Q：ATAC-seq需要重复吗？做几次重复？”

A：生物学重复，1次、2次、3次的都有。推荐细胞系、模式生物做2-3次生物学重复；人的组织可以做1次。

ENCODE目前产生了175套ATAC-seq，其中90套小鼠，多为2次生物学重复；85套人，多为1次；

4套做了2次技术重复，13套新生儿包皮角化细胞做了4-7次技术重复，其余只做1次。

下面查看详情：

小鼠2次重复

小鼠的组织/细胞类型对应的ATAC-seq数量

下面这3套只做了1次实验

inflammation-experienced  regulatory T-cells

activated regulatory T-cells

regulatory T cell

这3套出自Genomics of Gene Regulation (GGR) program。这是2015年NIH启动的又一个大项目，改天详细介绍GGR。虽然GGR独立于ENCODE，但是GGR的数据都挂在ENCODE portal上，方便了我们使用。

其余87套数据都属于ENCODE，有两次生物学重复。

人1次

人的组织/细胞类型对应的ATAC-seq数量

最后那行，13套男性新生儿包皮角化细胞的数据出自GGR，有2次生物学重复，其余72套数据只有1次，多出自GTEx项目的捐献者。

其他paper呢？少数做1次，多数做2次、3次。

结论

• 细胞系、模式生物做2-3次生物学重复；

• 人的组织可以做1次

测序实验设计问题答疑

ATAC-seq

ENCODE

GTEx

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