通过circRNA序列预测miRNA结合位点

目前，基于circRNA分子构建ceRNA网络，已发表许多文献。构建circRNA的ceRNA网络，关键步骤是预测circRNA的miRNA结合位点。目前已有很多circRNA数据库提供circRNA-miRNA配对关系，如circBank、circAtlas和starbase等，但这些数据库大多只提供预测好的circRNA-miRNA关系对，根据circRNA和miRNA名称进行检索，并不能通过circRNA序列进行miRNA的结合位点的预测。如果研究者手头只有circRNA序列且没有被circbank等数据库收录的新的circRNA，想预测其结合的miRNA，这类数据库尚不能解决，需要在linux系统安装miRanda、RNAhybrid等程序进行预测，破费周折。

今天给大家介绍的regRNA 2.0在线数据库就可以解决这个问题，下面举例给大家演示如何通过regRNA 2.0数据库基于circRNA序列预测miRNA结合位点。

RegRNA2.0网址：

http://regrna2.mbc.nctu.edu.tw/

首先打开RegRNA 2.0网站，在菜单栏中找到Scan项点击进入Scan页面。

然后，输入circRNA成熟序列（fasta序列格式），在RNA-RNA interaction region功能项中勾选miRNA Target Sites，选择对应的物种、设置score和free_energy参数（也可不调整，直接选默认参数），值得注意的是RegRNA 2.0使用的miRNA结合位点算法是基于miRanda。最后点击页面底部的submit按钮即可进行在线预测。

整个预测速度还是非常快的，预测结果返回三种形式map view（结合位点相对定位示意图），table view（结果）和file download（结果可下载txt和xml两种格式）。

点击table view表格中的放大镜可进一步查看circRNA-miRNA结合的具体信息，及RNA二级结构图。

RegRNA 2.0整个预测过程非常方便简洁，返回结果信息也很丰富。其实、RegRNA 2.0网站的功能远不止这个，通过其主页介绍可以看出还有很多其他实用功能，比如：RNA剪接位点预测、核糖体结合位点、RNA cis顺式作用元件和开放阅读框预测等等。大家感兴趣可根据需要自行体验。

参考文献

1. Chang TH, Huang HY, Hsu JB, Weng SL, Horng JT, Huang HD: An enhanced computational platform for investigating the roles of regulatory RNA and for identifying functional RNA motifs. BMC bioinformatics 2013, 14 Suppl 2:S4

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