左涛等Lancet子刊重磅综述：肠道真菌组与人体健康 | 热心肠日报

今天是第2325期日报。

左涛等Lancet子刊：详解临床应用中的肠道真菌组（综述）

Lancet Microbe[IF:86.208]

① 肠道真菌群从出生到成年不断变化，对人类健康至关重要，其变异主要取决于饮食、环境、遗传、年龄、性别及药物使用等；② 多种疾病和肠道中白色念珠菌增殖有关，真菌组失调可能在肠内外疾病的发病机制中起作用，但因果关系有待探究；③ 肠道定殖真菌是肠道菌群中具有高度免疫活性的组成部分，可通过共生作用及与肠道细菌协同作用影响宿主免疫生理；④ FMT、抗真菌剂、抗生素、饮食干预和益生菌等在调节真菌群与临床疗效方面有显著效果。

The gut mycobiome in health, disease, and clinical applications in association with the gut bacterial microbiome assembly
09-28, doi: 10.1016/S2666-5247(22)00203-8

【主编评语】肠道真菌群是人类肠道微生物群的一个小但关键的组成部分，对人类健康至关重要。然而，现有的真菌组并没广泛应用于临床实践，且基于菌群的治疗中，肠道真菌仍然被广泛忽视。近日，中山大学左涛及团队在The Lancet Microbe发表最新研究，评估了肠道细菌组和肠道真菌组在健康、疾病和临床应用方面的作用。详细论述了真菌组失调对各种疾病的影响，以及真菌组、细菌组和宿主免疫间的互作机制。粪菌移植、抗真菌剂、饮食干预及益生菌在调节真菌群落和临床疗效方面效果显著。目前肠道真菌与疾病的发病机制和治疗仍存在许多未知因素，作者提倡需要进行广泛的研究，将肠道真菌群落的研究从实验室转向临床。我们特别将文中的图片编译为一图读懂，希望能助你长知识。（@九卿臣）

十二指肠菌群的改变与胃排空及功能性消化不良有关

Gut[IF:31.793]

① 纳入56名功能性消化不良患者（FD）和30名健康人，进行内窥镜、上消化道症状、胃排空和膳食评估等检查；② 通过十二指肠活检分析黏膜相关菌群（MAM），发现厚壁菌门、拟杆菌门和梭杆菌门等相对丰度与FD症状负担有关；③ 链球菌属、普氏菌属及Veillonella spp相对丰度与胃排空时间负相关；④ FD组和对照组在长期营养素摄入或饮食质量方面无显著差异，且习惯性饮食和MAM间的联系有限；⑤ MAM、胃排空和FD症状间存在联系，但与长期饮食摄入量无关。

Alterations to the duodenal microbiota are linked to gastric emptying and symptoms in functional dyspepsia
09-27, doi: 10.1136/gutjnl-2021-326158

【主编评语】功能性消化不良（FD）是临床上最常见的一种功能性胃肠病，常指胃和十二指肠功能紊乱引起的餐后饱胀感、中上腹痛及中上腹烧灼感等症状，而无器质性疾病的一组临床综合征。FD症状通常与饮食有关，但对于各因素间如何互作导致FD症状的发生仍知之甚少。近日，研究人员在Gut上发表最新研究，纳入56名功能性消化不良（FD）和30名健康人，发现十二指肠黏膜相关菌群、胃排空和FD症状间存在联系，但与长期饮食摄入量无关。（@九卿臣）

国内团队：普氏粪杆菌或可用于缓解慢性肾病

Circulation Research[IF:23.213]

① 分析美国283例慢性肾病（CKD）患者和294例对照及中国75名CKD患者和30名对照的粪便菌群；② 与对照相比，CKD患者粪杆菌属丰度显著下降，拟杆菌属丰度升高；③ 粪杆菌属与CKD临床特征（如尿酸）呈负相关，且CKD患者血清中短链脂肪酸浓度降低，脂多糖和氧化三甲胺浓度升高；④ 补充普氏粪杆菌可减轻CKD模型小鼠症状，降低血清中各种尿毒症毒素含量，改善肠道炎症和通透性及肠道菌群组成；⑤ 普氏粪杆菌产生的丁酸通过G蛋白偶联受体GPR-43发挥作用。

Faecalibacterium Prausnitzii Attenuates CKD via Butyrate-Renal GPR43 Axis
09-27, doi: 10.1161/CIRCRESAHA.122.320184

【主编评语】慢性肾病（CKD）是影响世界10%至15%人口的最重要公共卫生问题之一。尽管有现有的临床管理策略，但CKD在世界范围内的发病率和死亡率都很高，这需要新的解决方案。已有研究报道，CKD患者伴有肠道菌群失调及普氏粪杆菌（F. prausnitzii）丰度降低。然而，关于普氏粪杆菌是否及如何作为一种益生菌治疗CKD的机制仍不清楚。来自西安交通大学李宏宝、康玉明及美国托莱多大学Bina Joe和Tao Yang等人发表在Circulation Research上的一项研究表明，普氏粪杆菌通过丁酸盐-肾脏GPR43轴减轻CKD，为利用普氏粪杆菌治疗CKD的潜力提供了必要的理论基础。（@EADGBE）

Nature Reviews：肾结石中的肠道及尿路菌群（综述）

Nature Reviews Urology[IF:16.43]

① 复发性肾结石患者的肠道菌群组成失调，产丁酸盐菌的丰度降低；② 丁酸盐等细菌代谢产物调节肾结石相关的免疫反应、转运蛋白表达及肠道上皮完整性，以影响肾结石形成；③ 饮食或通过影响肠道菌群组成进而影响肾结石的发生，长期的抗生素使用史增加肾结石风险；④ 菌群参与调节肠道草酸盐吸收及结晶形成等结石形成的多个过程，尿液菌群可比肠道菌群更好地区分结石与非结石者；⑤ 饮水量低与肾结石形成相关，可能由饮用水对肠道菌群的影响所介导。

Mechanisms of the intestinal and urinary microbiome in kidney stone disease
09-20, doi: 10.1038/s41585-022-00647-5

【主编评语】Nature Reviews Urology上发表的一篇综述文章，详细介绍了肠道菌群及尿液菌群对肾结石的调控机制，同时概述了菌群代谢产物在肾结石形成中的作用，最后讨论了饮食、抗生素及饮用水对肾结石的影响及背后的机制。（@aluba）

病菌入侵导致的肠炎对患者肠道菌群有何影响

Gut[IF:31.793]

① 研究评估了155 名感染空肠弯曲杆菌的患者，在完成试验的99名患者中，有22名发现了胃肠炎后持续性肠功能障碍(PI-BD)，表现在稀便以及更多的体细胞和胃肠道症状；② 患者肠道微生物多样性显著降低，微生物群组成发生改变，表现在（60天后）厚壁菌门在内的23个种群的丰度显著降低（尤其是梭菌目和瘤胃球菌科），而变形菌门和梭杆菌门、γ-变形菌纲丰度增加；③ 肠道菌群改变与饮食相关，高纤维饮食与较低的γ-变形菌纲相关。

Postinfective bowel dysfunction following Campylobacter enteritis is characterised by reduced microbiota diversity and impaired microbiota recovery
09-28, doi: 10.1136/gutjnl-2021-326828

【主编评语】弯曲杆菌导致肠炎，从而引发持续的肠功能障碍。本文探究弯曲杆菌性肠炎患者体内肠道菌群的变化。研究结果显示，弯曲杆菌性肠炎患者体内肠道菌群的丰富度降低，且与康复者的微生物群相比，PI-BD患者的微生物群似乎对初始感染的干扰更大，高纤维饮食的益生元可能会抑制PI-BD中患者微生物群的干扰。（@Bingbing）

Nature子刊：产碳青霉烯酶肠杆菌科如何改变肠道菌群

Nature Microbiology[IF:30.964]

① 纵向（12个时间点）描述CPE定植者（部分受试者在一年内没有干预即可去定植）和家庭成员（n=46）的肠道菌群生态和进化动力学；② CPE去定植的受试者的生态变化表现为微生物多样性、关键共生体和抗炎途径的恢复；③ CPE定植者的肠杆菌科丰度升高但不稳定，且不同肠杆菌科物种（大肠杆菌和肺炎克雷伯菌）表现出特定的菌株水平动态；④ 基因组数据的比较分析表明，存在高度相似的大肠杆菌和肺炎克雷伯菌，它们具有不同的抗性谱和相同的质粒。

Long-term ecological and evolutionary dynamics in the gut microbiomes of carbapenemase-producing Enterobacteriaceae colonized subjects
09-15, doi: 10.1038/s41564-022-01221-w

【主编评语】肠杆菌科细菌（CPE）产生的碳青霉烯酶可降解碳青霉烯类，使机体产生抗生素耐药性。目前CPE在肠道菌群的长期定植可能导致CPE感染病例的快速增加，引起社区传播，危及生命，是公共卫生关注的一个领域。Nature Microbiology近期发表的文章，描绘CPE定植者及其家庭成员在12个时间点的肠道菌群生态和进化动力学，为研究多重耐药细菌的定植如何改变肠道生态，以及如何在没有明显感染和抗生素使用的情况下转移耐药基因提供参考。（@章台柳）

Nature子刊：揭示胆汁酸抑制沙门氏菌毒性的直接蛋白靶点

Nature Chemical Biology[IF:16.174]

① 利用活性引导的化学蛋白组学，确定细菌致病中胆汁酸的直接蛋白靶点；② 在鼠伤寒沙门氏菌中，鹅脱氧胆酸(CDCA)最有效抑制了毒力基因的表达和上皮细胞的侵袭，并与蛋白相互作用；③ HilD是鼠伤寒沙门氏菌毒力和发病机制的重要转录调控因子，CDCA抗感染活性强，通过减少HilD的二聚化以及直接结合并抑制HilD调控的基因表达等功能；④ HilD是抗感染胆汁酸的关键蛋白靶点之一，发现胆汁酸耐药的HilD突变体对微生物抑制、CDCA抑制剂具有耐药性。

Anti-infective bile acids bind and inactivate a Salmonella virulence regulator
09-29, doi: 10.1038/s41589-022-01122-3

【主编评语】胆汁酸是调节宿主免疫和微生物发病机制的重要宿主和微生物代谢产物，但胆汁酸如何抑制微生物毒性，尚不清楚。Nature Chemical Biology近期发表的文章，通过化学蛋白组学鉴定出鹅脱氧胆酸(CDCA)通过作用于鼠伤寒沙门氏菌毒力和发病机制的重要转录调控因子——HilD，发挥抗感染功能。表明化学蛋白质组学在确定微生物群代谢物的直接蛋白质靶点，进行细菌病原体的机理研究方面的用途。（@章台柳）

Nature子刊：乳杆菌如何抑制多重耐药肠杆菌在肠道中的定植？

Nature Communications[IF:17.694]

① 乳杆菌与急性白血病患者中多重耐药肠杆菌（MRE）定植的减少有关；② 利用小鼠模型发现，乳杆菌是限制MRE肠道定植的必要条件，但不是充分条件，即与对照组小鼠相比，MRE水平低两个数量级；③ 乳杆菌可提高梭状芽孢杆菌丰度，增加丁酸盐水平并减少营养来源，造成MRE生长的不利环境，从而限制多重耐药肺炎克雷伯菌在小鼠肠道中的定植；④ 在急性白血病住院患者中检测到乳杆菌、梭状芽孢杆菌属、丁酸盐和MRE水平之间也存在类似的相互作用。

Lactobacillus supports Clostridiales to restrict gut colonization by multidrug-resistant Enterobacteriaceae
09-24, doi: 10.1038/s41467-022-33313-w

【主编评语】肠道微生物组可以防止耐药性肠杆菌(MRE)定植，但限制MRE定植的特定肠道细菌和具体机制仍然是未知的。Nature Communications近期发表的文章，通过对住院患者进行多组学的前瞻性研究，结合小鼠实验，发现乳杆菌是限制MRE肠道定植的关键因素：鼠李糖乳杆菌和鼠乳杆菌通过增加梭状芽孢杆菌丰度、提高丁酸盐水平、减少可利用的营养来源，创造了一种不利于MRE的生长环境，从而抑制了MRE生长。这些结果强调了利用微生物群的相互作用来开发预防住院病人感染的有效益生菌的重要性。（@NL）

HDAC1及HDAC5调控致病共生菌的回肠粘膜定殖

Gut Microbes[IF:9.434]

① 相比于无AIEC定殖的克罗恩病患者，AIEC定殖的患者的组蛋白H3乙酰化水平显著增加；② 在体外，HDAC抑制剂介导的H3高度乙酰化可促进AIEC进入肠道上皮细胞；③ 在体外及小鼠体内，HDAC1抑制剂促进AIEC的定殖，而HDAC5抑制剂可抑制AIEC的定殖；④ 在克罗恩病患者中，HDAC1及HDAC5的表达与回肠粘膜中的Enterobacteria负荷分别呈负相关及正相关；⑤ 在西式饮食喂食的小鼠中，AIEC定殖降低HDAC1的表达；⑥ 摄入西式饮食的克罗恩病患者更容易被AIEC定殖。

Epigenetic master regulators HDAC1 and HDAC5 control pathobiont Enterobacteria colonization in ileal mucosa of Crohn’s disease patients
09-29, doi: 10.1080/19490976.2022.2127444

【主编评语】粘附侵袭性大肠杆菌（AIEC）在克罗恩病患者的回肠粘膜中异常定殖。Gut Microbes上发表的一项最新研究结果，发现组蛋白H3的乙酰化水平在AIEC定殖的克罗恩病患者中显著上调。在细胞系中、小鼠体内及克罗恩病患者中，抑制HDAC1可促进AIEC定殖，而抑制HDAC5可抑制AIEC定殖。（@aluba）

耐药大肠杆菌在新生小鼠肠道中定植能力更强

Microbiology spectrum[IF:9.043]

① 全基因组测序分析婴儿肠道中分离出的15株ESBL、一株ST131 ESBL以及一株非ESBL共生大肠杆菌菌株，并评估这些菌株在新生小鼠肠道定植的能力；② 发现CTX-M-15以及其他的β-内酰胺酶、多种抗生素抗性基因存在于所有ESBL大肠杆菌菌株中；③ 即使在没有选择性抗生素压力的情况下，11/16株ESBL大肠杆菌在小鼠出生后第四周的定植数量显著高于共生菌株；表明这些菌株尽管具有高度的抗菌素抗性，但可能具有更强的适应性。

ESBL Escherichia coli Isolates Have Enhanced Gut Colonization Capacity Compared to Non-ESBL Strains in Neonatal Mice
09-19, doi: 10.1128/spectrum.00582-22

【主编评语】细菌抗生素耐药性给全球公共卫生带来巨大危害，其中产超广谱 β-内酰胺酶 (ESBL) 的大肠杆菌可导致婴儿及免疫功能低下的儿童发生侵袭性感染，发病率和死亡率都很高。目前研究普遍认为耐药性与环境适应性相关，即耐药菌株比非耐药菌株的肠道定植定植能力差。然而，近日发表在 Microbiology Spectrum上的文章，利用新生动物早期肠道定植模型评估非ESBL和ESBL菌株在新生小鼠肠道中定殖的能力，发现与非ESBL菌株相比，ESBL菌株在新生小鼠肠道中具有更强的定植能力；定植能力增加可能是由于关键代谢基因拷贝数的差异和某些定植因子的存在。（@圆圈儿）

感谢本期日报的创作者：Alex，upupup，XLyasby，阿童木，岳晨博，Zzz，Evan，aluba，拍了花宝贝

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