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手把手教你ChIP-qPCR引物设计:

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一、今日推送:

比如,我们做了TF的ChIPseq,我们发现TF在WNT4的启动子区域有明显的富集:



因此,我们准备做ChIPqPCR验证该结合。先将该区域放大可视化150-200bp左右:



随后选中上面哪个红色的,左右各点击一下示意选中该区域,并右键复制序列:



打开snapgene(点击下载免费的安装包),将该序列保存起来(此时注意,上面我们可以看到WNT4是从右到左的,我们复制的时候序列也是从右到左的自动的,所以不用管):



随后打开生物医学之家(www.swyxzj.com)的NCBI引物设计官网:



在这个引物设计页面,你只要改三个地方,如下:



也就是对DNA进行比对,找到这一段序列最合适的引物。接着等待即可:



引物就出来了:



我们可以看到该引物可以扩增出一个87bp的DNA和一个3779bp的DNA,后面这个不影响。因为 我们做ChIP的时候DNA片段都是很小的。长片段已经基本上没有了。


随后用这引物在Snapgene上标识出来,并保存好我们的原始数据:



好了,今天的讲解就到这里。


二、免费资源:

如下这篇Q1的纯生信SCI,动动鼠标下载并分析了公共数据,发表了自己的SCI,都不用做实验,一个星期就完成了,6张图还这么粉嫩:



那么,现在很多同学也想不做实验就发SCI,但是又说自己没有想法。我觉得,无非就是下载各种公共数据库的数据,各种分析。如果能将生信的技能快速的学一遍,自然就有了想法。


所以,今天,科研部给大家免费发放:


“46套生信分析技能(实操+万能代码,原价9799元)”

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入门+精通,必备!学会了这46套技能,自然也就有了发文章的想法。该怎么分析才好发文章。该分析啥才能发文章。这46套课程,包括了GEO、TCGA、String、序列数据库、UCSC、Ensemble、WGCNA等等各种分析,可将分析的输入文件中的数据替换成自己的数据,一键分析完成和出图



每一种分析都有万能代码参数视频教学,比如WES和WGS:



再比如WGCNA、GSEA等:



学会了这些,对于我们做湿实验的也非常方便,可将分析的输入文件中的数据替换成自己的数据,一键分析完成和出图


【46套生信分析技能(实操+万能代码,原价9799元)】



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三、免费资源:

今天小编就教大家严格的组图,符合Nature杂志要求。首先,你需要一个Adobe illustrator(AI)软件,而这个软件非常贵:



文末科研部将自己内部培训的AI安装包免费分享给大家。下载安装包后,右键管理员运行安装即可,一键安装:



安装完成后,我们打开AI软件,新建一个画板(注意,nature杂志在内的所有杂志,一般都是最宽不超过20cm,宽高比大于1):



随后先输入A,如下,将A调整为Aril和12号(12号字体符合所有杂志要求,为何先输入A,因为输入12号的A之后,后面再填写图的时候就知道大概放多大的图才看起来舒适)



这个时候我就再将图片复制进来,参考A调整图片大小(看起来才舒服,大家注意,所有的SCI论文图,涉及到颜色调整的放在PS中调整,如免疫荧光、免疫组化等,其他所有的图片都是放在AI中处理。不会用PS处理荧光图的看这里。):



选中,一键对齐即可:



随后,都选中后编组:



添加标题(小标题都是9号,满足所有杂志要求):



继续右键编组:



这个A图就编辑好了。那如果有柱形图,我们再将其复制粘贴过来并嵌入,排版好:



那这个柱形图,我们用GraphPad绘制(点击下载安装包及各种作图模板)的时候就要注意,数字大小为8,小标题为9,星号为9。这样,我们将其复制到AI组图的时候才能与其他的图看起来匹配。看起来像整整齐齐的一家人,哈哈哈!


最后,比如我们还要添加WB蛋白条带图,我们复制进去,并水平放置:



剪裁成合适大小:



添加1pt的直线(满足所有期刊杂志要求)。最后一张图就组装好了:



最后,保存PDF文件和Tiff图片,PDF文件就是我们以后论文返修的时候还可以打开继续这样修改字体,修改线条。Tiff就是我们插入到Word中进行投稿使用的。



总结:带颜色的图用PS处理,带数字的图用Graphpad处理(数字大小为8,小标题为9,星号为9),最后用AI组图(大标题12,小标题9,数字8)


所以,今天,科研部给大家免费发放:


“AI+PS+GraphPad全套资源(附安装包+绘图视频,原价7888元)”


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安装包都是我们内部培训用的,适用于win。视频都是手把手教学:



以上资源我已经保存到百度云了:


【“AI+PS+GraphPad全套资源(附安装包+绘图视频,原价7888元)】



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