starmer老师指出，广义线性模型中R2更常见的计算方法还包括饱和模型（参考：Logistic回归：R2与P-value的计算）。在Logistic模型中，LL(saturated

引言：在前面一小节中，我们知道如何利用最大似然估计大求解最佳logistic回归拟合，但是我们并不知道该拟合的效果怎样。同线性模型一样，我们需要计算R2和P值对拟合模型进行判定。那么该如何计算呢？1.

引言：在前面的学习中，我们了解到logistic回归与线性回归很很多共同的特征。但是我们也知道logistic回归有一个显著不同的特征，即logistic回归中的y轴坐标轴经过logit函数转换。在这一小节中，我们来了解在logistic回归中如何拟合一条最佳直线。1.

1.利用设计矩阵创建复杂模型问题引入1：如前面所述，我们想了解在考虑小鼠体重的情况下，突变组与对照组的小鼠体积是否有差异。我们使用设计矩阵与方程结合得到方法对数据进行拟合，并探讨方程的F值和p值，可参考往期推文设计矩阵（design

model中，用到的参数仅有1个，故Psimple=1。将结果带入F值的计算公式，得到如下结果：结果解读：P值=0.003＜0.05，提示考虑小鼠体重与小鼠体积的关系、考虑小鼠类型的模型（fancy

matrix）。将t检验中的两条均值直线合并成一个方程。这是一个关键步骤，可用计算机完成，该步骤使得计算回归和t-test中的F值方法相同（继而得出p值的方法也相同）。

引言：前面我们学习了最小二乘法与直线回归{最小二乘法与线性回归}，也学习了如何评判直线的拟合效果，以及拟合效果是否具有显著性{线性回归中的R方与R方显著性}。接着我们来实战一下，主要了解一下R语言如何实现线性回归，以及尝试解释线性回归的结果。1.

小编认为：老师在这里展示F分布曲线时，可能存在一个小小的问题，自由度（pmean-pfit）=1应该校正为(pfit-pmean)=1。如果有不同意见的小伙伴，欢迎在下方评论区留言指正。4

square）名称的由来：基于残差平方和的方法得出最优“a”与“b”，进而寻找最小残差平方和对应的直线，故该方法被称为“最小二乘法（least

前面我们学习了解了最大似然法求解正态分布参数，求解指数分布参数。今天我们再来看看最大似然法如何求解二项式分布参数。1.二项式分布与似然值估计公式二项分布基本公式求发生某件事情的概率：如在人们对两种口味饮料无偏好时，即人们喜欢香橙口味的概率p=0.5，喜欢葡萄口味的概率p=0.5，那么7个人中4个人喜欢香橙口味的概率为0.273。计算公式如下：似然值公式求某件事发生的环境概率：如7个人中有4个人喜欢香橙口味饮料，在人们对两种口味饮料无偏好时，也就是喜欢两种口味饮料的概率p=0.5，那么p=0.5对应的似然值为0.273。计算公式如下：二项式分布公式与似然值公式的异同：相同点：等式左边的写法是一样的；不同点：等式右边，“|”右侧的固定条件不同，也就是已知条件不同。在二项式分布公式中，固定条件为人们喜欢香橙口味的概率p=0.5,其他询问的人数。在似然值公式中，固定的条件是7个人中4个人喜欢香橙口味。“|”左边的变量不同，在二项式公式中，变量是询问人数中共有几人喜欢香橙口味；在似然值公式中，变量是人们喜欢香橙口味饮料的概率。通过对比，能知道似然值与分布公式的重要意义：似然值公式是通过已发生的事件，推导产生该事件环境的可能性；而分布公式是已知环境，推导该环境下发生某件事的概率。2.最大似然法求解二项式分布参数「二项式分布的似然值：」

distribution）是一种连续机率分布。指数分布可以用来表示独立随机事件发生的时间间隔，比如：旅客进入机场的时间间隔、打进客服中心电话的时间间隔、中文维基百科新条目出现的时间间隔等等。

likelihood）就是利用已知的样本结果，反推最具有可能（最大概率）导致这些样本结果出现的模型参数值。逻辑：结果

概率和似然值均值统计学中重要的概念，在后续的学习中也会不断涉及，故今天我们来了解一下它们。1.概率（probability）与似然（likelihood）概念在统计学中，似然函数（likelihood

1）诱导转录，合成为无生物活性的pro-IL-1β和pro-IL-18。procaspase-1转化为具有酶活性形式的caspase-1，由炎症小体介导（第二信号，Signal

)对列表中每个元素，包括各种类型的对象（向量、矩阵、数据框等），运用函数，返回一个新的列表。lapplyfunction

卡非佐米(Carfilzomib)和蛋白酶体的亚基结合形成不可逆的蛋白酶体抑制效果，使药效更持久。C）将E3靶向特定的底物蛋白✔沙利度胺Thalidomide和其他免疫调节药物（IMids）

）域。IBR结构域有与RING2（或Rcat）结构域相同的折叠方式，但缺少催化的半胱氨酸残基。因此，它也被称为良性催化（benign-catalytic，BRcat

dyad，而小的亚基提供了几个形成底物结合槽的残基，包括必需的精氨酸。连接N-末端募集结构域和C-末端催化部分或两个催化亚基的非结构化区域是Caspases成熟过程中蛋白水解的对象。

17)白血病外，AML的治疗仅得到了少量改善，且主要是通过更好的支持治疗，因此需要更加注重对新疗法的研究及需求。2AML中的分子机制，基因突变和新兴靶向治疗

背景CRISPR是原核生物基因组内的一段重复序列，细菌和古细菌已经进化出复杂的适应性免疫反应系统，它们依赖于CRISPR（聚集的规则/间隔的短回文重复序列）位点和CRISPR相关（cas）基因的不同盒。CRISPR系统分为三种主要类型（l-l

CD8+T细胞到达肿瘤床后，必须面对许多障碍，包括：⑴内源性调节因子，如CD28-CTLA-4、PD1-PDL1和ILTs，以及外源性调节因子细胞，如Tregs或髓源性抑制细胞（MDSCs）；（2）

背景我们的基因组在细胞分裂前被复制的保真度，随着时间的推移是惊人的一致性。这种一致性是由多种酶促DNA复制、校对和损伤修复功能共同作用的结果，这些功能共同作用于从一个细胞分裂到下一个细胞分裂的变化。然而，这些高保真过程可能会受到各种基因组改变的影响，从而导致癌症的发展，在这种变化中，正常的全基因组突变率会加快。通常，这一结果是由于生殖系的遗传或从头改变影响了参与这些过程的酶的正常功能，从而导致基因组不稳定的不同表现。图解由于通常确保基因组复制保真度的酶功能被改变，由此产生的错误可能导致几种类型的次生体细胞改变，这些改变可能改变基因组中的蛋白质编码序列。当与癌症相关的基因发生改变时，就会发展成恶性肿瘤。或者，突变可能发生在所谓的“乘客基因”中，这些基因与癌症的发生或发展没有关系。在这两种情况下，由转录和翻译的基因的基因组不稳定性（直接或间接）引起的改变，编码了癌细胞特有的新肽序列。在正常的蛋白质降解过程中，这些新的肽可能与主要的组织相容性复合物（MHC）蛋白结合，MHC蛋白以“新抗原”的形式出现在细胞表面（即肿瘤特异性肽，可以被免疫系统识别），使癌细胞成为毁灭的目标。下图总结了这一过程。本文图片来自2019年11月20日发表在GenomeMedicine的一篇review：Neoantigens

背景几个世纪以来，抽象哲学家们一直在探索因果关系的概念。在这里，我们认为哲学中关于因果关系的观点可以帮助科学家更好地理解癌症肿瘤是如何在体内生长和扩散的，强调了肿瘤细胞内因子和肿瘤细胞外因子之间的反馈回路和相互作用对于解释肿瘤的形成和传播的重要性。文献本文图篇来自于2019年11月29日发表在eLIFE上的关于生物学/哲学的一篇article：Characterizing

T细胞显示出显着的体内功效。从人上皮组织或外周血中分离出来的体外扩增方法学上的突破，使其在过继细胞治疗中的应用成为可能。特别是，通过Delta

IL-17可能直接作用于内皮细胞以刺激肿瘤通过血管生成生长或上调粘附分子和内皮细胞通透性，从而促进继发部位的转移。

免疫检查点抑制剂治疗MSI-H/MMR-D结直肠癌耐药机制研究图说

TCR的TEGs目前正在复发性和难治性急性髓细胞瘤和多发性骨髓瘤患者的Ⅰ期临床试验中使用。2012年，BTN3A1被鉴定为磷酸抗原感测分子。

(JAK)Janus激酶（JAK）也与免疫治疗耐药有关，这些蛋白是非受体酪氨酸激酶家族的成员，它们在肿瘤细胞中起促进生长的作用，同时通过多种机制调节免疫反应。

/β-catenin途径活性来促进CRC细胞的致瘤性和结肠球形成能力，c-MYC可增强YTHDF1的表达。另，METTL3可通过IGF2BP2介导的RNA降解抑制来促进SRY（性别决定区Y）-box

铁在铁死亡过程中的作用（1）图说

YTHDF2（通过与YTHDF1和YTHDF2相互作用增强翻译和降解）总结：表观遗传学已成为科研时下热门话题，虽然对于m6A的研究越来越多，但是我们对此的了解还远远不够。下一次让我们一起来学习m6A

在之前的内容中我们已经学习了铁死亡的调节机制，在这个过程中，铁催化细胞中氧自由基的形成，并促进脂质过氧化在细胞膜上的传播。本期我们将来探讨脂质过氧化引起铁死亡的机制。磷脂酰基链重构途径(Lands’

Chemistry和铁依赖酶都可能产生活性形式的氧，从而触发对附近生物分子(如蛋白质、DNA和脂质)的氧化损伤。(b)含PLs的多不饱和脂肪酸（Polyunsaturated

Chemistry：游离的Fe2+催化H2O2生成•OH和氢氧根，这一反应以19世纪化学家亨利·j·h·芬顿命名。转铁蛋白（transferrin）通过转铁蛋白受体1（transferrin

CIITA)的诱导，进一步抑制MHCI和MHCII的表达。EGFR突变通过活化下游MEK/ERK信号通路进而抑制MHC-I表达。2.

EGFR-TKIs影响NSCLC中TMEEGFR-TKI可以上调CCL-2，介导Mo-MDSC扩增及活化，MDSC进一步发挥抗肿瘤免疫抑制作用，如产生免疫抑制分子IL-10,

specie，ROS)大量积累，细胞发生铁死亡。通过这种机制，免疫系统可以促进癌细胞铁死亡抑制肿瘤的发生，为癌症治疗提供了新的治疗思路和更多的可能性。编辑：李雪纯

会造成膜脂上活性氧自由基的积累，诱发铁死亡。那么是否有其他机制不需依赖GPX4来抑制铁死亡？Doll和Bersuker两个研究团队对此进行了研究，Brent

LUX-lung3结果显示：与化疗相比，阿法替尼明显延长了PFS；LUX-lung7结果显示厄洛替尼、吉非替尼或阿法替尼在PFS和总生存率方面的疗效没有差异。3.

第一代ALK抑制剂克唑替尼(Crizotinib)和第二代ALK抑制剂色瑞替尼(Ceritinib),阿来替尼(alectinib)都可用于ALK重排的一线治疗。2.

IL-17免疫轴上的免疫治疗靶标图说

c图：有研究表明肠道反应这一IRAE可能是由于活化的T细胞激活细胞因子白介素-6（IL-6），而IL-6与结肠炎的发生、发展明确相关，因此这可能是胃肠道IRAE的机制之一。4d图部分：

G12驱动的创伤诱导肿瘤模型中的强制性作用得到证明。未来的研究需要阐明IL-17A诱导的ERK1/2和ERK5激活在组织修复和再生过程中协调干细胞活性的可能合作关系

RNP2:Act1-Dcp1-TBK1(细胞质)：细胞质中，RNA通过结合Act1-TBK1复合物导致DCP1亚基磷酸化，从而导致mRNA5丿去盖活性和mRNA稳定性丧失。4.

通过上两次介绍，我们对文章介绍的IL-17及其相关的细胞、细胞因子等有了一定的了解。IL-17免疫轴的调节潜力使得IL-17成为癌症免疫疗法中引人注目的靶标。然而，IL-17促肿瘤和抗肿瘤的矛盾作用使得“一刀切”的方法不太可能成功。相反，我们可能需要针对不同的癌症类型，阶段，甚至特定的IL-17亚型和受体亚基进行个体化的IL-17免疫治疗。这里，我们一起关注IL-17轴的肿瘤免疫治疗靶标。IL-17

T细胞均接受并发的免疫检查点阻断和基于ICOS的免疫疗法，进一步增强了破坏肿瘤的作用，并提供了靶向细胞抗肿瘤免疫力的临床前原理。下次，我们共同关注IL-17免疫轴上的免疫治疗靶标。编辑：王秋平

前言肿瘤免疫治疗是通过主动或被动方式使机体产生肿瘤特异性免疫应答，发挥其抑制和杀伤肿瘤功能的治疗方法。免疫疗法改变了癌症治疗的格局，在预后不良的恶性肿瘤患者中观察到对免疫检查点阻断反应显著，但仍有许多恶性肿瘤对免疫疗法缺乏反应，主要是由于不良的免疫抑制性肿瘤微环境阻碍了免疫疗法的成功。IL-17是肿瘤微环境中的一种普遍的细胞因子，它在癌症中的作用一直存在争议。但越来越多的证据表明，在早期肿瘤发生过程中，IL-17维持肿瘤生长，而在已发生的肿瘤中，γδ和Th17细胞产生的IL-17可增强抗肿瘤免疫力。IL-17免疫轴破坏，可能是癌症利用慢性炎症反应相关的免疫抑制环境来破坏免疫检查点阻断功效的机制。纽约大学医学部Gerardo

TH细胞，它们被定义为TH1样细胞，在微卫星不稳定（MSI）大肠癌肿瘤中优先富集。临床试验表明，MSI大肠癌患者对PD-1抗体免疫治疗更敏感，MSI大肠癌患者中CXCL13

(ASUN)、MRPS35、ERGIC2和CMAS，这些基因均位于KRAS附近的12号染色体短臂上，这可能是普通复制增益事件所带来的影响。作者还测试了一个分类器，该分类器在从扩大的RASopathy

3+概率，得到0.10的PPV。然后，在验证集上验证模型的阈值以匹配0.10的PPV，并使用得到的模型得分阈值作为作者的LUMAS