菌群与新冠之间有何关系？3文多角度揭示 | 热心肠日报

今天是第2331期日报。

国内团队：机体免疫和肠道菌群动态变化或可影响新冠抗体产生？

Gut[IF:31.793]

① 招募30名年轻志愿者（男：女=1:1），共收集143份粪便和120份血液样品，多角度监测接种科兴疫苗后的反应；② 绝大多数健康个体可产生新冠抗体（lgA、lgG、lgM），接种第一针后2周抗体首次增加，接种第二针后2周达到峰值；③ 志愿者肠道菌群α多样性无显著差异，但菌群组成发生改变，几种微生物与新冠抗体显著相关；④ 新冠感染引起的菌群变化显著大于疫苗接种期的影响；⑤ 抗体的产生主要受肠道菌群（22%）和身体特征（18%）的影响。

Dynamic changes in host immune system and gut microbiota are associated with the production of SARS-CoV-2 antibodies
10-07, doi: 10.1136/gutjnl-2022-327561

【主编评语】肠道菌群在调节疫苗免疫应答中起着关键作用，并与COVID-19患者的严重程度有关，但目前仍缺乏接种新冠疫苗后，机体及肠道菌群在抗体产生中发挥哪些作用的信息。近日，安徽医科大学黄升海、中国环境科学研究院吴丰昌、安徽医科大学第一附属医院吴永贵及团队在Gut上发表的一篇letter，共招募30名年轻志愿者，收集粪便和血液样品，多角度监测接种科兴疫苗后的反应，发现接种两针疫苗后抗体水平最高，几种肠道物种与抗体显著相关。此外，作者发现抗体产生主要受菌群和机体特征影响较大。总之，本研究结果为评估新冠疫苗的安全性和有效性以及解决患者治疗提供了新视角。（@九卿臣）

口咽和肠道条件致病菌与新冠肺炎重症患者的死亡相关

Critical Care[IF:19.334]

① 纳入95名新冠肺炎重症患者的765份口咽和直肠拭子样本；② 入院时的平均简化急性生理学评分2（SAPS 2）为33，平均序贯器官衰竭评分为6，第90天的全因死亡率为44.2%；③ 口咽和直肠中的条件致病菌（包括肠球菌属、金黄色葡萄球菌和念珠菌属）浓度每增加一个数量级，与死亡风险提高17-31%显著相关；④ 校正其它预后因素（年龄、慢性疾病、每日抗菌剂使用、每日器官衰竭评分）后，上述关联仍显著。

Oropharyngeal and intestinal concentrations of opportunistic pathogens are independently associated with death of SARS-CoV-2 critically ill adults
10-03, doi: 10.1186/s13054-022-04164-0

【主编评语】Critical Care上发表的一项前瞻性队列研究结果，在95名新冠肺炎重症患者中发现，口咽和直肠中的条件致病菌（肠球菌属、金黄色葡萄球菌和念珠菌属）浓度增加与死亡风险增加显著相关。（@aluba）

香港中文大学：抗生素和益生菌对新冠患者耐药基因有何影响？

Gut Microbes[IF:9.434]

① 纳入142例新冠患者进行纵向粪便宏基因组分析，描述从确诊到病毒清除后6个月的抗生素耐药基因（ARGs）库的动态变化；② 相比对照组，基线时首次使用抗生素的新冠患者ARGs的丰度、类型、患病率更高；③ ARGs扩增主要由四环素、万古霉素等耐药基因驱动，清除病毒后持续至少6个月；④ ARGs扩增使患者克雷伯氏菌增多，急性新冠综合征患病率增加；⑤ 抗生素治疗增加了ARGs丰度，而口服益生菌（含益生元，SIM01）可在急性感染和恢复期间显著减少ARGs。

Antibiotics and probiotics impact gut antimicrobial resistance gene reservoir in COVID-19 patients
10-06, doi: 10.1080/19490976.2022.2128603

【主编评语】目前，相关研究对新冠患者肠道菌群失调的描述较多，但对新冠患者使用抗生素后，耐药基因如何动态变化仍十分有限。近日，香港中文大学Siew C Ng及团队在Gut Microbes发表最新研究，系统的探究了患者从确诊到病毒清除后6个月的抗生素耐药基因（ARGs）的动态变化，发现首次使用抗生素会改变新冠患者的ARGs丰度及类型，且清除病毒后持续至少6个月。而口服含益生元的益生菌SIM01可在急性感染和恢复期间显著减少ARGs负荷。总之，该研究对于未来基于微生物疗法有效清除新冠患者体内ARGs数量提供了指导，值得关注。（@九卿臣）

炎症性肠病的补充和替代疗法（综述）

Gut[IF:31.793]

① 常规临床治疗对于炎症性肠病（IBD）患者的症状缓解十分有限；② 补充和替代疗法（CAM）可作为辅助治疗策略缓解IBD患者症状，但需进一步评估其益处和风险；③ 从随机对照试验（RCT）中寻找兼具疗效和安全性的高质量证据，有助于扩大CAM在IBD治疗中的应用；④ 饮食、锻炼、心理干预和草药等CAM方法都能改善IBD患者的症状和生活质量，与常规疗法联合能达到IBD的整体缓解；⑤ 以患者为中心的多学科协作诊疗（MDT）对于IBD整体护理的效果至关重要。

Holistic healthcare in inflammatory bowel disease: time for patient-centric approaches?
09-28, doi: 10.1136/gutjnl-2022-328221

【主编评语】炎症性肠病（IBD）是一种以胃肠道慢性炎症为特征的全球性疾病。除肠道症状外，IBD还表现为一些肠外症状，如葡萄膜炎、结膜炎、血栓栓塞、原发性硬化性胆管炎、结节性红斑等，严重影响患者的心理和情绪健康。因病因尚不明确，现有的常规临床治疗只能一定程度上缓解IBD症状，且只对少数患者有效。发表在Gut上的一项综述根据已发表的研究提出了一种综合性IBD护理模式，强调了补充和替代疗法（CAM）可能被用作常规护理标准的辅助治疗策略，有助于提高IBD患者的整体护理效果。（@EADGBE）

IBD中的miRNA（综述）

Trends in Immunology[IF:19.709]

① miRNA可多方面调节哺乳动物的肠道稳态，包括肠道屏障功能、菌群稳态、模式识别受体信号、先天性及适应性免疫应答等；② miRNA或参与塑造小鼠和人的肠道菌群，肠道上皮细胞的miRNA可促进某些细菌的生长，反之亦然；③ miRNA已在临床前IBD小鼠模型表现出了治疗潜力，如miR-146a及miR-31可抑制IL-17信号，miR-142a-3p可促进罗伊氏乳杆菌生长，拮抗miR-214可抑制NF-κB信号；④ 使用组织特异性的载体可实现miRNA的靶向递送，从而减少脱靶效应；

miRNA effects on gut homeostasis: therapeutic implications for inflammatory bowel disease
10-08, doi: 10.1016/j.it.2022.09.003

【主编评语】Trends in Immunology上发表的一篇综述文章，详细介绍了miRNA在肠道免疫-菌群轴的调控中发挥的作用，并讨论了miRNA作为IBD潜在疗法的挑战及最新进展。（@aluba）

Nature子刊：IL-22介导的中性粒细胞招募与溃疡性结肠炎患者对ustekinumab的耐药相关

Nature Communications[IF:17.694]

① IL-22调节的促炎信号通路与菌群识别、癌症及免疫细胞趋化相关，尤其是与CXCR2+ 中性粒细胞相关的信号通路；② IL-22可诱导CXC家族中性粒细胞活化趋化因子的表达，相关的转录调控在不同物种（人和小鼠）中高度保守，并依赖于STAT3信号；③ IL-22在CXCR2+ 中性粒细胞向结肠组织的招募中发挥重要作用；④ 在UC患者中，IL-22调节的转录产物在结肠活检样本中的富集程度与结肠中性粒细胞浸润相关，并在对ustekinumab不应答的患者中富集。

Interleukin-22 regulates neutrophil recruitment in ulcerative colitis and is associated with resistance to ustekinumab therapy
10-03, doi: 10.1038/s41467-022-33331-8

【主编评语】IL-22在肠道屏障完整性中发挥的功能存在争议。Nature Communications上发表的一项最新研究结果，发现IL-22介导的趋化因子表达对于中性粒细胞向结肠组织的招募十分重要，而IL-22调控的转录谱的富集与溃疡性结肠炎（UC）患者对ustekinumab治疗的不应答相关。（@aluba）

Cell子刊：如何利用经典细胞因子的响应网络预测IBD进展？

Cell Reports[IF:9.995]

① 对1009位IBD患者病变组织中的细胞因子反应进行综合分析，绘制了人类结肠上皮类器官对不同细胞因子反应的转录图谱；② 通过对用INF-γ、IL-13、IL-17A和TNF-α处理的人类结肠器官的转录组进行测序，发现不同细胞因子对上皮功能有共同的调控如白细胞运输，和不同的调控如IL-13可特异激活营养感知等；③ 一些关键的转录因子如E2F1可同时受到不同细胞因子调控，这些转录应答特征的梯度将IBD患者分为不同的分子表型，如耐药程度等。

Cytokine responsive networks in human colonic epithelial organoids unveil a molecular classification of inflammatory bowel disease
09-27, doi: 10.1016/j.celrep.2022.111439

【主编评语】上皮细胞和免疫系统的互作对IBD的发病过程至关重要，阐明细胞因子调控的信号网络有助于治疗IBD。近期Cell Reports上发表的一项研究利用IBD样本和细胞因子处理的类器官进行测序，进而绘制了典型的细胞因子调节人类结肠中共同的和不同的基因表达模式和转录图谱，这些基于细胞因子应答的特征可将IBD患者进行分型，未来有助于作为一种精确的医疗工具预测IBD患者的发展。（@MD）

国内团队：农村环境通过调节肠道菌群或可缓解过敏性炎症？

Gut Microbes[IF:9.434]

① 纳入广东省5542名城市和5139名农村学龄儿童，探究农村环境、肠道菌群与过敏患病率的关系；② 农村儿童过敏患病率显著较低，肠道中拟杆菌较少，普雷沃菌较多，城市屋尘微生物多样性较低，但潜在致病菌和曲霉菌较高；③ 农村屋尘暴露可最强程度改善由卵清蛋白诱导的小鼠过敏性气道炎症反应，BAL嗜酸性粒细胞和OVA-slgE水平下降，并逆转肠道菌群紊乱；④ FMT实验证实，接受农村环境粉尘暴露后改变的肠道菌群可抑制小鼠肺泡嗜酸性粒细胞浸润。

Rural environment reduces allergic inflammation by modulating the gut microbiota
10-04, doi: 10.1080/19490976.2022.2125733

【主编评语】先前研究报道，生命早期暴露于多样化的环境微生物，通过塑造免疫成熟可预防过敏性疾病。但关于城市与农村室内环境的微生物组成，及其对过敏发展的影响途径尚不清楚。近日，广州医科大学李靖、美国罗马琳达大学王昌宏、中科院广州健康院苏钟，香港中文大学黄永坚及团队在Gut Microbes发表最新研究，基于城乡环境微生物及儿童肠道菌群分析，利用小鼠模型及粪菌移植实验，探索中国南方的农村和城市室内环境对哮喘发病的影响，发现农村儿童过敏患病率显著较低，虽然城市屋尘微生物多样性较低，但潜在致病菌和曲霉菌较高。动物实验证实城乡不同来源粉尘暴露会改变肠道菌群，农村粉尘暴露可以恢复气道过敏模型小鼠紊乱的肠道菌群，有利于下调炎症小鼠肺泡嗜酸性粒细胞水平。总之，该研究为未来预防和治疗过敏性疾病提供了新思路。（@九卿臣）

PGE2强化后的MDSC或可治疗多发性硬化

Gut Microbes[IF:9.434]

① PGE2处理后的MDSC（MDSC-PGE2）在体外的抑制功能增强，MDSC-PGE2（而非MDSC）并可缓解EAE大鼠的症状；② MDSC-PGE2可减少EAE大鼠的IFN-γ+ NK细胞、Th17细胞、IFN-γ+ T细胞的脊髓浸润，增加Treg的脊髓浸润，并抑制系统性炎症；③ MDSC-PGE2可迁移至肠道淋巴组织，并抑制EAE大鼠的肠道屏障损伤；④ MDSC-PGE2可恢复EAE导致的大鼠肠道菌群多样性降低，以及菌群组成的显著变化；⑤ MDSC-PGE2可诱导具有免疫调节作用的肠道菌群代谢通路富集。

Myeloid-derived suppressor cells prevent disruption of the gut barrier, preserve microbiota composition, and potentiate immunoregulatory pathways in a rat model of experimental autoimmune encephalomyelitis
10-02, doi: 10.1080/19490976.2022.2127455

【主编评语】Gut Microbes上发表的一项最新研究结果，前列腺素E2（PGE2）处理后的髓系来源抑制性细胞（MDSC）具有更强的抑制功能，可缓解实验性自身免疫性脑脊髓炎（EAE）大鼠模型的症状，抑制炎症细胞的脊髓浸润及系统性炎症，并缓解肠道屏障损伤，同时恢复肠道菌群的多样性及组成。（@aluba）

南京市口腔医院：牙周炎可能通过肠-脑轴恶化阿尔兹海默症

Gut Microbes[IF:9.434]

① 纳入27名牙周炎患者及26名健康对照，牙周炎患者的唾液菌群组成显著不同；② 将牙周炎患者及健康对照的唾液菌群分别灌胃给PAP小鼠，持续2个月；③ 持续灌胃牙周炎相关唾液菌群可损伤PAP小鼠的认知功能，增加β-淀粉样蛋白累积并促进神经炎症；④ 上述AD相关病理表现与肠道菌群失调、肠道炎症应答、肠道屏障受损及系统性炎症恶化相关，提示牙周炎相关唾液菌群可通过肠-脑轴恶化AD。

Periodontitis-related salivary microbiota aggravates Alzheimer’s disease via gut-brain axis crosstalk
09-29, doi: 10.1080/19490976.2022.2126272

【主编评语】越来越多的证据表明牙周致病菌及其导致的炎症应答可促进阿尔兹海默症（AD）的发病。南京大学医学院附属口腔医院的闫福华团队与李艳芬团队在Gut Microbes上发表的一项最新研究结果，移植牙周炎患者的唾液菌群可诱导AD小鼠的肠道菌群失调、肠道炎症应答及肠道屏障受损，从而通过肠-脑轴损伤其认知功能，并恶化AD病理表现。（@aluba）

感谢本期日报的创作者：岳晨博，陈嫩草，orchid，aluba，阿童木

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