【用户讲座】Oxford Nanopore测序技术贯通复杂玉米基因组

内容简介

玉米是全球经济最重要的作物之一，且大量精力已经投入到生产高质量的B73参考基因组。然而，含10 条染色体、大小为2.3 Gb的B73参考基因组， 85％是由转座因子组成，而其中得75％是具有高度序列相似性的长末端重复（LTR）反转录转座子和形成重复得嵌套结构。这对传统得测序技术是一项重大的挑战。超长 Oxford Nanopore Technology（ONT）测序技术有望跨越玉米的复杂重复结构，实现对新育种品系的快速测序。

在Oxford Nanopore Technology测序平台上对任何复杂基因组进行测序的关键，是从超纯净的高分子量（HMW）DNA开始。我们测试了标准CTAB DNA提取和核提取，并在读长长度和通量之间进行了权衡比较。我们生成了覆盖率为50x的玉米基因组（115 Gb），使用minimap / miniasm / racon / pilon分析流程筛选出30x的最长读长（70 Gb）以进行无校正组装，从而产生了与B73v4参考基因组具有高共线性的组装。除蛋白质编码区外，Nanopore组装还通过62,682全长LTR捕获了重复结构大部分，与其他基于Nanopore的植物基因组组装中发现的全长LTR数量相比，突出了其复杂性：拟南芥（500） ，大米（4,036），番茄（14,381）和高粱（17,451）。现在，PromethION测序仪每个测序芯片可产生> 100 Gb，可以快速测序新的育种品系，无需太多资源便能生成高连续性的基因组组装。

演讲嘉宾

      Todd Michael博士

美国克莱格·凡特研究所（J. Craig Venter Institute；JCVI）的信息学教授兼主任。Todd Michael博士曾领导商业和学术基因组中心，目前领导JCVI核心测序部门。他的研究小组对利用测序技术和信息学了解信息如何存储在基因组中，例如基因组结构、基因和重复内容以及表观基因组状态感兴趣。

演讲内容请查看下面视频：

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