坚实证据：1岁前少用抗生素，儿童哮喘大幅降低 | 热心肠日报

今天是第1423期日报。

Lancet子刊：减少婴幼儿的抗生素使用或可降低哮喘风险

The Lancet Respiratory Medicine[IF:22.992]

① 在2000-2014年间的人群研究中，1-4岁的儿童哮喘发病率降低了26.0%，与这段时期内婴儿1岁前的抗生素使用减少相关；② 在2644名儿童组成的前瞻性出生队列中，排除因呼吸道症状而使用抗生素的儿童，哮喘与婴幼儿时期的抗生素使用呈剂量相关性；③ 1岁时的肠道菌群α-多样性增加与5岁时的哮喘风险降低相关；④ 1岁时的肠道菌群受到抗生素使用影响，介导了1岁前的抗生素使用与5岁时的哮喘发病之间的关联。

Decreasing antibiotic use, the gut microbiota, and asthma incidence in children: evidence from population-based and prospective cohort studies
03-24, doi: 10.1016/S2213-2600(20)30052-7

【主编评语】婴幼儿时期的抗生素使用与哮喘风险增加相关。The Lancet Respiratory Medicine上发表的一项基于人群的研究及前瞻性队列研究结果表明，1岁前抗生素使用的减少与哮喘发病率的降低相关，而减少抗生素使用可能通过作用与肠道菌群以发挥对哮喘的保护性作用。（@szx）

天津总医院团队：母体摄入三氯蔗糖，或破坏后代肠道菌群带来不良结局

Gut Microbes[IF:7.823]

① 孕鼠随机分为2组，在孕期及哺乳期分别摄入含三氯蔗糖的饮食（MS）及正常饮食（MC）；② 后代小鼠断奶后喂食正常饮食8周，随后喂食高脂饮食4周；③ MS可抑制后代小鼠的肠道发育，并破坏肠道屏障功能诱导肠道低度炎症、显著改变肠道菌群的组成及多样性、减少产丁酸菌、下调GPR43的表达；④ MS可恶化高脂饮食诱导的肝性脂肪变性，导致肠道菌群失调以破坏脂肪酸生物合成及代谢。

Maternal sucralose intake alters gut microbiota of offspring and exacerbates hepatic steatosis in adulthood
03-31, doi: 10.1080/19490976.2020.1738187

【主编评语】过多的三氯蔗糖摄入可引起肠道菌群失调。来自及天津医科大学总医院的曹海龙和王邦茂团队在Gut Microbes上发表的一项最新研究，发现母鼠在孕期及哺乳期摄入三氯蔗糖，可引起后代小鼠的肠道菌群失调，并可抑制肠道发育及引发肠道炎症，同时恶化了高脂饮食诱导的肝性脂肪变性。（@szx）

病毒组研究亟需突破，但面临5大挑战

PLoS Pathogens[IF:6.463]

① 第一，不同于细菌的16S rRNA及真菌的ITS，病毒缺少通用序列，因此难以鉴定出所有的病毒；② 第二，不适当的采样方式可能导致分析结果更偏向于DNA病毒，而忽略了RNA病毒；③ 第三，虽然宏基因组分析促进了对病毒序列的检测与鉴定，但因缺少培养系统，难以对病毒进行分离以研究其与疾病的因果关联；④ 第四，缺少合适的实验动物感染模型用于研究病毒感染；⑤ 第五，真菌病毒与噬菌体之间存在的差异使这两个领域的研究相对分离而独立。

5 challenges in understanding the role of the virome in health and disease
03-26, doi: 10.1371/journal.ppat.1008318

【主编评语】在微生物组研究中，相比于细菌及真菌的相关研究，目前对病毒组的研究相对滞后。PLoS Pathogens上发表的一篇评论观点，列举了病毒组研究面临的5大挑战，并讨论了潜在的应对策略，展望了病毒组研究的未来发展方向。（@szx）

老年小鼠肠道中的大肠杆菌如何进化？

Current Biology[IF:9.193]

① 老年小鼠（18个月）和年轻小鼠（2个月）链霉素处理后，使大肠杆菌在肠道定植，并对其进行基因组分析；② 老年小鼠比年轻小鼠有更高的系统性炎症和肠道炎症，如血清中IL-6和粪便中lipocalin-2浓度更高；③ 与年轻小鼠相比，老年小鼠肠道中的大肠杆菌进化存在显著差异；④ 老年小鼠肠道的大肠杆菌代谢适应性进化更慢，但发生突变的数量更高；⑤ 在老年小鼠发炎肠道定植的大肠杆菌中，发现与应激功能有关的突变位点，如iscR 和lrhA。

The Landscape of Adaptive Evolution of a Gut Commensal Bacteria in Aging Mice
03-05, doi: 10.1016/j.cub.2020.01.037

【主编评语】肠道微生物在衰老过程中起着重要作用。Current Biology最近的研究表明，大肠杆菌在老年小鼠和年轻小鼠中均发生进化。然而，在老年小鼠中，大肠杆菌新陈代谢的适应出现得更慢，并表现出明显的与压力相关的基因突变，即与毒性相关的基因iscR和lrhA。本研究结果提示，衰老或给哺乳动物肠道微生物进化施加了一个选择压力。（@nana）

极长寿老人的肠道菌群有啥特点？

mSystems[IF:6.519]

① 对来自意大利某区域内的11名年轻人、13名老年人、15名99-104岁老人及23名105-109岁老人的粪便菌群进行测序分析；② 在粪便菌群中占主要地位的菌科的相对丰度随年龄增长而降低；③ 老年人的菌群结构与年轻人相似，而极长寿老人的菌群结构则与老年人有所差异；④ 随着年龄增长，肠道菌群功能逐渐发生变化，异生物质降解及代谢相关通路增加，而碳水化合物代谢相关通路减少，这些变化在极长寿老人中更为显著。

Shotgun Metagenomics of Gut Microbiota in Humans with up to Extreme Longevity and the Increasing Role of Xenobiotic Degradation
03-30, doi: 10.1128/mSystems.00124-20

【主编评语】来自mSystems上发表的一项最新研究，对比分析了年轻人、老年人及极长寿老人（99-109岁）的肠道菌群组成与功能，发现极长寿老人菌群结构与其它人群有所差异，且在功能上表现为异生物质降解通路的显著富集。（@szx）

吸烟者的舌菌群组成与功能变化

NPJ Biofilms and Microbiomes[IF:6.333]

① 纳入来自日本的234名从未吸烟者和52名现在吸烟者，对舌菌斑样本进行了宏基因组测序分析‘；② 吸烟者与非吸烟者的舌菌群β多样性存在显著差异；③ 在26个菌种中，Actinomyces graevenitzii等5个菌种的单核苷酸变异（SNV）特征在吸烟者与非吸烟者之间存在显著差异；④ 基因和通路丰度分析表明，在吸烟人群中，Veillonella dispar的脂多糖生物合成通路相关的基因出现频率较高。

Metagenomic analysis of bacterial species in tongue microbiome of current and never smokers
03-13, doi: 10.1038/s41522-020-0121-6

【主编评语】NPJ Biofilms and Microbiomes上发表的一项最新研究，对吸烟者与非吸烟者的舌菌群进行了对比分析，鉴定出了与吸烟相关的舌菌群组成及功能变化。（@szx）

短链脂肪酸组成影响小鼠对致病菌的易感性

PLoS Pathogens[IF:6.463]

① 不同品系的实验室小鼠有着不同的菌群群落，且对鼠柠檬酸杆菌感染的易感性也有显著差异；② 将易感小鼠及抗性小鼠的菌群移植给无菌小鼠，发现小鼠对鼠柠檬酸杆菌感染的易感性是由菌群组成决定的；③ 产丁酸菌的较高丰度与抗性表型相关；④ 在体外，添加生理浓度的丁酸盐（而非乙酸盐和/或丙酸盐）可显著抑制鼠柠檬酸杆菌的生长；⑤ 鼠柠檬酸杆菌易感小鼠、抗生素处理后的小鼠或无菌小鼠补充丁酸盐，均可抑制鼠柠檬酸杆菌的感染。

Variations in microbiota composition of laboratory mice influence Citrobacter rodentium infection via variable short-chain fatty acid production
03-24, doi: 10.1371/journal.ppat.1008448

【主编评语】PLoS Pathogens上发表的一项最新研究，对比分析了不同品系的实验室小鼠对致病菌——鼠柠檬酸杆菌感染的易感性，发现短链脂肪酸（主要是丁酸盐）丰度与易感性相关，丁酸盐在体外可直接抑制鼠柠檬酸杆菌的生长，而补充丁酸盐可在体内抑制鼠柠檬酸杆菌的感染。该研究提示，在使用小鼠模型研究致病菌感染时，应注意菌群的标准化。（@szx）

共生菌群影响宿主种间互作

mBio[IF:6.747]

① 共生菌群能影响宿主适应性及种间互作，但这种能塑造生态系统物种多样性和组成的种间互作，在多大程度上受到共生菌群的影响，尚不清楚；② 分析在有无共生菌的情况下，浮游植物发生同营养级种间互作时的互作强度和类型的差异；③ 研究表明，微生物群落能降低浮游植物相互作用的敏感性，改变宿主种间相互作用的强度，但不改变相互作用的类型；④ 从这些浮游植物分离出来的共生细菌，能以宿主特异性的方式，影响宿主的生长速率和携带能力。

Microbiomes Reduce Their Host’s Sensitivity to Interspecific Interactions
01-21, doi: 10.1128/mBio.02657-19

【主编评语】浮游植物是生态学研究中评估物种间相互作用的经典模型，mBio近期发表的一篇Editor's Pick研究，以浮游植物为模型，研究了共生菌群对宿主发生种间互作的影响，表明共生菌群可通过促进宿主生长，来改变宿主种间互作的强度和敏感性。（@mildbreeze）

用靶向性方法，丰富人类细菌基因组数据库

mSystems[IF:6.519]

① 目前已知的人类微生物基因组序列多来自于粪便，来自其他部位（如皮肤，呼吸道和泌尿道）的仅13%；② 收集来自14个人体部位的10787个菌株，用16S rRNA全长基因测序鉴定新类群，并优先考虑来自未充分研究的身体部位的细菌，测序并组装了665个新菌株的基因组；③ 这些新增的细菌基因组可将人类微生物组计划（HMP）宏基因组样本的梭杆菌门的读长映射率提高近30％；④ 27.5%的新增细菌基因组在至少1个HMP样本中富集。

Improving Characterization of Understudied Human Microbiomes Using Targeted Phylogenetics
02-25, doi: 10.1128/mSystems.00096-20

【主编评语】mSystems近期发表的一项研究，有选择性的优先测序并组装了665个新的人体细菌菌株基因组，有效扩展了已有的人体细菌基因组数据库。（@mildbreeze）

感谢本期日报的创作者：szx，王文东，Mona，周云燕，Unbroken

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