工具分享STRING一键搞定蛋白质互作网络图

当你有一些感兴趣的基因、或者蛋白，这时候你想探究一下这些基因或者蛋白上下游互作关系，具体跟哪些基因密切相关从而挖掘出核心的调控基因呢？此时就不得不亮出一个非常好用又很权威的数据库网站啦！——STRING: functional protein association networks，注意划重点-好用又权威！这么说你可能不信，那就来看看STRING的介绍吧！
String数据库是一个包含了已知蛋白质之间和预测蛋白质之间相互作用的数据库。交互作用包括直接（物理）关联和间接（功能）关联（非常全面啦！）。数据来源于：高通量实验数据、文献中挖掘的数据，还有利用生物信息学的方法预测的结果，例如共表达分析（你能想到的它都有！）。除此之外，该数据库一共整合了5090个物种，包含2460万种蛋白质。（对！你想做的基本都有）最后，该数据库是这些CPR, EMBL, SIB, KU, TUD 和 UZH研究机构共同建立的，不用担心数据的可靠信！当然，最最最关键的是这个数据库还建立了个搜索网站，傻瓜式一键搜索、速度快、信息全、图还非常高颜值，有什么理由不选择它呢！下面来亲自感受下这个工具的使用吧！打开网站界面：https://string-db.org/你会看到网站的基本介绍，嗯！非常简约，现在来点进search来使用一下：

很简洁的搜索界面

随后随便搜索一个基因，选择你的目标物种，就可以得到很好看的互作图啦！这里面每一个圆珠代表一个基因/蛋白，线条代表互作，不同颜色的线条代表不同的互作类型。珠子中间你还可以看到其蛋白结构，点击一下就可以链接到具体的蛋白结构：当然，身为一个科研狗，一定是得弄清楚这个互作网络的前世今生的！String数据库通通都为你想到了！让我们往下拉-就会出现具体的信息：图中可以看到它详细介绍了上面每个基因的名称、功能、互作信息来源。不过，还想要做些分析，对数据有所筛选，比如只想要实验支持的相互作用，只要共表达预测得相互作用，或者想探究下这些基因富集在哪些通路上呢？通通满足你！可以看到图片下方的工具栏，想点那里就哪里！选择好以后就可以一键导出啦！（tip：如果你想对图片做优化，可以导出数据用cytoscape绘图哦！）高阶玩法探索：假设我们有一堆差异表达基因或蛋白，这些基因各自的权重又不一样，我们希望能根据这些权重找出核心调控的基因，怎么办呢？String数据库出了新功能，可以根据权重来搜索互作网络啦！只需要将基因的权重放入第二列就可以检索了，非常实在的功能！

文：XM

排版：市场部

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