Q：eCLIP-seq需要重复吗？做几次重复？”

A：2次

Q：eCLIP-seq需要做对照吗？IgG？Input？”

A：需要input

Q：依据？

A：看ENCODE是怎样做的：

ENCODE目前做了115个RBP的eCLIPseq。共产生166套eCLIP-seq，对应166套input作为对照，一共332套数据。其中K562有180套，HepG2有148套，adrenal gland有4套。

每套数据有两次生物学重复。

数据分析流程，扩展阅读：

• ENCODE IDR pipeline Q&A，带视频记录

了解更多ENCODE的eCLIP-seq数据情况，观看Gene Yeo Lab的Eric Van Nostrand在ENCODE2016会议的报告视频。

介绍了：

• RBP数据库ENCORE里都有哪些数据；

• eCLIP-seq数据处理pipeline和命令行；

• 以及用RBP数据库能做哪些研究？

https://v.qq.com/txp/iframe/player.html?vid=l0546b2m1us&width=500&height=375&auto=0

视频在谁来调控我感兴趣的lncRNA/circRNA/miRNA | 100%可行的解决方案V2.0一文中推送过，看过的可忽略。

ChIP-seq需要几次重复？需要对照吗？看这篇：

扩展阅读：

RNA的转录后调控：

ENCODE视频：

点击“阅读原文”直达技术贴目录。