如何利用大数据精准挖掘潜力菌株？澳洲初创公司给出答案
随着测序等前沿技术的发展，微生物组领域积累了海量数据。如何从海量数据中挖掘出在疾病发生发展过程中起到重要作用的微生物成为了微生物疗法开发的关键。
今天，我们共同关注Microba公司。希望本文能够为相关的产业人士和诸位读者带来一些启发和帮助。
Microba公司
微生物组影响着人类健康的许多方面。然而，第一代供体衍生的微生物组疗法在获得监管批准的道路上走得艰难，并且在传染病之外的疾病上，难以提供足够的疗效。这在一定程度上是因为这些微生物组公司是基于薄弱的关联数据和对特定细菌如何影响疾病的简单理解来进行的药物开发。
更好的微生物组疗法将取决于精准的微生物组科学——这是推动Microba公司发展的观念。该公司成立于2017年，旨在开发一个以人为本、数据驱动的微生物组分析和治疗平台。
在认识到可以利用人类微生物组开发有助于健康的新解决方案之后，Gene Tyson和Phil Hugenholtz根据他们在澳大利亚昆士兰大学学术实验室的研究，共同创立了Microba公司。
“我们看到了改善这个新兴领域的技术的巨大潜力。”Tyson说，他是Microba公司的董事会成员，现任昆士兰理工大学微生物组研究中心（CMR）主任。
“微生物组产业正在扎根，尤其是在美国，主要是在消费者检测和疾病治疗方面。但很明显，我们拥有一个更加优越的平台来识别在健康和疾病方面起到重要作用的微生物物种。”
图. Microba公司的优势。
Microba公司宏基因组分析的核心技术是Microba Community Profiler（MCP），这项技术去年在一篇发表于Frontiers in Microbiology杂志上的论文中得到了验证，该论文展示了MCP相对于现有方法的优势。
Microba公司还开发了其自有的微生物基因组数据库，这是世界上最大和最先进的微生物组数据库之一，包含了120万个微生物基因组。这些技术帮助Microba公司积累了知识和见解，让其在精确检测微生物组的基础上开发下一代治疗产品。
Tyson说：“利用我们的数据库和精确的生物信息学分析流程，我们可以看到其他公司无法看到的信号，这给了我们巨大的优势。”该分析平台可以用于支持消费者、医疗保健品提供商和研究领域使用的微生物组检测产品，以及Microba公司的内部治疗管线和合作伙伴关系。
昆士兰大学教授、Microba董事会主席Ian Frazer表示：“Microba公司最让我感到兴奋的一点是，它能够更精确地描述肠道微生物组，确定细菌种类与数量多少，以及它们在做什么。但了解微生物组只是第一步。要为各种各样的健康状况创造新的治疗产品，需要以具体的方式利用这些知识。”
Microba公司建立了以基因组为导向的分离策略，近期还开发了一个高通量培养平台。在使用这些工具之前，Microba公司大约只能培养30%的肠道微生物。而现在拥有了这些平台，Microba公司正在开发一系列活体生物药的候选者，并具备了可以严格测试这些由假设驱动的方法的研发能力。
Frazer说：“微生物组领域的许多公司采用传统的制药模式进行药物开发，筛选大量的候选药物，以寻求成功。相反，我们可以采取‘设计药物’的方法，了解数百万微生物中哪些与疾病有关。”
图. Microba公司的在研管线。
Microba公司的多项研发工作集中于肠道微生物组和免疫系统之间的联系。
在其领先的管线项目中，Microba公司使用MCP技术开发了一种炎症性肠病模型，识别了健康个体中常见而在溃疡性结肠炎患者中明显减少的细菌。然后，该公司在一系列动物模型中测试了这些候选药物，以确认它们对疾病的影响。
在这些研究中，候选药物MAP315脱颖而出。MAP315是一种单一菌株，该公司目前正在通过良好的生产规范（cGMP）来推进MAP315的研发进程，以支持其计划于2023年开展的临床试验。
此外，Microba公司还在推进一个自身免疫性疾病项目，通过与Ginkgo Bioworks公司的合作，其正在确定治疗狼疮、银屑病关节炎和某些自身免疫性肝病的候选药物。
该公司还在开发微生物组衍生疗法，使之与免疫检查点抑制剂（ICIs）配合。ICI是一类癌症免疫疗法，已显示出显著的疗效，但通常只适用于小部分癌症患者。虽然已经有一些大型制药公司销售的ICI正在与微生物组制剂联合进行临床试验，但这一联合疗法作用的本质原理仍不清楚。
Frazer说：“大型制药公司显然看到了微生物疗法的前景，但在过去几年里，该领域出现了许多有争议的开端。任何希望建立合作关系的人最好拿出一些有说服力的证据。而这恰好能够体现Microba公司的优势。”
随着微生物组领域的不断发展，微生物组数据正在大量涌现。而如何从海量数据中掘金，发现微生物与疾病之间的关键联系，将成为微生物组公司能否成功的关键之一。显然，Microba公司已经意识到这些数据背后暗藏的力量和数据分析的重要性，那么就让我们共同期待该公司的未来发展吧！
原文链接：
https://www.nature.com/articles/d43747-022-00226-y
作者｜Biopharma Dealmakers
编译｜小牟牟
审校｜617
编辑｜豫小鱼