R，Git和Github(上）
作者：Wenhu
博客：http://bioinfostar.com/
本讲为第一部分，介绍git的“足够你用”命令；第二部分，还将介绍github的主要用途以及如何在R中使用git，部分内容改编自廖雪峰的《Git教程》。
源代码：https://github.com/mckf111/mckf111.github.io/tree/master/_posts
Git是啥
正统解释：分布式版本控制系统 (Distributed Version Control System)，但这其实对理解和爱上git没啥卵用，反而让人觉得它很高深，望而却步！
Git的灵魂在于其让人欲罢不能的实用性！
先举两个场景，相信大多数人都碰到过：
写论文：不管是博士、硕士论文还是杂志上发表的paper，相信谁都不可能一遍写完就直接提交，你干你老板也不会干，不改个几十遍，那是不会罢手的 （刚刚亲身经历的真实案例。。。）！假设，你今天写了几段，保存为
dissertation.docx，明天转念一想，还是把其中一段改掉好，但是怕后面再需要，咋办？那只能另存一个文件，比如revised-1.docx，然后在dissertation.docx中继续写，这样，数次删改之后，你的文件夹中会有相当多的revised-n.docx文件，如果过了两周，你突然想起有一段还是改回去好，你能记得原版本在哪个revised文件中么？是不是得一个一个打开来查看，晕不晕？这还没算上，老板给你改的诸多版本，要把它们合并到自己的新版本上，真是要晕死！一般来说，对于咱们生物专业的童鞋，用word写文章还是绝大多数，有没有觉得审阅模式很坑？（当然碰到个年轻的老板，愿意接受latex那就没毛病了）撸代码：生物信息离不开写代码，脚本也好，软件包也好，都不可能一成不变，因为需求在变化，原先的代码可能需要经常改动；或者你的上游分析软件或者导入、加载的软件做了修改，你也不得不随之改动；又或者你想到了一个新的功能，想加在自己或别人的软件包中，但又担心会影响其他的已有功能，咋办？是不是还是像上面那样，保存一堆堆的文件，然后把自己搞疯？
如果，有那么个“天网”软件，能一直监控我对于文件夹中的文件所进行的一切操作，包括增、删、改，而且能把每次的改动，像相机一样拍下快照存起来，再顺便起个唯一的名字，这样可以随意把文件夹回溯到任意一个时刻，就像时空穿梭一样，那该有多美好？
这就是git系统的主要功能之一——版本控制，有关分布式的含义，后面再说！相信到这里，你们应该有点想要了解它了吧：）
第一个例子中，说到了word文档的git监控，可能有人知道，word不是纯文本文件，而git来源于linux系统，对于纯文本的监控最为安全有效，那是不是就没办法了呢？其实有，在此给出两个链接，大家有兴趣可以阅读一下，其实是把word（.docx)转换成markdown格式的纯文本：Using Microsoft Word with git 和 Simul——专为word做的版本控制系统。
安装git
Git是一个软件，你首先得安装它！下载地址：git
上面的网址里有明确的各种系统中的安装指导，这里只说下如何在windows中进行初始配置，也可以参考廖雪峰的《Git教程》。
安装完之后，在开始菜单中找到Git Bash，打开它，会出现命令行窗口，这是之后会一直用到的东西。
配置：
git config --global user.name "your_name"
git config --global user.email "email@example.com"在上面的指令中将your_name改成你想使用的名称，最好不要有空格，将email@example.com换成你常用的邮箱地址。这样，你的电脑上的版本库就有了自己的名称了，一般不会和其他电脑上的混淆。
开始啦
创建版本库 (git init)
假设你在一个名为myapp的文件夹中写软件，你想对这个文件夹（在git中，我们一般称之为库，repository or repo）进行git监控，怎么操作？
cd your/own/path/to/myapp
git init
## Initialized empty Git repository in F:/myapp/.git/会出现上面一行字，代表git已经在监控你的myapp库了，并且创建了一个隐藏文件夹.git，没事别碰它，这是git的命根子！
查看状态 (git status)
在git操作的过程中，我们需要时时掌握监控状态，有没有新的增改删？和远程库有没有同步？等等。
git status
## On branch master
## Initial commit
## nothing to commit (create/copy files and use "git add" to track)提交改动(git add和git commit)
当你在进行任何改动时，git都会关注到，但它还没有拍照，所以，你想进行时空穿梭还早了点。那如何拍照呢？按快门add，打包存照commit。注意：add这一步也被成为stage，标志着你的改动被添加进了缓存区，但还未进入监控的版本库中，属于中间的一个stage！
touch readme.txt # create a new readme.txt file
git status
## On branch master
## Initial commit
## Untracked files:
## (use "git add <file>..." to include in what will be committed)
## readme.txt
## nothing added to commit but untracked files present (use "git add" to track)
git add readme.txt
git commit -m 'add readme file'
## [master (root-commit) 90b9f6a] add readme file
## 1 file changed, 0 insertions(+), 0 deletions(-)
## create mode 100644 readme.txtcommit后面的-m参数是message的意思，给你每次打包存照加上一点信息，方便以后查找。另外，每个commit都有一个唯一的hash码对应，保证不会互相混淆，也方便准确的时空穿梭！
可以多次拍照(
add)，一次打包提交(commit)git是对改动本身打包存照，而非对改动的文件存照，所以没有
add的改动是不会被后面的commit保存下来的，一定记住监控分两步：add+commit！
查看改动(git diff)
如果想对比一下这次的改动和上次有啥区别，git diff（difference）能清晰展示你要的信息。为了让命令行窗口漂亮点，我们先给git的指令上点颜色：
git config --global color.ui true接着，我们给readme.txt加点内容，用你喜爱的编辑器打开，然后添加一行字：I want to learn git!，保存，查看状态：
git status
## On branch master
## Changes not staged for commit:
## (use "git add <file>..." to update what will be committed)
## (use "git checkout -- <file>..." to discard changes in working directory)
## modified: readme.txt
## no changes added to commit (use "git add" and/or "git commit -a")git告诉我们有改动Changes没有存照进入缓存区not staged，如果过了一段时间，你再回来工作，忘了具体改了啥，不敢随便提交，咋办？
git diff readme.txt
## diff --git a/readme.txt b/readme.txt
## index e69de29..235024b 100644
## --- a/readme.txt
## +++ b/readme.txt
## @@ -0,0 +1 @@
## +I want to learn git!
## \ No newline at end of file改动一目了然！
改动日志(git log)
当你的myapp存在了一段时间后，改来改去，会有很多次的commit被保存在版本库中，如何查看一下做了哪些改动呢？这样，既可以史为镜，也能为以后的“时光倒流”做准备。
如果直接输入git log，输出的结果会比较冗杂，不容易把握信息概要，所以一般要加上几个参数（--pretty=oneline --abbrev-commit，具体含义请对比不加参数时的输出来理解）来美化输出：
git log --pretty=oneline --abbrev-commit
## 90b9f6a (HEAD -> master) add readme file日志显示，目前有一个commit，90b9f6a是它唯一的hash码的前几位（这是随机分配的，所以你的电脑上的码一般不会和我的一样，这很正常），它的message是add readme file，这是我们之前自己标注的。另外，后面会说到，HEAD是指向当前版本的指针，目前就指在这个唯一的commit上，master是我们目前的版本分支，称为主分支，也是必须有的一个分支！
时光倒流(git reset)
如果我们想回到之前的某个版本，那就要使出杀手锏git reset了，为了方便演示，我们先做点准备，首先提交之前的改动（即加上I want to learn git!这行字）：
git add readme.txt
git commit -m 'first change in readme'
## [master ddafbba] first change in readme
## 1 file changed, 1 insertion(+)
git status
## On branch master
## nothing to commit, working tree clean接下来，我们再在编辑器中添加第二行字Git is awesome!，保存。
git diff readme.txt
## diff --git a/readme.txt b/readme.txt
## index 235024b..76d1c1b 100644
## --- a/readme.txt
## +++ b/readme.txt
## @@ -1 +1,2 @@
## -I want to learn git!
## \ No newline at end of file
## +I want to learn git!
## +Git is awesome!
## \ No newline at end of file
git add readme.txt
git commit -m 'second change in readme'
## [master d63de44] second change in readme
## 1 file changed, 2 insertions(+), 1 deletion(-)这时，整个master分支已经有了3个commit了，我们可以查看一下日志：
git log --pretty=oneline --abbrev-commit
## d63de44 (HEAD -> master) second change in readme
## ddafbba first change in readme
## 90b9f6a add readme file这时，我们发现了最近的提交有误，需要回到上一个提交的状态（hash为ddafbba），怎么办？
第一种方法，如果只需要回到最近几次的版本，那么直接移动HEAD指针即可，回退一版：
HEAD^，回退两版：HEAD^^，依次类推；或者用数字表示：退N版：HEAD~N。
git reset --hard HEAD^
## HEAD is now at ddafbba first change in readme此时，版本已经倒流到倒数第二个commit提交后的状态，可以查看目录确认一下。（--hard，顾名思义，硬删除，把之后所有的改动都删掉）
第二种方法，如果想要回到很久之前的一个版本，写
^或者~N都不合实际，那么可以用commit id，即hash码去回退，先用git log去查看之前的commit，找到你想回退的那个版本id，然后reset。比如，上面的例子，也可以这样操作，注意下方命令行尾的commit id是你想要退回的版本id，来自你电脑上运行git log时显示的值为准，每个人显示的是不同的：
git reset --hard ddafbba
## HEAD is now at ddafbba first change in readme个人推荐用第二种方式，准确定位，省去不必要的麻烦！
时光前流(git reflog + git reset)
假设你把版本倒流了，老板不喜欢，让你再改回来，咋办？git一样能轻松搞定，还是接上面的例子，我们想回到最新的版本second change in readme，首先，得找到这个commit id，git reflog可以记录你的每一次commit，不论是HEAD之前还是之后，只要你commit过，它就记录下来了，然后再reset即可指定版本的commit id，如second change(d63de44)，你操作时ID会不一样，注意修改。
git reflog
## ddafbba (HEAD -> master) HEAD@{0}: reset: moving to HEAD^
## d63de44 HEAD@{1}: commit: second change in readme
## ddafbba (HEAD -> master) HEAD@{2}: commit: first change in readme
## 90b9f6a HEAD@{3}: commit (initial): add readme file
git reset --hard d63de44
## HEAD is now at d63de44 second change in readme奇妙吧，之前消失的commit又回来了！
Git的工作原理
说到这里，我想简要说一下git监控的工作原理，我们的myapp文件夹中除了.git以外的地方都是被监视区域，称为工作区（working directory），也就是你进行各种操作的地方；剩下的.git文件夹，则是git的版本库（repo），记录你在工作区所作的每次改动，其中又分为暂存区和分支两块。
监视流程：你进行了某次改动后，git一开始仅仅只会察觉到，而只有当你git add时，此次改动会被添加进版本库的暂存区，当你再git commit时，暂存区的改动将会融入到分支（文中为master主分支）中，形成一个版本节点，与当前工作区保持一致。
继续玩
前面说完了git的一些基本玩法，接下来再补充一些，能让你玩得更流畅。
撤销修改(git checkout)
1. 修改尚未拍照（add）
当你在工作区做了修改之后，还没有add，发现不想要了，想恢复到之前的状态。你当然可以手动删除本次的修改，但如果本次改了好几处地方，你不太记得了，怎么办？
我们先在编辑器里给readme.txt加一行字：Hello git!，保存。
git status
## On branch master
## Changes not staged for commit:
## (use "git add <file>..." to update what will be committed)
## (use "git checkout -- <file>..." to discard changes in working directory)
## modified: readme.txt
## no changes added to commit (use "git add" and/or "git commit -a")输出中提示可以用git checkout指令，我们尝试一下。
git checkout -- readme.txt再看你的编辑器，这行修改自动消失了，回到了最近的版本状态。如果想要撤销很多文件中的未提交的修改，可以用通配符.来指代所有文件，即git checkout -- .。
其实，
git checkout指令就是用版本库里的当前版本来覆盖工作区的版本。
2. 修改已经拍照（add），但尚未打包（commit）
还是上面的例子，我们再把这行字：Hello git!加上，保存，并git add。
git add readme.txt
git status
## On branch master
## Changes to be committed:
## (use "git reset HEAD <file>..." to unstage)
## modified: readme.txt同样，输出中又贴心的做了提示，可以用git reset指令，我们试一下。
git reset HEAD readme.txt
## Unstaged changes after reset:
## M readme.txt
git status
## On branch master
## Changes not staged for commit:
## (use "git add <file>..." to update what will be committed)
## (use "git checkout -- <file>..." to discard changes in working directory)
## modified: readme.txt
## no changes added to commit (use "git add" and/or "git commit -a")注意看，此时的状态是不是和第1中情况，尚未拍照add时一模一样啦，此时你要做的和之前一样：
git checkout -- readme.txt那行字又神奇的消失了，有木有？
3. 修改已打包提交（commit）
请参考前面的时光倒流一节，不再赘述。
4. 修改已push到远程库
你没救了。。。
删除文件（git rm）
这一次，你不是在文件中做改动了，你想直接删掉整个文件，我们举个例子，先在工作区加一个空文档test.txt，并提交。
touch test.txt
git add test.txt
git commit -m 'add test.txt'
## [master d8a2099] add test.txt
## 1 file changed, 0 insertions(+), 0 deletions(-)
## create mode 100644 test.txt然后，我们删掉文件，再查看一下git状态。
rm test.txt
git status
## On branch master
## Changes not staged for commit:
## (use "git add/rm <file>..." to update what will be committed)
## (use "git checkout -- <file>..." to discard changes in working directory)
## deleted: test.txt
## no changes added to commit (use "git add" and/or "git commit -a")Git告诉我们，这一次的删除操作还尚未提交，这里，我们要转换一下思维，虽然说是提交，但你已经删除了整个文件，如果用add就显得没道理了，故而输出中提示了另一个指令remove——git rm。最后，别忘了也要commit哦！
git rm test.txt
## rm 'test.txt'
git commit -m 'remove test.txt'
## [master 7dcb016] remove test.txt
## 1 file changed, 0 insertions(+), 0 deletions(-)
## delete mode 100644 test.txt
git log --pretty=oneline --abbrev-commit
## 7dcb016 (HEAD -> master) remove test.txt
## d8a2099 add test.txt
## d63de44 second change in readme
## ddafbba first change in readme
## 90b9f6a add readme file以上就是Git中的大部分常用指令，还有几个会在下一讲的Github介绍中讲到。
Reference
廖雪峰的《Git教程》https://www.liaoxuefeng.com/wiki/0013739516305929606dd18361248578c67b8067c8c017b000
学R学初阶-03-R-Git和Github-1 http://bioinfostar.com/2018/06/15/%E5%AD%A6R%E5%AD%A6%E5%88%9D%E9%98%B6-03-R-Git%E5%92%8CGithub-1/
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