同菌不同效：Science揭秘Akk菌引起的肠道免疫应答 | 热心肠日报

今天是第1138期日报。

Science：共生菌引起的肠道适应性免疫应答，具有个体差异

Science[IF:41.058]

① 小鼠肠道内的Akk菌，可在稳态下诱导T细胞依赖性的免疫球蛋白G1（IgG1）抗体生成；② 在菌群简单明确的限菌小鼠中，Akk菌仅引起派尔集合淋巴结内的抗原特异性滤泡辅助性T细胞（TFH）增多，而不诱导其它辅助性T细胞；③ 但在拥有复杂菌群的普通小鼠中，Akk菌可诱导其它类型的T细胞应答，包括使肠道固有层内的促炎性T细胞类群扩增；④ 针对Akk菌的T细胞应答在不同小鼠间呈异质性（“情境”依赖性），可能与菌群内其它微生物的影响有关。

Akkermansia muciniphila induces intestinal adaptive immune responses during homeostasis
06-21, doi: 10.1126/science.aaw7479

【主编评语】肠道菌群可调节适应性免疫，从而影响宿主健康，但对其背后的机制和规律人们仍所知甚少。《Science》发表的一项最新研究发现，嗜粘蛋白阿克曼氏菌（Akk菌）可诱导限菌小鼠的抗原特性的T细胞应答，促进生成IgG1抗体；但在菌群复杂的小鼠中，Akk菌引起的T细胞应答则存在个体差异，提示菌群内其它成员以及有个体差异的其它因素，可能影响对Akk菌的T细胞反应。这些发现有助于解释特定共生菌对宿主免疫影响的个体间差异，也再次提示靶向菌群的干预方法，需建立在个体化的基础上。（@李丹宜）

肠道菌群内部互作方式和研究方法（小综述）

Current Biology[IF:9.251]

① 肠道菌群的组成和动态变化影响宿主的健康，而其依赖于菌群内微生物间的互作；② 网络关联分析可用于研究自然状态或外源干预下的体内肠道菌群内的互作关系；③ 体外法常用于验证体内试验发现的某些菌与其他菌群之间的互作关系；④ 互作研究要考虑时间、统计分析及技术差异对结果造成的影响；⑤ 未来能够更准确追踪肠道微环境、丰富病毒与真菌等其他微生物及进化时间尺度下的菌群互作关系，将为肠道菌群调控提供依据。

Understanding Competition and Cooperation within the Mammalian Gut Microbiome
06-03, doi: 10.1016/j.cub.2019.04.017

【主编评语】研究肠道菌群的动态变化规律，需要了解菌群内部不同微生物之间的互作关系。《Current Biology》近期发表的一篇小综述，从生态学的角度，介绍了肠道菌群内互作的类型、相关研究进展和研究方法，非常值得专业人士关注。（@李丹宜）

同笼饲养后，不同来源小鼠的菌群如何变化？

Cell Reports[IF:8.032]

① 将来自Jackson和Taconic的两群C57BL/6小鼠进行同笼饲养，第3天时即可检测到粪便菌群的变化，至第7天时趋于稳定，第28天时菌群组成几乎一致；② 菌种在两群小鼠间的水平传递，在动力学和丰度方面都不对等，最终的标准化菌群更类似Jackson小鼠而非Taconic小鼠；③ 同笼饲养后，Jackson小鼠的多个核心OTU在Taconic小鼠中迅速增多，而Taconic小鼠的核心OTU在Jackson小鼠中的增多则存在延迟；④ 在菌群变化期间观察到同科细菌间的此消彼长。

Dynamic and Asymmetric Changes of the Microbial Communities after Cohousing in Laboratory Mice
06-11, doi: 10.1016/j.celrep.2019.05.042

【主编评语】通过水平传递使菌群趋于相同，是实验小鼠菌群标准化的常用方法。《Cell Reports》发表的一项研究对来自不同供应商的小鼠进行同笼饲养，发现菌群可在两个小鼠群体间进行快速且不对等的水平转移，4周时即可实现粪便菌群的近似标准化，对于使用小鼠作为肠道菌群研究模式生物的专业人士，有参考价值。（@李丹宜）

西北大学：茯苓可改善慢性肾病大鼠的菌群和代谢物变化

Cellular and Molecular Life Sciences[IF:6.721]

① 用5/6肾切除构建慢性肾病（CKD）大鼠模型；② CKD大鼠肠道菌群多样性和丰富度显著下降，13个菌属/种发生显著改变，伴随291种血清代谢物的变化，与酶活性改变和脂类、氨基酸、胆汁酸和多胺代谢紊乱等有关；③ 除了与某些菌属相关，CKD大鼠的肌酐清除率和收缩压还分别与多胺代谢和甘氨酸代谢有关；④ 给予茯苓酸A（PAA）和茯苓（PC）可改善菌群紊乱，减轻高血压和肾功能衰竭；⑤ PAA和PC处理降低了甘氨酸和多胺代谢物等菌群衍生物的血清含量。

Microbiome-metabolomics reveals gut microbiota associated with glycine-conjugated metabolites and polyamine metabolism in chronic kidney disease
05-30, doi: 10.1007/s00018-019-03155-9

【主编评语】《Cellular and Molecular Life Sciences》近期发表了由西北大学赵英永团队主导的研究，在慢性肾病大鼠模型中，分析了肠道菌群和血液代谢组的改变，并表明用茯苓和茯苓酸A治疗具有改善作用。相关发现对于研究慢性肾病中肠道菌群的变化和作用，以及通过膳食干预改善疾病，有参考意义。（@李丹宜）

慢性肾病患者的肠道菌群

Advances in Nutrition[IF:6.853]

① 纳入20项分析慢性肾病（CKD）患者肠道菌群的研究，其中9项涉及干预治疗对GI菌群或代谢物的影响，进行系统评价；② CKD患者的肠道菌群多样性降低，大肠杆菌等潜在致病菌在小肠过度生长的情况较多，终末期肾病患者的普氏粪杆菌明显减少；③ CKD患者中，Roseburia菌等SCFA产生菌减少，分解蛋白质的细菌增多，可能是血液尿毒素增加的一个来源；④ 这些变化可能一定呈上反映了CKD患者摄入膳食纤维不足；⑤ 需对CKD患者的肠道菌群进行更全面的分析。

Gastrointestinal Microbiota in Patients with Chronic Kidney Disease: A Systematic Review
06-05, doi: 10.1093/advances/nmz028

【主编评语】《Advances in Nutrition》发表的一篇系统综述，分析了慢性肾病患者的肠道菌群变化特征，提示通过膳食改善肠道菌群可能对这些患者有益。（@李丹宜）

检测肠道菌群胆盐水解酶活性的新工具

ACS Central Science[IF:11.228]

① 开发靶向化学蛋白质组学工具，合成基于活性的探针，在体外检测微生物和肠道菌群的胆盐水解酶（BSH）活性；② 小鼠模型中，结肠炎相关的肠道菌群失调导致BSH活性增加，伴随胆汁酸代谢的改变；③ 化学蛋白质组学和宏基因组学分析表明，不同BSH酶对BSH活性的相对贡献值不同，与基因丰度无关；④ 这种方法或有助于理解其他重要的生理过程和受胆汁酸代谢影响的疾病（如代谢综合征）中BSH活性的变化。

Chemoproteomic Profiling of Gut Microbiota-Associated Bile Salt Hydrolase Activity
05-22, doi: 10.1021/acscentsci.9b00147

【主编评语】《ACS Central Science》发表的一项研究，开发了一种化学蛋白质组学工具，可检测肠道菌群的胆盐水解酶（BSH）活性，或可用于研究肠道菌群在与胆汁酸代谢相关的病理和生理过程中的作用机制。（@李丹宜）

多晒太阳或可降低儿童IBD风险

Journal of Pediatric Gastroenterology and Nutrition[IF:2.752]

① 生态学研究表明，高纬度或低紫外线辐射地区，儿童IBD的发病率较高，但其与阳光照射的关系未知；② 纳入0-17岁澳大利亚的IBD患儿99名，及396名健康对照儿童；③ 多变量分析表明，前一个夏季或冬季接受阳光照射时间每增加10分钟，儿童患IBD的几率呈线性下降6%；④ 当研究中仅包括最近诊断的IBD病例、白种人或研究开始前一年内发病时，或校正年龄或体育锻炼后，结果相似。

Higher Sun Exposure is Associated With Lower Risk of Pediatric Inflammatory Bowel Disease: A Matched Case-Control Study
05-15, doi: 10.1097/MPG.0000000000002390

【主编评语】Journal of Pediatric Gastroenterology and Nutrition上发表的一项病例-对照研究，发现在澳大利亚儿童中，阳光照射时间越长，儿童患IBD的风险越低。（@沈志勋）

Nature子刊：怀孕塑造母体的阴道菌群（评论）

Nature Medicine[IF:32.621]

① 阴道菌群以乳酸杆菌为主，维持着阴道的低pH和低多样性的菌群稳态；② 阴道菌群多样性和促炎细胞因子的增加，与细菌性阴道炎（BV）和早产有关，增加了病原菌定植的风险；③ 妊娠导致阴道菌群以乳酸菌为主、菌群多样性下降、代谢功能简化；④ 对感染更具抵抗力，有利于母体及婴儿健康，但变化具有种族差异性，可用于早产预测，尤其是对于非洲血统的女性；⑤ 菌群多样性增加、BV、致病机制及下游疾病和早产风险之间的关系仍需更多研究。

Gestational shaping of the maternal vaginal microbiome
06-01, doi: 10.1038/s41591-019-0483-6

【主编评语】来自《Nature Medicine》的一篇新闻评论文章，对上个月发表的iHMP中的两项关于孕期女性阴道菌群变化的研究，进行了简单解读，有兴趣的读者不放回顾一下。（@李丹宜）

感谢本期日报的创作者：李丹宜，米见对，Echo-gdm，马丹辉，Mayday

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