斯坦福大学统计系教授带你玩转微生物组分析

Susan Holmes

Susan Holmes是斯坦福大学统计系教授，在微生物组领域造诣极深，编写过一系列优秀的分析工具，如DADA2 https://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/html/dada2.html 、phyloseq https://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/html/phyloseq.html 、Shiny-phyloseq https://joey711.github.io/shiny-phyloseq/
等，而且开发了一系列开放课程，方便同行学习，并致力于推广可重复计算。实验室主页：http://statweb.stanford.edu/~susan/

截止2018年5月29日，Susan Holmes已经发表文章207篇，引用9950次。其Google学术主页链接如下，可查看发表文章列表
https://scholar.google.co.jp/citations?user=Z5Zjy6cAAAAJ&hl=en&oi=ao

主要作品简介

1. 微生物组可重复分析R包

phyloseq: an R package for reproducible interactive analysis and graphics of microbiome census data
PJ McMurdie, S Holmes
PloS one 8 (4), e61217

本文虽然只发表在PloS one上，但不到5年引用1233次。是R平台上微生物组分析可视化非常优秀的流程，而且一直在更新维护（最新为2018年4月23日版本，支持最新的R 3.5.0），喜欢用R分析的伙伴不容错过。包不能治百病，只能解决作者定义好的套路，自己要做出非常个性的结果，仍需要有独立思考和解决问题的能力。

McMurdie and Holmes (2014) Shiny-phyloseq: Web Application for Interactive Microbiome Analysis with Provenance Tracking. Bioinformatics (Oxford, England) 31(2), 282–283.

隔年又推出了phyloseq的网页版本 https://joey711.github.io/shiny-phyloseq/ ，方便没有代码操作基础的伙伴使用，真心太貼心了。

2. 微生物组数据统计方法讨论

Waste Not, Want Not: Why Rarefying Microbiome Data Is Inadmissible.
PJ McMurdie, S Holmes
PLOS Computational Biology 10 (4)

本文2014年发表于PLOS Computational Biology，主要讨论测序的原始reads counts，抽样数据，以及比例数据在统计中的取舍、Power等，对这方面的疑问的小伙伴欢迎阅读此文，应该会给你答案。

3. 非聚类OTU算法dada2

DADA2: high-resolution sample inference from Illumina amplicon data
BJ Callahan, PJ McMurdie, MJ Rosen, AW Han, AJA Johnson, …
Nature methods 13 (7), 581

2016年发表于Nature methods，可见此方法有多强势，一年多被引211次。敢直接向Robert Edgar叫板、拍砖。引起了扩增子分析非聚类算法领域的快速发展。对这方面不了解的朋友，欢迎阅读我们之前的文章。

课程推荐

而且作者致力于软件和教程的推广，在其中主页上有很多经典的课程。

http://statweb.stanford.edu/~susan/courses/

统计系的老师，当然课程偏统计。想深造的人去好好学学。要问我生统学好有什么用，反正我认识的几个国外生统毕业的博士，都没有做博后，就直接在国内外一流研究机构拿到了职位。

可重复计算

作者同时还注重可重复计算的实现，和方法的共享。如下文提供了全部的分析代码和讲解，供同行学习交流。

孕妇微生物组的时空变异

这是作者2015年发表在PNAS上的文章，引用182次。

DB DiGiulio, BJ Callahan, PJ McMurdie, EK Costello, DJ Lyell, A Robaczewska, CL Sun, DSA Goltsman, RJ Wong, G Shaw, DK Stevenson,
SP Holmes, and DA Relman
Temporal and spatial variation of the human microbiota during pregnancy PNAS 2015 ; published ahead of print August 17, 2015, doi:10.1073/pnas.1502875112

原文PDF:http://www.pnas.org/content/pnas/early/2015/08/12/1502875112.full.pdf

可重复计算R脚本和数据：http://statweb.stanford.edu/~susan/papers/PNASRR.html

同时大学还提供了实验数据的永远保存地址：https://purl.stanford.edu/hg140kw6221 严格管理和配套设施很重要

本研究分为Vaginal、Stability和Delivery三部分。

如本文以第一部分进行讲解

孕妇阴道微生物组分型

先下载数据 PregnancyClosed15.Rdata 至工作目录，再右键另存Rmarkdown至工作目录。

再用Rstudio打开Rmd运行，并参照如下网页版教程学习。

http://statweb.stanford.edu/~susan/papers/Pregnancy/PNAS_Vaginal_Analysis.html

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