一个新的“健康肠菌基线”数据库；Cell揭示肠菌影响流感疫苗效果 | 知几研究速递Vol.29
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分享一周人体微生态及公共卫生相关前沿新闻
01数据库“GutFeelingKB”：健康人的肠道菌群基线
数据库“GutFeelingKB”：健康人的肠道菌群基线
研究名称：Baseline human gut microbiota profile in healthy people and standard reporting template
期刊：PLOS ONE
发表时间：2019年9月11日
IF：2.776
DOI:10.1371/journal.pone.0206484
任何希望以肠道微生物为临床治疗靶标的研究者，都明白全面了解健康人体肠道中微生物的类型和比例的重要性。
9月11日，由乔治华盛顿大学科学家领导的一支跨学科小组在《PLOS ONE》上提出了一个创新的、可扩展的综合分析工作流程，一个可参考的健康人肠道微生物群列表和丰度分布（GutFeelingKB）和一个新的粪便微生物群报告（FecalBiome），非常适合用于健康疾病微生物组群相关分析和新的原发性疾病的研究，且具备临床价值。
值得注意的是，数据库“GutFeelingKB”提供了157种微生物（8门，18纲，23目，38科，59属，109种）列表，它们构成了基本的微生物群落，因此可作为与菌群失衡有关研究的健康对照，也可用于粪菌移植和其他微生物产品的监管评估。
除了列出生物及其丰富度外，该研究还收集了一组亚基因组暗物质的连续序列（contigs）。这些序列可以用来建立引物，以研究新的潜在有机体。
所有数据都可从下面这个网址和NCBI的短读档案中免费获得：
https://hive.biochemistry.gwu.edu/gfkb
健康人肠道中的109个基线菌种列表
02Cell：使用抗生素可显著降低流感疫苗效果
Cell：使用抗生素可显著降低流感疫苗效果
研究名称：Antibiotics-Driven Gut Microbiome Perturbation Alters Immunity to Vaccines in Humans
期刊：Cell
发表时间：2019年9月5日
IF：36.216
DOI:10.1016/j.cell.2019.08.010
一项针对健康成年人的实验表明，广谱抗生素在杀死肠道菌后，将让人体免疫系统变得“迟钝”——使之在面对新的刺激（比如接种疫苗）时反应不足，降低流感疫苗效力。
研究人员让22名18-45岁成年志愿者，在服用广谱抗生素数天后，接种流感疫苗。
实验显示，抗生素使肠道细菌数量减少了10000倍，细菌多样性也持续下降，但抗体反应没有受到明显影响。不过，这些志愿者的共同特征是体内一开始就有相当高的抗体水平，说明他们曾经接种过流感疫苗。
但在另外11名年龄相仿、三年内未接种过流感疫苗的志愿者中再次进行实验时，他们肠道菌数量同样急剧下降。不同的是，这一次，一种最能对抗流感病毒的抗体亚型的水平发生了很大变化：这种亚型未能在血液中对疫苗产生反应。
这种抗体亚型的缺陷，与使用抗生素后肠道细菌总数的减少及粪便样本中细菌蛋白鞭毛蛋白的减少密切相关，而鞭毛蛋白是肠道微生物丰度的代表。
作者之一、斯坦福大学病理学、微生物学和免疫学教授Bali Pulendran博士说，“我们的研究说明，即使在肠道菌耗尽的情况下，免疫系统的记忆也能对从前遇到过的病原体作出反应。但在面对新的致病因子时的迟钝反应，则突出了微生物在调节人类免疫中的关键作用”。
所以，每年要打一次流感疫苗还是很有必要的啊。
03宾夕法尼亚大学：对IBD饮食疗法有响应的关键肠菌特征
宾夕法尼亚大学：对IBD饮食疗法有响应的关键肠菌特征
研究名称：Diet-induced remission in chronic enteropathy is associated with altered microbial community structure and synthesis of secondary bile acids
期刊：Microbiome
发表时间：2019年8月31日
IF：10.465
DOI:10.1186/s40168-019-0740-4
饮食干预是儿童克罗恩病的一线疗法。近日，宾夕法尼亚大学的研究人员利用慢性肠病犬类模型（与人类克罗恩病症状相似），调查了处方饮食-肠道微生物组学对疾病症状改善的影响。
研究人员在53只犬类中，分离出了进入疾病缓解期犬类的微生物群和相关代谢物关键特征。
基因组和代谢物分析揭示，对饮食治疗反应良好的对象，往往出现了次级胆汁酸的增加。
其中，可产生这种代谢物的细菌是Clostridium hiranonis。在疾病得到缓解后，对饮食疗法有反应的动物体内的有害菌（如Escherichia coli和Clostridium perfringens）也减少了。在实验室中，研究人员发现胆汁酸可抑制这两种菌的生长。
研究人员认为，次级胆汁酸和C. hiranonis不仅仅是病情缓解的生物标志物，它们实际上可以影响病情的变化。
鉴于饮食对犬类微生物群与人类克罗恩病患者的影响极为相似，这项研究结果将有助于我们更好地设计IBD患者的临床饮食疗法。
04JAMA子刊：抗生素降低癌症患者的免疫治疗响应度
JAMA子刊：抗生素降低癌症患者的免疫治疗响应度
研究名称：Association of Prior Antibiotic Treatment With Survival and Response to Immune Checkpoint Inhibitor Therapy in Patients With Cancer
期刊：JAMA Oncology
发表时间：2019年9月11日
IF：22.416
DOI:10.1001/jamaoncol.2019.2785
一项针对英国196名癌症患者的观察性研究发现，在癌症免疫疗法（检查点抑制剂，ICIs）开始前一个月内接受广谱抗生素治疗的患者，对免疫治疗的反应明显较差，他们的癌症进展较快，“总体生存率”也会大大降低。
研究显示，有ICIs开始前一个月内抗生素使用史的患者，中位生存期只有2个月，而没有的患者中位生存期达26个月。
这意味着，抗生素给药的时机，与ICIs在常规治疗中的响应降低有关。
而且，这项结论与患者的肿瘤部位无关，与抗生素类型（β-内酰胺类、喹诺酮类、大环内酯类、磺胺类、四环素类、氨基糖苷类、硝基咪唑类）也无关。
伦敦帝国理工学院的研究人员认为，这可能是因为抗生素破坏了肠道微生物平衡，进而影响了免疫系统。急需进行下一步的机制研究，探讨肠道菌群的改变，是否是ICIs治疗不良预后的决定因素。
05本周，“诺奖风向标”拉斯克奖得主出炉
本周，“诺奖风向标”拉斯克奖得主出炉
在医学界，阿尔伯特· 拉斯克（Albert Lasker）医学研究奖是仅次于诺贝尔奖的一项大奖。因拉斯克奖得主屡获诺贝尔奖，也被称为是“诺奖风向标”，我国著名科学家屠呦呦也是2011年的拉斯克奖得主。
2019年，拉斯克奖共设立三个奖项：基础医学研究奖、临床医学研究奖以及Bloomberg公共服务奖。单项奖金25万美元。
本周，拉斯克奖宣布了2019年的各项得主。
1.基础医学研究奖
2019年拉斯克基础医学研究奖授予B细胞和T细胞发现者，埃默里大学医学院的Max D. Cooper、沃尔特和伊莱扎霍尔医学研究所的Jacques Miller。
“他们发现了两类不同的淋巴细胞：B细胞和T细胞，这是一项巨大的成就。他们描述了适应性免疫系统的组织原理，开启了现代免疫学的进程。”
2.临床医学研究奖
2019年拉斯克临床医学研究奖授予Herceptin发明者，H. Michael Shepard、Dennis J. Slamon、Axel Ullrich。
“他们发明了赫赛汀（Herceptin），第一种阻断致癌蛋白的单克隆抗体，并将其发展成为乳腺癌患者的救命疗法。”
3.Bloomberg公共服务奖
2019年拉斯克Bloomberg公共服务奖授予疫苗联盟GAVI。
“在全球范围内提供持续获得儿童疫苗的机会，拯救数百万人的生命，宣传推广免疫预防疾病的力量。”
据世卫组织，免疫每年可防止200万至300万人死亡。它的成功创造了历史上最具戏剧性和成本效益的公共卫生故事之一。
本周HEADLINE回顾
06它差点被月饼界除名，却是肠道菌最好的选择，这样做健康还能加倍
它差点被月饼界除名，却是肠道菌最好的选择，这样做健康还能加倍
研究名称：Diet-induced remission in chronic enteropathy is associated with altered microbial community structure and synthesis of secondary bile acids
期刊：Microbiome
发表时间：2019年8月31日
IF：10.465
DOI:10.1186/s40168-019-0740-4
中秋节小长假，大家都吃月饼了吗？
月饼作为典型的高糖高盐高油食物，难免让人有些望而却步。一个月饼的热量就差不多是两碗饭了。
不过，过节嘛，月饼总归是要吃的。所以，在这篇文章中，院长想和大家来聊一聊：
吃月饼会给我们的身体，尤其是肠道微生物会带去怎样的影响？
有没有能兼顾美味和健康的月饼呢？
无糖月饼是个好选择吗？
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07nature子刊：血液代谢组预测肠道α多样性
nature子刊：血液代谢组预测肠道α多样性
研究名称：Blood metabolome predicts gut microbiome α-diversity in humans
期刊：NATURE BIOTECHNOLOGY
发表时间：2019年9月2日
IF：31.864
DOI:10.1038/s41587-019-0233-9
9月2日，西雅图Systems Biology研究所的科学家在《Nature Biotechnolog》报道，通过检测血液中的代谢物，能够预测个体的肠道微生物多样性。
研究人员对399个健康人队列、约1000个血液分析物（实验室测试、蛋白质组学和代谢组学）中发现：肠道α多样性中45%的变异，可由40种血浆代谢物解释。并且，这40种代谢物的预测能力已在另一个540人的队列中成功验证。
研究表明，识别个体的肠道多样性，也许将能通过快速、廉价和可靠的血液检测来完成。
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08在中国死亡率第二的肠癌，现在通过肠道菌就可预测其发生
在中国死亡率第二的肠癌，现在通过肠道菌就可预测其发生
研究名称：Intestinal microbiota and colorectal cancer: changes in the intestinal microenvironment and their relation to the disease
期刊：Journal of Medical Microbiology
发表时间：2019年8月
IF：1.912
DOI:10.1099/jmm.0.001049
9月11日，发表在《Journal of Medical Microbiology（医学微生物学杂志）》上的一篇综述对多项研究结果进行评估，确定了与肠癌发生及发展相关的微生物特征；同时，该研究也指出，某些微生物群可以预防肠癌，甚至可以减缓癌症的进展。
根据该综述，与癌症发生几率相关的三种肠道微生物特征分别为：
患有长期或慢性肠道炎症与癌症发生有关，梭杆菌属可作为结直肠癌生物标志物；
产生毒素和致癌代谢物的细菌较多可促使癌症发生；
益生菌和产丁酸细菌较多可降低肠癌发生。
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09中秋学术团圆大礼包：36篇必读高分综述
中秋学术团圆大礼包：36篇必读高分综述
正值中秋节小长假，我们翻阅了近五年来，肠道微生物在 ① 癌症；② 糖尿病、肾病、心血管疾病等代谢疾病；③ 神经系统疾病；④ 免疫系统疾病；⑤ 消化系统疾病；⑥ 呼吸系统疾病；⑦ 内分泌系统疾病，七个领域中的36篇高分必读综述，涉及到微生物与相关疾病的机制、预防、诊断和治疗等内容，为大家准备了这份“中秋学术团圆大礼包”。
此外，知几未来研究院出品的独家学术报告也在此次开放了下载。
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祝大家中秋愉快～
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