小小神经元，却隐藏海量信息（视频，艾伦脑科学研究所权威发布）

iNature：一个人的神经元是另一个人的知识宝库。这是艾伦脑科学研究所的立场，该研究所本周发布了第一个活人脑细胞的开放获取数据库。它包含从36名患者获取的约300个皮层神经元的电学性质数据，以及这些细胞中的100个3D重建，以及来自其他三个患者的16,000个神经元的基因表达数据。与华盛顿地区神经外科医生一起合作，艾伦研究所从患有癫痫或脑肿瘤手术的患者的皮层（大脑最外层的脑组织，掌握知觉，思维和意识）获得健康细胞。这是因为大多数对单个人类脑细胞的研究使用死亡的个体而不是活组织，许多其他人依赖于常见实验动物，特别是小鼠的细胞。新的数据应该帮助研究人员确定人类大脑与其他物种的独特之处，以及什么使健康与患病的大脑成为可能。

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1概括

这种脑细胞数据库是从人和小鼠的单细胞数据得出的生物学特征的观察。数据库包含从个体细胞收集的电生理学，形态学和转录组学特征，以及模拟细胞活性的模型。 在数据生成的早期阶段，覆盖面集中在大脑皮质和丘脑神经元的选择区域。使用Cell Feature Search工具浏览电生理反应数据和重建的神经元形态。使用Allen软件开发工具包（SDK）以编程方式访问和分析原始数据，并运行模型。可以通过在Cell Feature Search工具中选择单独的实验，通过下载页面或通过Allen SDK或API访问转录RNA-Seq文件来下载数据。

2小鼠数据

细胞从成年小鼠的选定脑区域获得。 基于携带由细胞型特异性驱动剂驱动的荧光报告基因的转基因小鼠品系鉴定细胞进行分离。 对于电生理和形态学分析，选择基于经典标记的富含表达的兴奋性细胞和抑制性细胞。 选择用于分析的脑区域包括次级运动区（MO）中的来自视觉皮层，运动皮质和前侧运动皮层（ALM）的次区域。

对于转录组学分析，对神经元转基因品系的标进行区域和层状解剖，进行全面采样。 来自外侧膝状核（LGd）的数据也包括在内。

3人类数据

基于“Allen Human Brain Reference Atlas”中描述的结构注释，从颞叶或额叶的捐赠脑组织中获取细胞。 对于皮质中的电生理和形态学分析，细胞是根据肿瘤形状和层状位置选择的。

对于转录组学分析，解剖皮层的各层，并分离神经元核。 层层采样由每层中存在的神经元的相对数量引导。

原文链接

http://www.sciencemag.org/news/2017/10/fresh-human-brains-yield-delicious-data

http://celltypes.brain-map.org/

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