采集不同样本?RNA得率和起始量?你需要这份样本准备大全
样本的准备对于后续实验的进展,包括实验周期和质量的影响是至关重要的一步,同时也是一些新手比较关注的一点。比如:我要做多个不同的项目,样本需要准备多少量;我是医院样本该如何保证样本的质量;我要外出采样,样本该如何保存等等。别担心,我们都会给您答案。
01不同样本的RNA得率及各项目起始量通常情况下RNA的得率:
正常组织 >癌症组织
幼嫩部位 >成熟组织
具体如下:
样本类型 | 样本量 | Total RNA量 |
心脏 /肝脏 /脾脏 /肾脏/肺 /脑 | 100 mg | 50 -100 μg |
皮肤 /脂肪 | 100 mg | 2 -10 μg |
骨骼 | 100 mg | 1-5 μg |
花 | 100 mg | 5 -10 μg |
叶 | 100 mg | 2 -10 μg |
根 /茎 /果实 /种子 | 100 mg | 1 -2 μg |
常规培养细胞 | 1 ×106 cells | 1 -2 μg |
PBMC /流式分选细胞 | 1 ×106cells | 1 μg |
(仅供参考)
项目类型 | Total RNA 推荐起始量 | 建议浓度 |
转录组 | 5 μg | ≥50 ng /μl |
miRNA测序(常规组织) | 5 μg | ≥120 ng /μl |
miRNA测序(外泌体) | 100 ng | - |
lncRNA /circRNA测序 | 5 μg | ≥200 ng /μl |
基因表达谱芯片 | 100 ng | - |
m6ARNA甲基化测序 | 200 μg | ≥500 ng /μl |
m6AlncRNA甲基化测序 | 50 μg | ≥500 ng /μl |
降解组(植物) | 20 μg | ≥400 ng /μl |
降解组(动物) | 200 μg | ≥400 ng /μl |
(仅供参考)
02几种常见样本的采集1.动物组织
① 新鲜组织,分成绿豆粒大小
② 去除非研究的组织类型
③ 用预冷的RNase-Free 水或1 ×PBS洗净表面血渍和污渍,并吸干
④ 放入RNase-Free 的带螺纹口的耐-192 ℃超低温冻存管,液氮速冻1 h后,- 80 ℃保存
⑤ 整个过程要迅速,并且避免反复冻融
2.细胞
① 去除培养基
② 用1 ×PBS洗涤细胞,弃掉PBS,重复一次
③ 加入适量的Trizol裂解液反复吹打至充分裂解(液体不黏稠)
④ 转至RNase-Free 的带螺纹口的耐-192 ℃超低温冻存管,- 80 ℃保存
3.植物组织
① 新鲜、幼嫩组织
② 用预冷的RNase-Free 水或1 ×PBS洗净表面污渍,并吸干
③ 剪成合适的大小
④ 用锡箔纸包裹好,液氮速冻1 h后,- 80 ℃保存
⑤ 整个过程要迅速,并且避免反复冻融
4.细胞上清、体液
① 4 ℃,3000 g离心10 min,去除细胞及碎片
② 转管,4 ℃,13000 g离心2 min,去除残留的细胞及碎片
③ 转入RNase-Free 的带螺纹口的耐-192 ℃超低温冻存管,- 80 ℃保存
④ 以上操作请在样本收集后1 h内进行
5.全血
① 建议使用BD公司的PAXgeneTM采血管,- 80 ℃保存
② 其他类型的采血管或冻存管收集的血液,建议加入3倍体积的Trizol裂解液混匀,转入RNase-Free 的带螺纹口的耐-192 ℃超低温冻存管,- 80 ℃保存
③ 采血至提取RNA最长时间不得超过一周
6.血清血浆
① 血清建议使用真空采血管收集全血;血浆建议使用EDTA抗凝管收集全血
② 上下轻轻颠倒混匀十次后,4 ℃或冰上正立放置
③ 1200 g离心10 min
④ 转移上层液体至1.5 ml离心管,13000 g离心2 min
⑤ 将上清转入RNase-Free 的带螺纹口的耐-192 ℃超低温冻存管,液氮速冻1 h后,- 80 ℃保存
⑥ 不要寄送溶血现象严重的样本
7. 真菌细菌
所有致病菌需提前通知说明,并按照以下步骤处理(A、B液可向公司索要)
① 约30 mg样本加入400 μl溶液A,重悬
② 加入400 μl溶液B,60 ℃金属浴30 min
③ 70 %乙醇处理管子表面,- 80 ℃保存
非致病菌用RNase-Free 的带螺纹口的耐-192 ℃超低温冻存管保存,液氮速冻1 h后,- 80 ℃保存
03RNAlater的使用如果没有条件,如缺乏液氮、干冰以及- 80 ℃冰箱等条件,可以用RNAlater或其他组织保存液保存样本,但仅限于动物组织样本。
① 将组织切成长宽高 ≤0.5 cm的大小
② 组织块完全浸入RNAlater中
③ 4 ℃保存过夜,-80 ℃保存
④ 干冰或生物冰袋运输
注意:
① 室温保存,如产生沉淀,37 ℃加热溶解后可继续使用
② 仅适用于新鲜可渗入的组织样本
③ 保存样本时,需4 ℃过夜后,再转到- 80 ℃,可长期保存
④ 没有冰箱时,可以先将保存于RNAlater的样本暂置于冰上
⑤ 取后剩余样本可放回RNAlater中
⑥ 液体样本、神经组织不要浸泡在RNAlater中
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