如何靶向清除特定肠道菌？Cell子刊报道新方法 | 热心肠日报

今天是第1534期日报。

Cell子刊：靶向清除特定肠道菌的新方法

Cell Host and Microbe[IF:15.923]

① 纳米抗体（Nb）修饰的阴沟肠杆菌作为可编程抑制细胞（PIC），在流体状态下可有效清除表面抗原修饰的T6S敏感菌株；② 表达BamA和Intimin的大肠杆菌，可被表达识别这些表面抗原的Nb的PIC靶向性清除，杀菌效果与抗原结构相关；③ PEG8000等高聚物增加粘度，可增强菌聚集效应，促进杀菌，但粘度过高易增加非特异性杀伤；④ PIC可有效靶向清除小鼠肠道菌群中的致病大肠杆菌，而不影响菌群组成，效果优于抗生素；⑤ PIC不易使靶标菌产生耐受性。

Targeted Depletion of Bacteria from Mixed Populations by Programmable Adhesion with Antagonistic Competitor Cells
05-28, doi: 10.1016/j.chom.2020.05.006

【主编评语】目前治疗肠道感染以及肠道菌群研究中，通常使用抗生素来达到目的，然而抗生素杀菌不具有特异性，因此易导致不确定结果。建立特异性清除细菌的技术对于临床应用和科学研究有重要的意义。近期一篇发表在Cell Host and Microbe的一篇论文通过应用纳米抗体-抗原特异性结合的技术和具有T6S细胞毒性的阴沟肠杆菌构建了可编程抑制细胞（PIC），PIC可以靶向清除表达特定表面抗原的细菌，而不影响肠道菌群整体的其它组成，效果显著优于抗生素，且PIC不易导致细菌耐药性的产生。该技术具有广泛的应用前景和临床应用价值。（@Zhonghua）

ACE2与新冠肺炎不良预后：跟肠道菌群有关吗？（综述）

Ageing Research Reviews[IF:10.616]

① 患有年龄相关并存病的COVID-19患者的预后较差，并与肠道菌群相关；② SARS-CoV-2感染可诱导ACE2脱落，并通过RAS依赖性机制促进血管收缩、高血压、炎症、氧化及纤维化，以引发不良预后；③ ACE2脱落也可通过非RAS依赖性方式抑制肠道氨基酸转运以损伤抗菌肽合成，从而引发肠道菌群失调、肠道屏障通透性增加、菌群易位及免疫应答失调；④ 靶向抑制ACE2或改善肠道菌群失调或可用于COVID-19的治疗，目前有多项临床试验正在进行中。

ACE2 imbalance as a key player for the poor outcomes in COVID-19 patients with age-related comorbidities – Role of gut microbiota dysbiosis
07-16, doi: 10.1016/j.arr.2020.101123

【主编评语】Ageing Research Reviews上发表的一篇综述文章，详细介绍了新冠病毒（SARS-CoV-2）感染引发的ACE2脱落如何影响新冠肺炎（COVID-19）患者的预后，并重点关注了ACE2对肠道菌群的潜在调控作用及其影响患者预后的可能机制。（@szx）

衰老相关肠道细菌促进认知损伤的新机制

Microbiome[IF:11.607]

① 移植老年人或老年小鼠的粪菌可诱导受体幼鼠出现认知损伤和结肠炎；② 将老年人/鼠粪便中富含的P. hominis和大肠杆菌单独给小鼠灌胃，都可造成认知损害和结肠炎；③ 灌胃P. hominis的胞外囊泡（EV）或脂多糖，也有同样作用；④ 腹腔迷走神经切断术显著抑制暴露于P. hominis或其EV的小鼠发生认知障碍，而不影响结肠炎的发生，也不影响P. hominis脂多糖或大肠杆菌对小鼠的作用；⑤ 迷走神经切断术还抑制了EVs向海马体浸润。

The extracellular vesicle of gut microbial Paenalcaligenes hominis is a risk factor for vagus nerve-mediated cognitive impairment
07-15, doi: 10.1186/s40168-020-00881-2

【主编评语】Microbiome发表的一项新研究发现，在衰老个体中增多的一种肠道细菌Paenalcaligenes hominis，其分泌的胞外囊泡可能通过迷走神经和血液途径进入大脑，从而诱导小鼠发生认知损伤。（@mildbreeze）

洗涤菌群移植方法学南京共识

Chinese Medical Journal[IF:1.585]

① 28名专家就洗涤菌群移植（WMT）方法学的供体筛选，洗涤菌群方案、存储和运输，患者准备，途径决策及安全管理五个方面提出31条共识；② 共识明确供体筛选包括候选供体教育、初筛、面试、监筛、血液和粪便检验等流程性要求；③ 共识指出WMT的实验室设施要求及操作流程，明确从儿童到成人的移植途径选择和剂量变化范围；④ 共识强调WMT存储、转运、降低移植途径相关不良事件的考量，样本安全溯源以及管理运行WMT中心的要求。

Nanjing consensus on methodology of washed microbiota transplantation
07-21, doi: 10.1097/CM9.0000000000000954

【主编评语】该共识以FMT-standardization Study Group名义发表。共识专家小组由中国两岸三地15座城市28名专家组成。专家委员会有5个专题小组，按照专题顺序，小组主席分别为香港中文大学威尔士亲王医院Siew Ng（黄秀娟）教授、广东药科大学第一附属医院何兴祥教授、高雄医学大学附设医院吴登强教授、西京消化病医院吴开春教授和林口长庚医院邱正堂教授，总牵头人为南京医科大学第二附属医院张发明教授。共识初稿历经2轮匿名投票和匿名评论，并于2019年12月12日在南京举行了第3轮面对面讨论和匿名投票，最终确立31条关于洗涤菌群移植方法学及相关管理问题的专家共识，每一条共识意见均有证据支持的相关评论。该共识的发布对于推动和指导全球传统粪菌移植向更加标准化、安全、可控的洗涤菌群移植发展，具有重要意义。（@mildbreeze）

酒精性肝炎患者的粪便菌群可反映疾病严重程度

Gut Microbes[IF:7.74]

① 纳入来自美国、墨西哥、欧洲9个中心74名酒精性肝炎患者，用16S rRNA测序分析粪便菌群；② 反映疾病严重程度的终末期肝病模型评分，与菌群多样性呈负相关；③ 高胆红素患者韦荣球菌属和肠球菌属丰度增加，Akk菌属丰度降低；④ 抗生素治疗患者拟杆菌属丰度降低、埃希氏菌属/志贺氏菌属丰度增加，类固醇治疗患者韦荣球菌属丰度增加；⑤ 肝脏组织脂肪变性程度与肠球菌属丰度呈正相关，炎症程度更高的患者Akk菌属丰度较低、韦荣球菌属丰度较高。

Changes in the fecal bacterial microbiota associated with disease severity in alcoholic hepatitis patients
07-20, doi: 10.1080/19490976.2020.1785251

【主编评语】Gut Microbes发表的一项研究，对欧洲和美洲的酒精性肝炎患者的粪便菌群进行分析，揭示了与疾病严重程度等因素相关的菌群变化特征。（@mildbreeze）

Elobixibat或通过增加脱氧胆酸水平以治疗慢性便秘

Alimentary Pharmacology and Therapeutics[IF:7.515]

① 30名慢性便秘患者每日服用10mg elobixibat，持续2周；② Elobixibat治疗可显著增加患者的每两周排便次数（7次 vs. 10次），并显著提升粪便胆汁酸浓度（10.9µg/g vs 15.0µg/g）；③ 对于特定的胆汁酸，elobixibat治疗可显著增加粪便中的脱氧胆酸、甘氨酸偶联脱氧胆酸、甘氨酸偶联鹅脱氧胆酸；④ 治疗后，患者的粪便菌群α-多样性（Shannon指数）降低，但在属及门水平上无显著变化。

The benefit of elobixibat in chronic constipation is associated with faecal deoxycholic acid but not effects of altered microbiota
07-20, doi: 10.1111/apt.15950

【主编评语】Elobixibat是一种新型的顶端钠依赖性胆汁酸转运蛋白抑制剂，可增加结肠胆汁酸浓度并刺激肠功能，因此被用于治疗慢性便秘。Alimentary Pharmacology and Therapeutics上发表的一项前瞻性研究，对30名接受短期elobixibat治疗的慢性便秘患者的粪便胆汁酸及菌群进行分析后发现，elobixibat可增加总胆汁酸及脱氧胆酸浓度，并降低粪便菌群多样性。该研究提示，elobixibat对便秘的治疗效果与其对次级胆汁酸的作用（而非对菌群结构的影响）相关。（@szx）

浙大团队：杀虫剂不管用？可能是虫子的肠道细菌解毒了

Environment International[IF:7.577]

① 家蚕幼虫经多粘菌素处理后，寡养单胞菌丰度降低，肠球菌属和葡萄球菌属丰度升高，同时暴露于毒死蜱的存活率明显降低；② 无菌家蚕幼虫经嗜麦芽寡养单胞菌（S.maltophilia）单一喂养后，对毒死蜱的抗性增强，但蒙氏肠球菌（E.mundtii）的单一喂养无效果；③ S.maltophilia和E.mundtii不能在肠道中直接降解毒死蜱；④ S.maltophilia单一喂养无菌家蚕幼虫后显著影响宿主代谢，使肠道中产生更高水平的必需氨基酸，可能是宿主抗性增强的原因。

Gut bacteria of the silkworm Bombyx mori facilitate host resistance against the toxic effects of organophosphate insecticides
07-02, doi: 10.1016/j.envint.2020.105886

【主编评语】在农业中大量用于害虫控制的有机磷酸盐杀虫剂已经在世界范围内引起了越来越多的环境问题和公共健康问题。与此同时，主要鳞翅目害虫也快速发展出了对杀虫剂的抗性，其部分原因在于它们的共生微生物。来自浙江大学的邵勇奇团队在Environment International上发表的一项研究中，以家蚕（鳞翅目:蚕蛾科）为模式生物，研究了微生物群促进鳞翅目昆虫产生抗药性的可能机制，表明特定的肠道细菌通过改变宿主代谢、增加关键营养供应显著提高了宿主的适应性，从而使幼虫能够更有效地规避这些有毒化学物质的有害影响。这种新的抗药性机制为研究复杂环境系统中宿主和肠道细菌之间的相互作用提供了有用的模板。（@EADGBE）

清华大学团队：调控肠道体液免疫的新机制

Cell Reports[IF:8.109]

① 在不同组织中，LTi细胞表现出转录异质性，ID2（转录调控因子）对LTi样细胞有着不同的调节作用；② 在肠系膜淋巴结（而非肠道）中，CD4+ T细胞与LTi样细胞通过RANKL-RANK互作，促进LTi细胞的累积，并在LTi细胞的维持中发挥关键作用；③ 肠系膜淋巴结（而非肠道）中的LTi样细胞通过ID2及PD-L1依赖性途径抑制Tfh细胞的发育，以抑制肠道体液免疫应答；④ 机制上，ID2可通过转录调控促进肠系膜淋巴结LTi样细胞中的PD-L1表达。

The Interaction between Lymphoid Tissue Inducer-Like Cells and T Cells in the Mesenteric Lymph Node Restrains Intestinal Humoral Immunity
07-21, doi: 10.1016/j.celrep.2020.107936

【主编评语】淋巴组织诱导（LTi）/LTi样细胞在多种组织中调控淋巴器官发生及适应性免疫应答。清华大学的郭晓欢团队在Cell Reports上发表的一项最新研究，揭示了LTi样细胞调控适应性免疫应答的机制：肠系膜淋巴结中的LTi样细胞可通过与T细胞进行RANKL-RANK介导的互作，促进LTi样细胞的累积及维持；而LTi样细胞可通过ID2及PD-L1依赖性途径抑制Tfh细胞的发育，从而抑制体液免疫应答。（@szx）

基于环境菌群的绿色建筑设计原则（综述）

Trends in Biotechnology[IF:14.343]

① 环境微生物菌群遭遇了城市化的破坏，需要开发新的方法来增强人类与城市地区有益环境微生物群落的相互作用；② 提出基于微生物群的绿色基础设施（MIGI）方法，以减轻城市化对生物多样性和公共卫生的负面影响；③ 为了应对以上挑战，需明确并克服MIGI在概念上、操作上和技术上的主要障碍；④ 介绍了一种MIGI框架，指出对新的建设项目不同阶段的最佳干预时机和策略；⑤ MIGI的设计原则还可以融入到现有建筑中，增加其生态系统功能和提升公共健康。

Microbiome-Inspired Green Infrastructure: A Toolkit for Multidisciplinary Landscape Design
05-10, doi: 10.1016/j.tibtech.2020.04.009

【主编评语】整合环境微生物组研究和政策的最新进展是城市设计的一大挑战。现有的绿色基础设施并未充分考虑到环境微生物组的变化及对公共卫生的影响。发表在Trends in Biotechnology上的一篇综述文章，提出了一种基于微生物群的绿色基础设施（MIGI）设计方法及干预指南，以帮助满足现代城市环境的需求,，并帮助多学科的研究人员和从业人员在设计和建筑环境中明确考虑环境微生物群，从而提高生态系统功能和公共健康。（@EADGBE）

感谢本期日报的创作者：Johnson，Sophia，王文东，戴敏，szx，Jack Chen

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