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采集不同样本?RNA得率和起始量?你需要这份样本准备大全

技术部-LYJ 联川生物 2024-03-27

样本的准备对于后续实验的进展,包括实验周期和质量的影响是至关重要的一步,同时也是一些新手比较关注的一点。比如:我要做多个不同的项目,样本需要准备多少量;我是医院样本该如何保证样本的质量;我要外出采样,样本该如何保存等等。别担心,我们都会给您答案。

01不同样本的RNA得率及各项目起始量

通常情况下RNA的得率:

正常组织 >癌症组织

幼嫩部位 >成熟组织

具体如下:

样本类型

样本量

Total RNA量

心脏 /肝脏 /脾脏 /肾脏/肺 /脑

100 mg

50 -100 μg

皮肤 /脂肪

100 mg

2 -10 μg

骨骼

100 mg

1-5 μg

100 mg

5 -10 μg

100 mg

2 -10 μg

根 /茎 /果实 /种子

100 mg

1 -2 μg

常规培养细胞

1 ×106 cells

1 -2 μg

PBMC /流式分选细胞

1 ×106cells

1 μg

(仅供参考)


项目类型

Total RNA

推荐起始量

建议浓度

转录组

5 μg

≥50 ng /μl

miRNA测序(常规组织)

5 μg

≥120 ng /μl

miRNA测序(外泌体)

100 ng

-

lncRNA /circRNA测序

5 μg

≥200 ng /μl

基因表达谱芯片

100 ng

-

m6ARNA甲基化测序

200 μg

≥500 ng /μl

m6AlncRNA甲基化测序

50 μg

≥500 ng /μl

降解组(植物)

20 μg

≥400 ng /μl

降解组(动物)

200 μg

≥400 ng /μl

(仅供参考)

02几种常见样本的采集

1.动物组织

① 新鲜组织,分成绿豆粒大小

② 去除非研究的组织类型

③ 用预冷的RNase-Free 水或1 ×PBS洗净表面血渍和污渍,并吸干

④ 放入RNase-Free 的带螺纹口的耐-192 ℃超低温冻存管,液氮速冻1 h后,- 80 ℃保存

⑤ 整个过程要迅速,并且避免反复冻融

2.细胞

① 去除培养基

② 用1 ×PBS洗涤细胞,弃掉PBS,重复一次

③ 加入适量的Trizol裂解液反复吹打至充分裂解(液体不黏稠)

④ 转至RNase-Free 的带螺纹口的耐-192 ℃超低温冻存管,- 80 ℃保存

3.植物组织

① 新鲜、幼嫩组织

② 用预冷的RNase-Free 水或1 ×PBS洗净表面污渍,并吸干

③ 剪成合适的大小

④ 用锡箔纸包裹好,液氮速冻1 h后,- 80 ℃保存

⑤ 整个过程要迅速,并且避免反复冻融

4.细胞上清、体液

① 4 ℃,3000 g离心10 min,去除细胞及碎片

② 转管,4 ℃,13000 g离心2 min,去除残留的细胞及碎片

③ 转入RNase-Free 的带螺纹口的耐-192 ℃超低温冻存管,- 80 ℃保存

④ 以上操作请在样本收集后1 h内进行

5.全血

① 建议使用BD公司的PAXgeneTM采血管,- 80 ℃保存

② 其他类型的采血管或冻存管收集的血液,建议加入3倍体积的Trizol裂解液混匀,转入RNase-Free 的带螺纹口的耐-192 ℃超低温冻存管,- 80 ℃保存

③ 采血至提取RNA最长时间不得超过一周

6.血清血浆

① 血清建议使用真空采血管收集全血;血浆建议使用EDTA抗凝管收集全血

② 上下轻轻颠倒混匀十次后,4 ℃或冰上正立放置

③ 1200 g离心10 min

④ 转移上层液体至1.5 ml离心管,13000 g离心2 min

⑤ 将上清转入RNase-Free 的带螺纹口的耐-192 ℃超低温冻存管,液氮速冻1 h后,- 80 ℃保存

⑥ 不要寄送溶血现象严重的样本

7. 真菌细菌

所有致病菌需提前通知说明,并按照以下步骤处理(A、B液可向公司索要)

① 约30 mg样本加入400 μl溶液A,重悬

② 加入400 μl溶液B,60 ℃金属浴30 min

③ 70 %乙醇处理管子表面,- 80 ℃保存

非致病菌用RNase-Free 的带螺纹口的耐-192 ℃超低温冻存管保存,液氮速冻1 h后,- 80 ℃保存

03RNAlater的使用

如果没有条件,如缺乏液氮、干冰以及- 80 ℃冰箱等条件,可以用RNAlater或其他组织保存液保存样本,但仅限于动物组织样本。

① 将组织切成长宽高 ≤0.5 cm的大小

② 组织块完全浸入RNAlater中

③ 4 ℃保存过夜,-80 ℃保存

④ 干冰或生物冰袋运输

注意:

① 室温保存,如产生沉淀,37 ℃加热溶解后可继续使用

② 仅适用于新鲜可渗入的组织样本

③ 保存样本时,需4 ℃过夜后,再转到- 80 ℃,可长期保存

④ 没有冰箱时,可以先将保存于RNAlater的样本暂置于冰上

⑤ 取后剩余样本可放回RNAlater中

⑥ 液体样本、神经组织不要浸泡在RNAlater中

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