品，可检测324个基因的SNVs，Indels，CNVs 和 Rearrangements 四种变异类型及TMB（肿瘤突变负荷）和MSI（微卫星不稳定性）两种基因组特征，是首个获得FDA批准的作为经临床和分析证实为实体瘤的广泛伴随诊断产品（泛癌种伴随诊断）。
值得注意的是，FoundationOne® CDx（F1CDx，包括324基因） 和 FoundationOne®（F1，包括315基因） 是两款不同的产品，F1CDx 是经FDA批准的产品，是 F1 产品的升级版。
从FDA批准的伴随诊断设备清单中，我们可以清楚的看见 FoundationOne CDx 已被批准作为多种癌症（非小细胞肺癌/黑色素瘤/乳腺癌/结直肠癌/卵巢癌）的伴随诊断，可用于总共20种不同的靶向治疗方法。4,5 随着胆管癌首个靶向药物 pemigatinib 的批准，FoundationOne CDx 又添加了另一项重要的FDA批准的伴随诊断。不过截至当前，FDA官网的伴随诊断设备清单中尚未更新胆管癌靶向药物 pemigatinib 的伴随诊断信息。
▲FDA批准的F1CDx伴随诊断信息
F1CDx产品获批作为 pemigatinib 伴随诊断有何意义呢？
① 首先第一点，就是对NGS检测技术的进一步肯定；
2019年4月，首款膀胱癌靶向药 Erdafitinib 获批上市用于治疗携带有特定 FGFR突变（至少有一个FGFR3突变或FGFR2/3融合）的局部晚期或转移性膀胱癌成人患者，FDA批准的伴随诊断产品是基于qPCR平台的 therascreen® FGFR RGQ RT-PCR Kit（QIAGEN）。
2020年4月，首款胆管癌靶向药 pemigatinib 获批上市用于治疗携带 FGFR2 基因融合或其它重排类型的局部晚期或转移性胆管癌成人患者。FDA批准的伴随诊断产品是基于 NGS 平台的 FoundationOne CDx（Foundation Medicine）。
对于FGFR融合的检测，从 qPCR → NGS，应该算是对NGS检测技术的进一步肯定（F1CDx此前作为伴随诊断的重排基因只有ALK），标志着NGS技术将是肿瘤精准医疗的核心发展及应用技术。
② 第二点，自然就是对基因融合检测方法“升级”肯定；
说到基因融合的检测方法，主要有四种：IHC，FISH，RT-PCR及NGS（DNA/RNA），各有优劣势。
比如IHC检测 FGFR2 融合，即检测FGFR2蛋白的表达量（基因融合致使表达量增加），这种方法适用于基础组织中基因蛋白表达量比较低的，基础组织中基因蛋白表达量比较高的，自然就不太适用了。优势就是医院可以自己做，检测结果快，相对还便宜；劣势就是必须使用组织进行检测，有显著的假阳性（FP）或假阴性（FN），需要特殊的组织和多目标部位检测。IHC虽可用于筛查诊断，但还推荐进一步证实基因融合的情况。
FISH检测 FGFR2 融合，即检测 FGFR2基因的断裂情况。优势就是医院可以自己做，检测结果快；劣势就是必须使用组织进行检测，同时，对于检测结果的解释具有挑战性，比如 cutoff 值的判断，也有显著的假阳性（FP）或假阴性（FN），需要特殊的组织和多目标部位检测，如果是单探针检测，自然也无法知道partner基因是谁了。FISH检测可直接告诉我们是否发生了基因融合，但还推荐进一步证实partner基因是谁（不同partner基因疗效有时也有差异）。
RT-PCR检测 FGFR2 融合，即反转录PCR检测FGFR2已知融合基因的情况，RNA → cDNA再扩增检测，可检测组织或血液。优势就是检测速度快，相对便宜；劣势就是不能检测未知的融合partner基因，一般不能一次检测多种融合基因。RT-PCR虽可检测基因融合情况，但需要预先知道融合基因是谁，断点在什么位置，才能设计针对性的PCR引物标识出已知融合partner基因的断点，对于未知的融合基因，自然就有点“束手无策”。
NGS检测 FGFR2 融合，根据核酸样本类型，可分为DNA-NGS检测和RNA-NGS检测两种，检测灵敏度、特异性均比较高，可检测组织或血液。DNA-NGS检测，自然要覆盖FGFR2基因的所有内含子区域，才不至于漏检（内含子区域覆盖度很低则会漏检），当然探针及测序成本就会更高，同时，检测到的融合可能表达，也可能不表达，但是DNA-NGS可以直接检测位于内含子区域的剪接突变及其他突变类型；RNA-NGS检测，不存在内含子区域覆盖不到的问题，检测结果相对更准确，但是RNA检测对于RNA的质量要求比较高，因为RNA较DNA更容易降解。NGS可检测基因融合（已知/未知）的情况，但RNA-NGS检测可能比DNA-NGS检测更可取，因为它可以识别出主动转录的基因嵌合融合，综合来看，DNA+RNA-NGS或许更好。
▲ DNA-NGS与RNA-NGS检测基因融合的差别
当然， FoundationOne CDx 是基于 FFPE 样本中 DNA 进行检测的，即 DNA-NGS 检测，覆盖了 FGFR1/2/3 三个基因的全部内含子区域。
▲ F1CDx检测FGFR1/2/3基因内含子区域确定重排类型
通过对四种基因融合检测方法的分析，我们可以发现，NGS技术其实是过往基因融合检测方法的“升级”，不仅可以检测基因融合，还能检测到已知和未知的融合基因，包括其它可能出现的基因重排现象。至于选择 DNA-NGS，RNA-NGS，还是DNA+RNA-NGS 上面已经作了简要的分析。
在2020年3月20日发表于《Lancet Oncol》的文章中 6，研究者们强调：鉴于胆管癌的分子多样性，此研究结果强调应将 DNA-NGS 或 RNA-NGS 检测分析方法作为 FGFR2基因融合/重排 的标准方法，检测 FGFR2基因已知、新发融合或重排类型，从而识别出所有可能受益于 FGFR-靶向治疗方法的胆管癌患者。因此，更推荐用NGS方法来检测FGFR2的变异情况。
▲ DNA/RNA-NGS应作为FGFR2基因融合/重排标准方法
参考资料：
1.https://www.fda.gov/news-events/press-announcements/fda-approves-first-targeted-treatment-patients-cholangiocarcinoma-cancer-bile-ducts
2.https://investor.incyte.com/news-releases/news-release-details/fda-approves-incytes-pemazyretm-pemigatinib-first-targeted
3.https://www.fda.gov/medical-devices/vitro-diagnostics/companion-diagnostics
4.Foundation Medicine Receives FDA Approval for FoundationOne®CDx as the Companion Diagnostic for Pemazyre™ (pemigatinib), the First FDA-Approved Targeted Therapy for Adults with Previously Treated Locally Advanced or Metastatic Cholangiocarcinoma. Posted April 20, 2020. https://bit.ly/3aqhNZx. Accessed April 20, 2020.
5.https://www.fda.gov/medical-devices/vitro-diagnostics/list-cleared-or-approved-companion-diagnostic-devices-vitro-and-imaging-tools?source=govdelivery
6.Vogel A, Sahai V, Hollebecque A, et al. FIGHT-202: a phase 2 study of pemigatinib in patients (pts) with previously treated locally advanced or metastatic cholangiocarcinoma (CCA). Presented at: 2019 ESMO Congress; September 27-October 1, 2019; Barcelona, Spain. Abstract LBA40.
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