Krona绘制物种或功能组成圈图

之前介绍SILVAngs:16S/18S在线分析流程中，就整合有KRONA圈图的结果，非常漂亮。今天为大家带来KRONA的详细介绍和使用实战教程。

Krona简介

Krona采用多图层饼图，交互式探索层级数据。软件同时支持Linux命令行脚本和图片界面下Excel插件+模板，方便所有用户使用。结果为html网页文件，可用浏览器方便交互式查看。虽然2011仅发表在BMC bioinformatics上，但截止18年6月10日Google学术统计引用466次，这么辉煌的战绩，就知道有多好用了吧。
官方主页：https://github.com/marbl/Krona/wiki

Excel插件安装和使用

插件安装

支持绝大多数Windows和Mac用户

• Windows: Microsoft Office 97 or later

• Mac: Microsoft Office:Mac 2011 or later

1. 插件下载链接 https://github.com/marbl/Krona/releases/download/xl2.4/KronaExcelTemplate-2.4.zip ，仅有364kb

2. 下载后解压，双击运行install_Windows.vbs文件(Mac用户请选择install_Mac.app)，马上弹出安装完成提示。

绘图实战

1. 使用Excel打开下载解压目录中Krona.xltm，然后你会看到如下：
   
   注意：上方显示宏禁用，请点击“启用内容”。

数据格式解读：图中三部分，Granola1/2为样品值和颜色控制(可不填)，可添加或减少样品数量；最后一组Serving为值对应的名称和分类级，我们常见的物种7级，或KEEG功能3级注释。强大的是允许注释值缺失的情况，这样方便了很多。

1. 数据可按参考格式填写，点击Create chart可弹出另存窗口，直接保存绘图结果为html网页格式。其中另一个Clear按扭可以清空数据，方便重新添写新数据。

2. 双击打开刚才另存的网页文件，会在你的默认浏览器中显示绘图结果。
   
   左上脚有按扭，可以选择样品、控制级别、字体、图型大小等。

3. 注意图片是可交互的，双击局部可马上重新计算并绘图，查看数据很方便。
   

4. 保存图片：网页中直接另链图片另存为或复制图片即可获得当前状态的图片。可以使用Ctrl + P打印选择Microsoft Print to PDF保存为PDF格式，不过也仍然是位图，不是可以用Adobe Illustrator编辑文本的矢量图。

实例欣赏

github主页上还提供了很多使用本软件展示的己发表研究结果，其中多数为宏基因组数据。

如QIIME2中实例Moving pictures中物种组成的展示
https://marbl.github.io/Krona/examples/rdp.krona.html

Linux下安装和使用

推荐conda安装，自己搞定依赖的Perl模块

conda install krona

输入文件格式：即文本数值和对应的分类级，下载测试数据

wget http://krona.sourceforge.net/examples/text.txt

如官网提供的示例数据3列 http://krona.sourceforge.net/examples/text.txt

2    Fats    Saturated fat 3    Fats    Unsaturated fat    Monounsaturated fat 3    Fats    Unsaturated fat    Polyunsaturated fat 13    Carbohydrates    Sugars 4    Carbohydrates    Dietary fiber 21    Carbohydrates 5    Protein 4

绘图

ktImportText text.txt

立马生成了text.krona.html，下载或直接查看吧。

软件需要的输入文件格式简单，好常好准备。此软件还支持多种软件导出的格式，如RDP、PhymmBL、BLAST、MG-RAST、METAREP、MEGAN和NCBI Taxonomy IDs，详见KronaTools的帮助部分。

Reference

1. 官网 https://github.com/marbl/Krona/wiki

2. Ondov BD, Bergman NH, and Phillippy AM. Interactive metagenomic visualization in a Web browser. BMC Bioinformatics. 2011 Sep 30; 12(1):385.

3. 你想绘制高大上的Krona图吗？so easy ！ https://mp.weixin.qq.com/s/XGISJ5SiPPP4VF0cMGvW4g

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