当我开始写2019年总结的时候，我一时间不知道自己在这一年中做了些什么，总感觉自己忙忙碌碌，但是一无所获。好在，我记录了，虽然不是以日记的形式，而是以一篇篇学习笔记的形式发布在网络上。当我将时间线拉回到2019年1月1日，然后慢慢向现在拉近时，我知道我这一年还是有一些进步的。第一件值得开心的事，应该是我的个人博客xuzhougeng.top在7月25日的时候又上线了。这是我在2019年年初就想做的事情，我想要把自己简书上的内容完全由自己掌控，不再被无故404，目前已经有3万多人次访问。其实搭建网站是我很小时候就想做的一件事情，那时候看到一篇文章写到用花生壳1元做自己的网站，就觉得这是一件很酷的事情。只不过无人指导，所以我一直在走弯路，但终于是把路走完了。第二个事情，应该是我的编程水平的提高。我从年初就决定去学习数据结构和算法，只不过断断续续，最终也就是知道了大概，LeetCode上面的题目刷的还是不够。我尝试在R语言中使用Cpp提高代码运行速度，希望克服对

但是不包括括号这个问题来自于他的一篇帖子有些GEO平台的探针转换比较麻烦,

"AnnotationDbi"))如果要用BiocManager安装Bioconductor包，你需要保证你的R语言版本大于3.5.0,

Y叔者，潮州余氏人也，其名光创，取光耀其宗，旧弃新创之意。Y叔不负宗亲之望，执卷不辍，既取学士于华南农大，又得硕士于安徽医大，终加博士学位于港大，然今事博导于南方医大。先农后医，岂嫌农事之劳苦而慕医者之受崇乎？神农亲尝百草，始有医药；医者悬壶济世，造福生民。医农本无贵贱，况生信所事者多类农人，皆行样品准备，清洗，挖掘，收获，整理之事。故生信人亦数据农人，生信人数海淘沙，寻万物之理，求自然之道，窥天地之奥，登造化之极。史载古希腊尝有医者，名希波克拉底氏，发宏愿曰：尽余之能力与判断力所及，为病家谋利益。吾辈生信人亦叩首谨记。叔沉着内敛，不事昭彰，然名扬江湖，誉加四海，Github

help.biocLite()是BiocInstaller的一个函数。而我们安装的时候，用的其实就是biocLite()。biocLite.R

的目的也是为了基于物种名和基因编号直接爬取KEGG，将基因编号转换成KO号。如果你只是为了做GO和KEGG富集分析，有必要构建物种数据库吗？我的答案是没有必要，因为不构建物种数据库也能够用

由于被子植物在过去2亿年间不断发生的全基因组重复，同时还有大规模基因组丢失，这使得同一个祖先的基因谱系分散到了不同的染色体上，从而导致了基因组在大小上显著差别，以及即便是近缘物种上也有重排现象发生。

首先，通过测序，每个实验组的基因表达都会以数值来计量，软件得知道你的表达数值才能计算差异(根据软件的不同，可以是原始数值(raw_counts)，也可以是标准化后的数据)，这个信息俗称表达矩阵

MN酶)处理染色质可以得到单个核小体。核小体是染色质的基本结构，由DNA、蛋白质和RNA组成的一种致密结构。组蛋白是由2个H3-H4二聚体，2个H2A-H2B二聚体形成的八聚体，直径约为10

要想成为音乐家，你必然要掌握一门乐器。但是掌握一门乐器是不够的，你还得继续深入，学习理论知识。只有这样子，当你进入一个酒吧，听到别人弹吉他的时候，你能够熟练用任何一门乐器和他进行配合。

接下来我们将利用Google的sklearn对Adaboost进行测试,代码是我搬运的(略有改动，更简单)，毕竟是经典的东西，怕我自己的代码丑到大家，注释是自己写的，爱你是亘古不变的

好的，现在我们再比较上例身高和体重两个指标的变异度，就要分别把它们的方差处理一下，让它们的量纲都为1，应该怎么做？是不是要选用各自的标准差，再分别除以各自的均值就可以了？这就是变异系数CV的意义了。

Databases的一个步骤，一般意义上的数据挖掘就是从海量的数据中，通过一定的支持算法，搜索隐藏在数据之间的关系。现代数据挖掘依赖于计算科学、统计学、情报检索、机器学习、专家智库等因素。

。在如此多的积累之下，终于有一天我感觉自己迈过了生信初学者的门槛，不再像以前那么迷茫了。为了让自己的知识能够沉淀下来，于是我跟着转录组继续从RNA-Seq数据分析开始，传到这里便于自己不断修改。

后来，媛也想过要不要建立一个讨论群，毕竟大家还是很爱媛的。但自己一无足够的积累，而已有各类Q群，是否有必要再多一个，一直耽搁至今。

机械键盘不是必须的，但是当你用过机械键盘打字之后，每次打字那种“啪啪啪”的感觉，总是会让你沉浸在这种写作的快感之中。当然买机械键盘的话，还是去店里面实际感受一下“啪啪啪”的效果，我目前用的是茶轴。

Anaconda是Python的科学发行版，它将各种科学计算工具整合到一个安装包之中，从而使得Python变得无比的强大，就像Linux本身也只是内核，通过整合不同的软件之后才会变得如何的实用。

还有，如果你对文章有什么不懂，并且留言难以表达的话，我们还准备了微信交流群哦。扫下面微信二维码添加好友，拉你入群，请注明姓名+生信媛+研究方向。备注不全，我们可能就不能通过好友申请了。

后来，媛也想过要不要建立一个讨论群，毕竟大家还是很爱媛的。但自己一无足够的积累，而已有各类Q群，是否有必要再多一个，一直耽搁至今。

biobabble（每次打这个单词，我都是要小心半天）的Y叔，他推荐的三本关于R语言绘图的叔，让打开新世界的大门，而且帅气得不像实力派，9个R包作者。

虽然其中大部分人知道生信有用，有心想学，但每天实验到半夜累成狗，那有心情和时间自学编程，基本都没有读我推荐的书超过三页。此外，我要反思的是我推荐教材并不适多数人，反而把大家吓到了，不敢再学生信了。

《课程21、22-使用samtools和FreeBayes进行变异的calling并用snpEff注释》

snp-calling等都已经实现了自动化，这些部分如果再自己一行一行输命令，不但浪费时间，而且缺少重复性。因此，我希望有那么一个框架，能够帮我完成所有的上游分析，从而集中精力解决生物学问题。

ftp://ftp.ensembl.org/pub/release-77/fasta/homo_sapiens/cdna/Homo_sapiens.GRCh38.cdna.all.fa.gz #

前几天进城碰到了生信媛，媛问：有朋自乡下来，能复写乎。猿答：大丈夫死且不避，区区公众号安足辞乎，待余文章接收，余定笔耕不辍，徐徐周更。生信媛白了猿一眼：不想写直接说，还说啥子文言文。

也就是说当你理解了编程语言无非就是一门和计算机交流的工具，你就应该本着学习任何一门工具的态度，挖掘这个工具的本质。比如说Perl一行流处理数据。

这个必须装，感谢Y叔提醒install.package("devtools")source("https://bioconductor.org/biocLite.R")#

open("C:/Users/DELL/Desktop/请教徐老师关于python的问题/blastx_getorf_xiaomi_candidate_lncRNA",'r') seq_len

http://cole-trapnell-lab.github.io/cufflinks/assets/downloads/cufflinks-2.1.1.OSX_x86_64.tar.gz tar

1000000STAR的输出STAR可以根据你的参数设定输出多个结果文件，包含各种信息，下面对默认参数情况下的输出文件做了一个详细的展示，有些不好翻译的地方我选择使用原汁原味的manual

https://github.com/arq5x/bedtools2/releases/download/v2.26.0/bedtools-2.26.0.tar.gz tar

https://github.com/arq5x/bedtools2/releases/download/v2.22.0/bedtools-2.22.0.tar.gz tar

qulity的设定，要知道RNAseq是反转录的数据，不可能没错误的；并且选择基因组参考序列时，要知道你要干嘛？只是想看个基因的表达，外显子表达，还是想发现新的转录本之类的。

但这里，我们采用的是conda进行软件管理，为了保证环境的一致性和稳定性，我重新建立一个虚拟环境，国内用户可以需要添加清华镜像源提高下载速度（后面提到的配置文件里设置了清华镜像源）。

每次写代码的时候，我总要纠结，这个变量叫啥名字，那个函数又要叫啥名字，于是半天过去了，代码居然一行都没写好。命名比较推荐的是用_分割不同单词，比如说code_style。当然驼峰式命名

当然我现在也想明白了，坚持不过也是一种矫情。刚好，这一年或许是我生长最多的一年，或许是我高中毕业后打字最多的一年了，记录了大量文字在我的简书，公众号，为知笔记，GitHub

https://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sdk/2.8.2/sratoolkit.2.8.2-ubuntu64.tar.gz tar

如果大家了解fastq的格式的话，一个spot就是指一条完整的测序信息，包含四个组成：名字、序列、+号（+号后面可以加别的说明信息）和测序质量信息。

x=1形式声明的变量都是全局变量。如果一个页面有多个js文件，且都有相同的变量名，那么就会相互影响导致错误。因此ECMA在后续的规范推出了’strict’模式，在js文件前添加'use

插入排序是最容易想到的算法，因为在平时最常使用。比如说在打扑克的时候，每次抽一张牌，和左手已经有的牌逐个比较，直到找不到更小的为止。R代码如下

我们会提供符合你标签的1~5人的联系邮箱，那些人的性别目前都是和你不一样的。虽然同性之间也有真爱，但是万一对方只对异性有感觉，那就尴尬了，所以就放弃这一想法。

一枚做工良好，重量分布均匀，一枚则不是。做工良好的那粒硬币出现正反面的概率都是相同的，而做工不好的那枚硬币则容易出现正面，概率约为3/4.

caskroom/cask/electronic-wechat这是由网页版开源制作的macOS微信，Linux下也有。macOS还可以在App

曾在大三下半学期投入数据分析潮流学习之中，也在网易云课堂上参加过Python入门课程。结果Python未必打下基础，却喜欢上MacOS系统，因它UI设计和unix-like系统。

#*这是一个python编写的程序，python用缩进来标明成块的代码，如果缩进有问题，程序也会出错。而微信公众号排版有时候会有一些问题，故建议查看原英文网站，确认自己的这个python脚本没问题。

负责与数据库进行交互，比如说与SQLite数据库交互要用到RSQLite，如果是MYSQL，则是RMYSQL

Y叔的回应是:而ppiPre之所以可恶，就是因为违背了开源精神，改函数名、删注释等各种试图去抹除原作者的痕迹，并试图把代码当成是自己的，所以说啊，开源要说人抄袭也很困难，但ppiPre明显就是.

ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/geo/series/GSE42nnn/GSE42466/suppl/GSE42466_Suz12_peaks_10.txt.gz gzip

http://sourceforge.net/projects/samtools/files/samtools/1.1/bcftools-1.1.tar.bz2

当你遇到一扇锁住的大门的时候，你该如何打开它。你肯定不会盯着锁孔看，因为如果锁上插着钥匙，这一扇门早就可以打开了。你肯定是需要去其他地方找钥匙。