移植粪便病毒组，代谢疾病的新疗法？| 热心肠日报

今天是第1397期日报。

移植粪便病毒组，改善小鼠糖尿病和肥胖

Gut[IF:17.943]

① 对高脂喂养的小鼠进行粪便病毒组移植（FVT），移植来自低脂喂养的瘦小鼠的盲肠病毒组；② FVT后第6周，受体小鼠的体重增长显著降低，且葡萄糖耐受性与瘦小鼠相似，没有发生高脂喂养引起的糖耐受损；③ 与此一致的是，FVT显著改变了小鼠的肠道细菌和病毒组成、血浆代谢物以及与肥胖和2型糖尿病相关基因的表达水平；④ 但在FVT前进行抗生素预处理，反而会削弱FVT的有益效果。

Faecal virome transplantation decreases symptoms of type 2 diabetes and obesity in a murine model
03-12, doi: 10.1136/gutjnl-2019-320005

【主编评语】噬菌体是粪便病毒组的主要成员，移植粪便病毒组（FVT）或能有效的操纵肠道菌群。Gut最新发表了来自丹麦哥本哈根大学团队的研究，在一项概念验证试验中发现，给高脂喂养的小鼠移植瘦小鼠的盲肠病毒群落，可减少受体小鼠的体重增长并使血糖指标保持正常，这些变化可能是由FVT诱导的肠道菌群改变介导。这项研究说明，噬菌体介导的疗法或能用来治疗肥胖和糖尿病等肠道菌群相关疾病。（@mildbreeze）

粪菌移植改善肥胖代谢恐怕效果有限

PLoS Medicine[IF:11.048]

① 一项双盲随机安慰剂对照试验中，24名轻中度胰岛素抵抗的肥胖受试者分为两组，每周以口服胶囊的方式接受来自健康瘦供体的粪菌移植（FMT）或安慰剂干预，持续6周；② FMT持续地改变了受体的肠道菌群组成，但存在个体差异；③ 与安慰剂组相比，FMT组第12周时的胰岛素抵抗、体重、身体组成以及血脂、血糖等其它代谢标志物指标没有显著改善，但HbA1c略有降低；④ 但对基线菌群多样性低的受试者，FMT改善了总胆固醇、HbA1c和空腹血糖水平。

Fecal microbiota transplantation for the improvement of metabolism in obesity: The FMT-TRIM double-blind placebo-controlled pilot trial
03-09, doi: 10.1371/journal.pmed.1003051

【主编评语】此前有临床研究表明，粪菌移植（FMT）能改善一些肥胖患者的代谢情况（https://www.mr-gut.cn/papers/read/1037618956）。PLoS Medicine近期发表的一项初步临床试验却表明，FMT虽能改变肥胖受试者的肠道菌群，但对体重和大部分代谢指标都没有明显的改善作用，与去年的一项临床研究结果相似（https://www.mr-gut.cn/papers/read/1041725430）。不过研究者也指出，FMT对代谢的改善效果可能受到受体自身因素（如原本的菌群多样性）以及FMT实施途径的影响。进行个体化评估以及联合其它治疗手段（如生活方式干预），可能是未来研究FMT能否用于改善代谢的主要方向。（@mildbreeze）

澳大利亚的粪菌移植临床实践共识

Gut[IF:17.943]

① 粪菌移植（FMT）供体应在捐献粪便前30天内进行问卷调查以及血液和粪便检测；② FMT可用于治疗复发性/顽固/重度艰难梭菌感染，初次治疗无应答的患者应给予重复治疗，根据患者情况决定移植途径；③ FMT可用于轻中度溃疡性结肠炎的诱导治疗，若无效或疾病加重应改用其他疗法；④ FMT的设施应保持清洁，确保遵循制定的标准操作程序，制备流程应纳入到质量管理系统中，并确保有充分的溯源记录；⑤ 基于菌群制品的疗法可能成为FMT的替代选择。

Australian consensus statements for the regulation, production and use of faecal microbiota transplantation in clinical practice
02-11, doi: 10.1136/gutjnl-2019-320260

【主编评语】Gut近期发表的一篇共识文章，24位澳大利亚专家就粪菌移植（FMT）的临床实践达成了27项共识，涉及供体筛选标准、移植途径、临床适应症、FMT制备和设施的管理标准、未来研发方向等内容，值得专业人士参考。（@mildbreeze）

Cell子刊：粪菌移植疗法的药物研发——挑战与方向

Cell Host and Microbe[IF:15.753]

① 粪菌移植（FMT）药物的产品设计、实施治疗和临床试验存在诸多挑战；② FMT或FMT样产品包括自体FMT、指定供体FMT、粪便银行、合并多名健康供体粪便、粪便组分、益生菌等，各有优劣；③ 组成明确的菌群或其可溶性产物，或是唯一能满足药剂生产和管控标准的产品；④ 优化FMT疗法需弄清其改善疾病的机制、是否需要通过患者预处理来促进菌群植入，并对FMT产品进行工程化改造；⑤ 以微生物和临床的指标作为终点的高质量临床试验，将促进FMT转化应用。

Therapeutics Targeting the Gut Microbiome: Rigorous Pipelines for Drug Development
02-12, doi: 10.1016/j.chom.2020.01.022

【主编评语】Cell Host and Microbe近期发表的观点文章，探讨了基于粪菌移植的药物产品研发所面临的挑战和潜在解决方案，并对未来的发展方向提出了建议，值得专业人士关注。（@mildbreeze）

ntc基因的表达水平影响果蝇肠道感染的易感性

Genome Biology[IF:14.028]

① 选用38个DGRP建立肠道感染模型，通过转录组分析发现仅有ntc基因在不易感果蝇的肠道中表达显著上调；② ntc可能通过诱导DiptA，调节免疫缺陷依赖性的肠道免疫反应，以提高抗感染能力；③ 大规模近端eQTL分析发现5904个eQTL，78%为感染情况特异性的eQTL；④ 大多数与感染相关的eQTL附近区域富集了FOX转录因子结合位点；⑤ 经19个DGPR品系反复回交测验证实10%的感染相关eQTL为顺式作用元件，其他可能为反式作用元件。

cis-regulatory variation modulates susceptibility to enteric infection in the Drosophila genetic reference panel
01-17, doi: 10.1186/s13059-019-1912-z

【主编评语】个体免疫系统在对抗外来入侵病原能力方面具有显著不同，但其生物学机制并不明确。近期在Genome Biology上发表的一项基于果蝇肠道感染的研究，发现nutcracker（ntc）可能是调控肠道抗感染能力的主效基因，并通过表达数量性状基因座（eQTL）分析和果蝇遗传参考品系（DGPR）测验鉴定了大量与抗感染相关的eQTL。该研究结果揭示了特定基因的表达可能影响肠道抗能力。（@szx）

一个适用于cfDNA宏基因组测序降噪的R语言工具

Microbiome[IF:10.465]

① 通过对无细胞DNA（cfDNA）进行宏基因组测序可以诊断细菌和病毒感染，但在临床时容易受到污染和干扰；② 低生物量背景校正（LBBC）是一种基于微生物基因组覆盖率的均匀性和微生物cfDNA绝对丰度批次变化的生物信息学噪声过滤工具；③ 使用LBBC可以使cfDNA测试筛查尿路感染的假阳性显著降低，而对真阳性的影响最低；④ 对未足月妊娠或临床绒毛膜羊膜炎孕妇的羊水中提取的cfDNA进行了高通量测序，证明其在筛查羊水内感染具有实用性。

Separating the signal from the noise in metagenomic cell-free DNA sequencing
02-11, doi: 10.1186/s40168-020-0793-4

【主编评语】无细胞DNA（cfDNA）是溶解在血液、尿液等生物流体中的一些DNA片段，这些片段可以来自于人体自身细胞或者共生的微生物。游离在细胞外的cfDNA可以很容易通过人体的组织或免疫屏障，显现于血液或尿液等生物流体中。cfDNA已经在临床上实现了无创产前诊断的应用。类似的，通过对cfDNA的检测也可以敏锐地获知人体内部细菌和病毒感染。cfDNA样本很容易受到污染或干扰，对背景信号的降噪要求很高。低生物量背景校正（LBBC）工具用流行的 R 语言写成，使用方便，值得一试。（@高春辉）

中大五院团队：新冠病毒感染胃肠道的证据

Gastroenterology[IF:19.233]

① 73例SARS-CoV-2感染住院患者中，53.42%患者粪便为病毒RNA阳性，23.29%患者在呼吸道病毒转阴后仍呈粪便阳性；② 消化内镜取样检测显示，在患者的胃、十二指肠和直肠中，上皮细胞表达病毒宿主受体ACE2，并在胞质中检测到病毒核衣壳蛋白，且固有层可见大量浸润的浆细胞、淋巴细胞和间质水肿，无明显损伤；③ 这些结果表明，SARS-CoV-2可感染胃肠道并能持续至呼吸道转阴后，粪口传播是潜在传播途径，应对感染者进行常规粪便检测。

Evidence for gastrointestinal infection of SARS-CoV-2
03-03, doi: 10.1053/j.gastro.2020.02.055

【主编评语】中山大学附属第五医院团队近期在Gastroenterology发表研究，表明新冠病毒可持续感染患者的胃肠道，为其粪口传播途径再添新证据。（@mildbreeze）

威海市立医院团队：腹泻可能是新冠病毒感染的首发症状

Gut[IF:17.943]

① 2020年1月29日，一名有武汉旅行史的22岁男子于发热门诊就诊，无发热、咳嗽，呼吸困难和胸痛症状，但持续腹泻和低烧，生命体征正常；② 胃肠道治疗3天后，症状无明显改善，胸片显示双侧肺炎；③ 2月2日咽拭子样品检测SARS-CoV-2呈阳性；④ 入院后通过抗病毒治疗，患者体温正常，腹泻症状得到改善并最终消失；⑤ 2月16日，SARS-CoV-2核酸检测呈阴性，双侧肺炎明显减轻；⑥ SARS-CoV-2可感染胃肠道首发腹泻症状，或可通过粪口途径进行入侵和传播。

SARS-CoV-2 induced diarrhoea as onset symptom in patient with COVID-19
03-05, doi: 10.1136/gutjnl-2020-320891

【主编评语】威海市立医院团队近期在Gut发表通讯文章，报道了一例新冠病毒感染者初期的持续性腹泻症状，提示病毒感染相关的腹泻可能是部分患者的首发症状，以及该病毒可能存在粪口传播途径。（@mildbreeze）

国内团队：新冠病毒感染者的腹泻症状可能被低估了

Gut[IF:17.943]

① 分析3个2019新型冠状病毒（2019-nCoV）临床研究报告发现，腹泻发生率在不同报告中有明显差异；② 血管紧张素转化酶2（ACE2）可控制肠道炎症和腹泻，也是2019-nCoV刺突蛋白的结合受体，2019-nCoV与ACE2之间相互作用可能导致腹泻；③ ACE2在小肠中高度表达，特别是在近端和远端肠上皮细胞中，因此小肠更容易受到2019-nCoV的攻击；④ 以往的调查可能低估了2019-nCoV感染者的腹泻发病率，还需进一步研究腹泻是否能为2019-nCoV的诊断提供价值。

Diarrhoea may be underestimated: a missing link in 2019 novel coronavirus
02-26, doi: 10.1136/gutjnl-2020-320832

【主编评语】河北胃肠病研究所与中山大学附属第三医院团队在Gut发表研究，分析了新冠病毒的宿主结合受体ACE2在胃肠道中的表达分布情况，并对近期的临床研究报告进行了对比分析，认为患者的腹泻发生情况可能被低估了。（@mildbreeze）

感谢本期日报的创作者：mildbreeze，Johnson，orchid，Zhonghua，小扣啊，this little piggy，楸楸

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