GEPIA|神一样的TCGA可视化网站
作者：苑晓梅 协和
编辑：生信宝典
GEPIA|神一样的TCGA可视化网站
TCGA肿瘤数据的分析网站有很多，但看见这个网站，我还是被激灵了一下！
把可视化和生存分析做的如此漂亮，你简直是医学界一道光！（哈哈哈，原谅我这么直白，就是酱紫）
最关键的是，是我们中国人做的，be proud!
作为一名学医学到头鵚的我，仿佛看到了救星一般，没有课题，永远是我们的硬伤。。。
hahaha,下面我就开始以HER2为例，介绍一下GEPIA,全名应该叫Gene Expression Profiling Interactive Analysis (http://gepia.cancer-pku.cn/)：
看，作者把Gene的别名和brief description都列了出来（这里面的部分是和Pubmed不一样的）;而简介部分和Pubmed是一样的（告诉大家个秘密，其实Pubmed在索引方式方面叫做半自动手检，所以如果想要使自己检索的文献更为精确，可以使用Mesh词表进行检索，至于如何使用，百度有教程哒）。
右面的小红人和小绿人分别代表在肿瘤患者(红色)和正常人体（绿色）的表达分布，HER2在乳腺，食管和肺肿瘤中等均有表达；
然后这张图表示在不同的肿瘤和正常组织中基因的TPM表达量，我们发现BRCA中HER2的显著高表达。
你是不是不知道BRCA是什么肿瘤? 在网站置顶区点击Click here 获得肿瘤缩写和全称的对应关系：
也可以有不同的展示方式，如barplot,都发现BRCA确实在HER2的表达中独占鳌头啊！
如果你只想要HER2在乳腺癌中的表达情况，我们可以通过Expression DIY窗口进入，将BRCA的数据集添加进去，就可以出图啦！
里面的|Log2FC| Cutoff和p-Value Cutoff默认值设置为1和0.01，可以进行调整，结果已箱线图形式展示：
小提琴图可以描述不同等级的乳腺癌中HER2的表达情况：
然后我们进行生存分析：
发现HER2表达情况的高低对早期生存状况并没有太大影响，但在后期我们发现HER2表达高的肿瘤患者的生存率明显降低，但统计检验不显著。也许安表达量做一个三段式分组会更明显一些。
你以为这样就完了，并没有！！！
还可以找在乳腺癌中与HER2表达相似的gene,如下：
还可以做gene与gene之间的相关性分析，我以ERBB2和ERBB2为例，俺就是喜欢试一试：(我们知道他们其实是同一个gene，其实我就是想检查一下会不会出现bug哒)
PCA功能我没有运行成功，大家可以试一试。
其实，设计人员已经更新了第二版，应该还是demo版本，需要进行进一步调试。
我想说
第一，不得不说，这确实是TCGA肿瘤可视化的一个神器，但前提是你要找到一个sigificant gene，我看到一些文章最多会用该可视化网站做部分gene的验证，当然，也看到了有人拿它发IF低的文章 2019最新影响因子。
第二，我想说的是你找到的所谓的sigificant gene 虽然可能在各个方面都可能有提示意义，但他不一定可以作为biomarker使用，需要进行一些机制方面的湿实验的验证；
第三，该数据库结构如下（也许有代码)
Schema describing data processing and data display for the GEPIA visualization tool.
参考文献
Tang Z, Li C, Kang B, Gao G, Li C, Zhang Z. GEPIA: a web server for cancer and normal gene expression profiling and interactive analyses. Nucleic Acids Res.2017 Jul 3;45(W1):W98-W102. doi: 10.1093
生物信息分析离不开数据资源和数据库，生物信息学数据库分类概览 (第一版)系统梳理了常用功能数据库。
下面再分析2个NAR发表的新数据库，以飨读者。
中医药方剂的数据库，收录方剂、药材、靶点、疾病、通路等信息，
网站古色古香，设计精美，交互探索，网络大气，
高颜值是很好的敲门砖，
于2018年发表于NAR杂志。
表格展示太枯燥，关键信息交互式饼图展示，查看，点击筛选~~
现在数据库升级第二版，更多功能，更多展示 （网络图比下面这个更漂亮，更有生物意义，更有交互性，只是暂时还不能释放 o(╥﹏╥)o）。
另一个是`Prophage hunter`，在细菌基因组中寻找活性噬菌体。
页面极简，但设计精良，定制基因组浏览器交互，
于2019年发表于NAR杂志。
表格和基因组浏览器的双向控制
做的更多的还是分子数据的展示，如转录组相关数据的展示。
首先展示下首页，专业设计师私人定制，可以传统，可以现代；可以功能为主，也可以轮播酷炫。
首页搜索框全局搜索，类似谷歌，输入基因名、通路名、功能关键词皆可搜索。
小轮播展示网站可做的分析和结果展示，差异基因富集全套，还是交互式的。
四个饼图联动展示数据库收录的样品和属性信息，高端大气显内涵。
那搜索一下，都展示哪些信息？
基因，别名，公共数据库链接，功能注释，表达分布，PPI网络，共表达网络，想放啥放啥！
一个基因嫌少，来绘制一组基因的表达谱，修饰谱；同时展示甲基化修饰与基因表达的关系。
图就不展示了，绝对心中所想！
搜索太简单了（其实功能很强大），可否更多条件搜索？
多组学如何展示？基因组浏览器可否嵌入？
基因组浏览器是多组学的展示利器，更多见：
ChIP类数据同时展示IP, Input样品丰度 （这个双峰图可拆可合）和peak信息，见下图。
展示同源物种，也可以~
更多在线功能，样品聚类、筛选、差异基因（样品特异性基因）、功能富集 （一个小的云平台出来了）
更多交互式图，染色体图谱、饼图、箱线图、交互式表
数据库收录样本信息更多互动展示
这也是一个主页风格，随您定制。
更多地图展示
时间轴变化来一个
访问量统计页来一个 （这是高颜值可定制在线绘图工具-第三版的用户访问，总访问量近10万，给您做个友情链接，也能推广带动访问）
以上列出一部分，更多数据库还在建设中，发表后慢慢释放，更多展示和需求也等您提出。
如果您也有建设的需求，欢迎联系我们。
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