宏基因组理论教程2扩增子分析

之前分享的加拿大生信网出品的《宏基因组分析教程》，有1万多位朋友阅读，有近2000多小伙伴下载了课程PPT。

但不知有多少小伙伴真正仔细学习过。收藏是没有用的，只有真正多学几遍才有收获。

对于英文原版教程，很多新人有看不懂，学不会的问题。宏基因组团队针对这套教程进了翻译，同时结合最近的研究进展对内容进行了更新，方便广大同行入门者学习。

教程大纲

1. 扩增子-微生物群落多样性

2. PICRUSt-16S预测功能基因

3. 宏基因组分类学-分类和分箱

4. 宏基因组功能-数据库与通路

5. 宏转录组-数据、分类学和功能

6. 生物标记挖掘

同时我们还分享整套最新中文教程的PPT，方便大家学习、记录笔记和提取有用的素材。

想要获得整套课程PPT的小伙伴，只需分享本文至朋友圈，截图发送到公众号后台，即可获得下载链接。

PCR产物必须进行电泳选择，因产生长度范围大，超范围也主要为非目的片段，片段选择即是去除杂质的过程，又是测序仪最好片段长度范围较等长的需要。

质控不要多想，默认即可。一般只有质量差，但还想使用数据，才需要调整。

如早期cd-hit主要基于长度挑选，

RDP方法比较经典，分析结果较好。适合细菌分类，有在线版本，适合与RDP数据库一起使用，版本为trainset16。
BLAST在真菌注释中使用较多，一般配合UNITE；
sintax是usearch10的方法，我使用较多。比较喜欢用新方法。肯定有好的地方，且作者也是与旧方法做了大量比较的。
数据库是动态变化的。RDP最适中，green最少最准，silva最全错误也最多。

小提示: 仅有11%的己知人类相关物种，且相似度仅有95%-98.7%  16S rRNA 的一致性(Tamisier et al, IJSEM, 2015)

Muscle也是usearch作者的另一个作品，引用超2万次。特点是快

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