Evolview：提升系统进化树颜值
本文转载自“美吉生物”，己获授权。
在这个爱美的时代，科研文章也紧随时代潮流，文章中各种高大上的配图让人耳目一新。究其原因主要包括两点：一是在科研数据和内容更加丰满而文章发表配图张数受限的情况下组合图更具实用性；二是一幅高颜值的配图不仅能提升文章的档次，也更容易获取编辑的青睐。
那么今天小编就来给大家介绍一个简单的在线工具，教你如何绘制高颜值的进化树。
1.Evolview简介
Evolview可在线进行系统进化分析，简约而不简单。能够标注较复杂的注释信息，可导出多种格式的文件，包括pdf、svg、tiff、png，而且绘制完成的进化树可永久性的保存在网站里，也可进行共享。心动了吧，那快猛戳这里，http://www.evolgenius.info/evolview
根据小编的经验，建议各位使用 Google 浏览器，用其他浏览器导出的文件可能会不完整。
首先，我们要注册账号，见下图
2.输入文件准备
需导入Newick、NHX、PhyloXML和Nexux等格式的纯文本文件（plain text files），比如MEGA等软件输出的Newick文件，见下图
3.进入操作界面
工具栏包括基本设置、高级设置、添加注释信息和导出文件。网站首页有18个DEMOS和5个SHOWCASES供大家参考学习。
(1)导入文件
(2)设置分支颜色
格式：location，color，commands，共三列，由制表符分隔。
location—一个叶节点，或者由逗号分隔的2个叶节点
color—颜色的名称
commands—控制命令（可不设）
示例：
控制命令说明：
ad—应用到所有分支和叶节点
prefix—应用到以第一列字符起始的所有叶节点上
suffix—应用到以第一列字符结尾的所有叶节点上
anywhere—应用到包含第一列字符的所有叶节点上
toroot—应用到从叶节点到根节点的所有分支上
(3)设置标签及其背景颜色
命令格式与设置分支颜色类似
(4)设置标签装饰
格式：location shape,color[:stroke_color]
至少有2列：由制表符分隔。可以设置多列，格式和作用与第2列相同，即一个标签可以设置多个装饰图形。
形状类型：triangle(三角形)、circle(圆形)、rect(矩形)、star(星形)、check(勾形)
location—一个叶节点的名称
shape,color[:stroke_color]—装饰形状（shape），填充色（color），边框色（stroke_color）。
注意：勾形只能为纯色。
(5)设置分组标签
格式要求：
设置语句含2列，以制表符分隔。
location—一个叶节点，或者由逗号分隔的2个叶节点
label—颜色的名称设置文字标签（text=label，必须）和格式参数（color可选）
2种格式参数设置方式：
全局参数—以“!groupLabel”起始，放在第一行，作用于所有语句
局部参数—放置在每条语句后，只作用于当前语句，且局部参数会覆盖全局参数。
格式参数列表
示例：
(6)设置Bootstrap值(注：进化树必须含有bootstrap值)
格式要求：
设置语句含2列，以制表符分隔。
bootstrap值范围—一个值，或者由逗号或冒号分隔的2个值
bootstrap值的显示格式参数
2种格式参数设置方式：
全局参数—以“!bootstrapValueStyles”起始，放在第一行，作用于所有语句
局部参数—放置在每条语句后，只作用于当前语句，且局部参数会覆盖全局参数。
(7)个性化设置
在图中添加柱状图、热图、点图、箱线图等。
可点击进入帮助页面查看详情，见下图。
最后，高颜值的图就诞生啦！
这项神技能，你get了吗？
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